Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F48 I1 R1
|
508 |
125.6 |
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139.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
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|
| |
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| 425.3
/ NA
| 122 | T47T (ACC→ACA) | livJ | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter periplasmic binding protein |
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Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
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|
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gtcgtTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACt > 2:585012/1‑140 (MQ=255)
tcgtTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTc > 2:763244/1‑140 (MQ=255)
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tcgtTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTc > 1:1626627/1‑140 (MQ=255)
tcgtTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTc > 1:1490710/1‑140 (MQ=255)
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cgttttttttCCCCCCCGAAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCa < 1:792695/136‑1 (MQ=255)
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tGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTAc > 1:2623/1‑140 (MQ=255)
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acggatcccGCTTGTTGCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTGGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAac < 2:2623/133‑1 (MQ=255)
cGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGCTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAaccg > 2:888503/1‑140 (MQ=255)
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gTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACAtt > 1:878915/1‑140 (MQ=255)
gTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACAtt < 1:585012/140‑1 (MQ=255)
gTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACAtt < 1:2073422/140‑1 (MQ=255)
gggTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGcc < 2:1626627/140‑1 (MQ=255)
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caGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGAc > 2:1300225/1‑140 (MQ=255)
aGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGAcc > 2:1083956/1‑140 (MQ=255)
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gaaTCGTCATTTTTTACATTTTGCAGTTTGTTGCTTTTAAGGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACcgc < 2:1925141/138‑1 (MQ=255)
gCATCGTCATATTTTACGATTTGCTGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGTCATTGCGCCCACGACcgc > 1:483652/1‑140 (MQ=255)
gCATCGTAATATTTTACGATTTGCAGTTGTTTACCTTTAATGCCTCCTTTAGAGTTAATTCCCACAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACcgc < 2:878915/140‑1 (MQ=255)
aaTCGTCATATTTTACGTTTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTAATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACcgcg < 2:1111309/139‑1 (MQ=255)
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cGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACt > 1:197437/1‑140 (MQ=255)
atatTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTaa > 2:685157/1‑140 (MQ=255)
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atatTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTaa < 1:1300225/140‑1 (MQ=255)
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cGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATAtcttct > 2:1455711/1‑140 (MQ=255)
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ttAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGaa > 1:18349/1‑140 (MQ=255)
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aaTGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATg > 1:1714244/1‑140 (MQ=255)
aaTGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATg > 1:206466/1‑140 (MQ=255)
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ccgccTTTAGGGTTGATATCCACAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAg < 2:513751/140‑1 (MQ=255)
ccgccTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAg < 1:1835294/140‑1 (MQ=255)
cgccTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAgc > 2:2094010/1‑140 (MQ=255)
cgccTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAgc < 1:387476/140‑1 (MQ=255)
cgccTTTAGCGTTGATACCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAgc < 2:1351587/140‑1 (MQ=255)
ccTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAg < 2:1978509/137‑1 (MQ=255)
tttAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGa < 1:1455711/140‑1 (MQ=255)
aGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATAc > 1:287715/1‑140 (MQ=255)
aGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATAc > 2:805734/1‑140 (MQ=255)
gATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTg > 1:800317/1‑140 (MQ=255)
atatCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGc < 1:2094010/140‑1 (MQ=255)
atatCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGc < 1:284807/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGTACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAga > 1:1000514/1‑139 (MQ=255)
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cGCAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTa > 2:625534/1‑140 (MQ=255)
cAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAAc > 1:232604/1‑140 (MQ=255)
cAACCGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAAc > 1:1440078/1‑140 (MQ=255)
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ccGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCt > 2:1318084/1‑140 (MQ=255)
ccGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCt > 2:1098531/1‑140 (MQ=255)
cGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCtt < 1:670563/140‑1 (MQ=255)
cGCCTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCtt < 2:450213/140‑1 (MQ=255)
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ccTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTa > 1:1774814/1‑140 (MQ=255)
ccTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTa < 2:441530/140‑1 (MQ=255)
ccTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTa > 2:1831373/1‑140 (MQ=255)
ccTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTa < 2:1235475/140‑1 (MQ=255)
ccTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTa < 2:917172/140‑1 (MQ=255)
ctgctctgctCCTTTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTAc < 2:303485/140‑1 (MQ=255)
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cTGCTCTGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTAc < 1:400697/140‑1 (MQ=255)
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tctGCGTCTGTAATCTCCTGGTCACCGTGCGGCGCAACCGGCCCGGACATTGCGCCCACGCCCGCGACTTTAATATCTTCTTCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTTCCCtt < 2:938103/140‑1 (MQ=255)
tctGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCtt < 2:18349/140‑1 (MQ=255)
tGCGCCTGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTa > 1:1230136/1‑140 (MQ=255)
|
TGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATG > NC_000913/3599382‑3599653
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
