Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F48 I1 R1
|
508 |
125.6 |
4303852 |
99.2% |
4269421 |
139.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,946,226 |
G→T |
noncoding (2523/2904 nt) |
rrlC → |
23S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,946,226 | 0 | G | T | 100.0%
| 311.2
/ NA
| 135 | noncoding (2523/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (65/70); total (65/70) |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGGCTGCTCCTAGTACG > NC_000913/3946092‑3946362
|
gTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACGGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACATCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCt < 1:1504754/140‑1 (MQ=12)
tGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTg < 2:267906/140‑1 (MQ=18)
tCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAg > 1:602176/1‑140 (MQ=17)
tCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAg > 2:628548/1‑140 (MQ=17)
cGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTa < 2:2048339/140‑1 (MQ=18)
ggtggtTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAg > 2:277322/1‑140 (MQ=17)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 2:806898/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 1:1876622/140‑1 (MQ=17)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 1:1766238/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 1:277322/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 2:2013122/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 2:1327243/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 1:1379565/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 1:41166/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 2:1533881/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 1:1246815/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 2:1536551/140‑1 (MQ=18)
ttCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTccc < 1:460238/140‑1 (MQ=17)
tCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCa > 1:84126/1‑140 (MQ=17)
aaGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATgg > 2:1179593/1‑140 (MQ=17)
aaGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATgg > 2:1051953/1‑140 (MQ=17)
aGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATggt > 2:50107/1‑139 (MQ=17)
ggCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTg > 1:723392/1‑140 (MQ=17)
ccATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGtt > 2:1751137/1‑140 (MQ=17)
ccATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGtt > 2:1777559/1‑140 (MQ=17)
cATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTGCCAAGGGTATGGCTGTTc < 1:2096323/140‑1 (MQ=12)
cATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCATGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATAGCTGttt > 2:296226/1‑139 (MQ=12)
aTCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCg < 1:2033152/140‑1 (MQ=18)
aTCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCg < 2:439220/140‑1 (MQ=18)
cGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGcc > 1:849760/1‑140 (MQ=17)
cGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGcc > 2:467291/1‑140 (MQ=17)
cAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCAttt > 1:12219/1‑140 (MQ=17)
ggATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAg < 2:1145900/140‑1 (MQ=17)
ggATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAg < 1:769734/140‑1 (MQ=17)
aTAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTg > 2:2026483/1‑140 (MQ=17)
aTAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTg > 2:815577/1‑140 (MQ=17)
aTAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTg > 1:1862500/1‑140 (MQ=17)
gcTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAg < 1:296226/139‑1 (MQ=17)
aCTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAg < 1:447641/140‑1 (MQ=17)
aCTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAg < 2:12219/140‑1 (MQ=17)
aCTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAg > 2:205687/1‑140 (MQ=17)
aCTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAg < 1:255783/140‑1 (MQ=17)
cTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGc > 2:892568/1‑140 (MQ=17)
cGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg > 2:216934/1‑140 (MQ=17)
cGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg < 1:1137139/140‑1 (MQ=17)
gggATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGt > 1:1612281/1‑140 (MQ=17)
aTAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGtttt > 2:898618/1‑139 (MQ=17)
aCAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGaa < 1:815577/140‑1 (MQ=17)
gCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAAcgtc > 1:1634827/1‑140 (MQ=17)
tGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCt > 2:1390142/1‑124 (MQ=17)
aTACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTga < 2:515773/140‑1 (MQ=17)
tACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGaa < 1:1903747/131‑1 (MQ=17)
tACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGaa > 2:1903747/1‑131 (MQ=17)
tACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAAcgtcgt > 2:165309/1‑137 (MQ=17)
aCCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTgaga < 1:898618/140‑1 (MQ=17)
aCCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTgaga < 1:50107/140‑1 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGaa < 1:1921662/126‑1 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 2:1721909/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 1:1206833/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 1:1454559/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 2:1315898/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 2:1289136/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 1:1909805/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 2:1070526/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 1:758159/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGGGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 2:1928438/1‑140 (MQ=17)
cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTAGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 2:852628/1‑140 (MQ=17)
ccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGtt < 1:1844741/140‑1 (MQ=17)
aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCg < 1:1289136/140‑1 (MQ=17)
ttCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTccc > 2:940523/1‑140 (MQ=17)
ttCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTccc > 2:164539/1‑140 (MQ=17)
cATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCtt > 2:1743171/1‑139 (MQ=17)
cATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTa < 2:1909805/140‑1 (MQ=17)
atCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCt > 2:1237781/1‑140 (MQ=17)
gACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGcc > 1:133391/1‑140 (MQ=17)
cggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGt < 1:164539/140‑1 (MQ=17)
cggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGt > 2:921083/1‑140 (MQ=17)
cggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTggg < 1:1743171/140‑1 (MQ=17)
tttGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTg < 2:1206833/140‑1 (MQ=17)
tttGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTg < 1:898662/140‑1 (MQ=17)
tGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGga < 2:84126/140‑1 (MQ=17)
ggCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGgag < 1:1215712/140‑1 (MQ=17)
cACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGaa < 2:2119727/140‑1 (MQ=17)
cACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGaa < 2:1583793/140‑1 (MQ=17)
cACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGCACGCGAGGTGGGGTTAGAACCTCGTGCGAGAGTTCGGGCCCTATTTGCCGTGGGCGTTGGTGaa > 2:196056/1‑140 (MQ=11)
cTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACtt > 1:559252/1‑139 (MQ=17)
cTCGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTg > 1:41437/1‑140 (MQ=18)
cGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAg < 1:1315898/140‑1 (MQ=17)
cGATGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGCACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAg > 1:1047657/1‑140 (MQ=17)
aTGTCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAggg < 1:1070526/140‑1 (MQ=17)
tCGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAgggggg < 1:1237781/140‑1 (MQ=17)
cGGCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGgc < 1:2026483/140‑1 (MQ=17)
gCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGgctg < 2:1454559/140‑1 (MQ=17)
gCTCATCACATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGGGGTATGTGAGCTGGGTTTAGCACGCCGTTAGTCAGTTCGGTCCCTTTCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGTGgctg > 2:1319996/1‑140 (MQ=11)
tcatcaCATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGgctgct < 2:2076590/140‑1 (MQ=17)
tcatcaCATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTAGGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCTCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGgctgct < 1:2063774/140‑1 (MQ=12)
atcaCATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGGCTGCTcc < 1:1721909/140‑1 (MQ=17)
tcaCATCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGGCTGCTCCt < 1:205687/140‑1 (MQ=17)
aTCCTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGGCTGCTCCTAGTa > 2:116047/1‑140 (MQ=18)
ccTTGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGGCTGCTCCTAGTACg > 1:405724/1‑140 (MQ=17)
|
GTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGCTGGAGAACTGAGGGGGGCTGCTCCTAGTACG > NC_000913/3946092‑3946362
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
