Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F48 I1 R1
|
508 |
125.6 |
4303852 |
99.2% |
4269421 |
139.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,358,521 |
T→C |
I33V (ATT→GTT) |
cadA ← |
lysine decarboxylase 1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,358,521 | 0 | T | C | 99.4%
| 611.4
/ ‑3.8
| 156 | coding (97/2148 nt) | cadA | lysine decarboxylase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (66/89); minor base . (0/1); total (66/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CGGCAGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGCCCCTCCCAACACA > NC_000913/4358384‑4358655
|
cGGCAGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCt > 1:1198692/1‑140 (MQ=255)
ggTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGaat > 2:709405/1‑139 (MQ=255)
ttCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAAT‑ACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTc < 1:1322814/140‑1 (MQ=255)
tctcGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTc > 1:1748261/1‑140 (MQ=255)
tcGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAg > 1:1102608/1‑140 (MQ=255)
tcGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAg < 1:829653/140‑1 (MQ=255)
tcGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAg < 1:82613/140‑1 (MQ=255)
tcGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAg < 1:677615/140‑1 (MQ=255)
cATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGtt > 2:1141984/1‑140 (MQ=255)
aTTTTGCCAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTc > 2:2110655/1‑140 (MQ=255)
tttGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCaa < 2:28331/140‑1 (MQ=255)
tGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAgc > 2:1003976/1‑140 (MQ=255)
tGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAgc > 2:564611/1‑140 (MQ=255)
aaaTTTCTTCGCACAGATCGAGATTATATTTAACCCAGTCAAAAATATCGTCGCGCAGCCGCGAATTGTTTTCGATCAGTTTTAATTAGTCGTCACGGTAGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTAAGACGTTCAAgcgcg < 2:2894/139‑1 (MQ=255)
tttCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGa > 1:1621466/1‑140 (MQ=255)
tttCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGa > 2:1349711/1‑140 (MQ=255)
tcttcGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATg < 2:1334407/140‑1 (MQ=255)
tcttcGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATg < 1:135070/140‑1 (MQ=255)
tcttcGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATg < 1:564611/140‑1 (MQ=255)
aaGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCAc < 2:12105/139‑1 (MQ=255)
aGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACg < 2:856156/140‑1 (MQ=255)
gCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACgg < 2:1317248/140‑1 (MQ=255)
cGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATg < 2:681700/140‑1 (MQ=255)
agaTTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATggg < 1:1256054/140‑1 (MQ=255)
atatTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGttctt > 1:388445/1‑140 (MQ=255)
tatTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGttcttt > 2:1878108/1‑139 (MQ=255)
tatTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGAT‑GGTtcttct > 2:1086045/1‑140 (MQ=255)
atTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTtcttct < 1:1141984/140‑1 (MQ=255)
ttATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCttt < 2:458847/140‑1 (MQ=255)
tATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTa < 1:1003976/140‑1 (MQ=255)
tATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTa < 1:1387604/140‑1 (MQ=255)
aTCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTaa > 1:1659942/1‑140 (MQ=255)
tCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAAC‑‑‑CTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATa < 2:1787090/140‑1 (MQ=255)
ccAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAAt < 2:1944746/140‑1 (MQ=255)
ccAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAAt < 2:1198692/140‑1 (MQ=255)
ccAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAAt < 1:709405/140‑1 (MQ=255)
acAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGGGCCTTGTTTTAGATAAGTTTTAATAAGTCGTACAGGTCGTTCGGGTCAACAACCTGGTAGTTCAGACGTTAAAGCGCGCGATGAAGTTCAAGGATGGGTTATTATTTAAAAt < 2:2024489/139‑1 (MQ=255)
cAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTATACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATa < 1:740118/140‑1 (MQ=255)
cAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATa < 1:2134765/140‑1 (MQ=255)
aGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaa > 1:651531/1‑140 (MQ=255)
aGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaa > 1:963456/1‑140 (MQ=255)
aGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaa > 1:773818/1‑140 (MQ=255)
aGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaa > 1:1329238/1‑140 (MQ=255)
aGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaa > 2:581762/1‑140 (MQ=255)
aGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaa > 1:1817481/1‑140 (MQ=255)
gTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaaa > 1:148153/1‑140 (MQ=255)
gTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaaa > 1:434797/1‑140 (MQ=255)
gTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaaa > 2:831284/1‑140 (MQ=255)
gTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGATAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATaaa < 1:249014/140‑1 (MQ=255)
tCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAAc > 2:1252495/1‑140 (MQ=255)
tCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCAATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAAc > 2:1219999/1‑140 (MQ=255)
aaaaaTAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAAccc < 2:1674683/140‑1 (MQ=255)
aaTAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCa < 2:1287742/140‑1 (MQ=255)
aaTAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCa < 2:1820265/140‑1 (MQ=255)
tAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCAtg < 1:520773/140‑1 (MQ=255)
tAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCAtg < 1:1133903/140‑1 (MQ=255)
cgccgcACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAGGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCGTTAAAATAAACCCCCATGTGa < 2:1902032/140‑1 (MQ=255)
cgccgcACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGa < 1:75101/140‑1 (MQ=255)
ccgcACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGAtt > 1:456527/1‑140 (MQ=255)
cgcACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTc < 1:587246/140‑1 (MQ=255)
gcACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCa > 2:1305640/1‑140 (MQ=255)
cacaGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCaa < 1:589469/140‑1 (MQ=255)
cacaGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCaa > 1:891597/1‑140 (MQ=255)
caGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAata < 1:2042118/140‑1 (MQ=255)
caGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAata < 1:16697/140‑1 (MQ=255)
aGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAatat < 1:1316192/140‑1 (MQ=255)
cgcATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCaa > 2:1557479/1‑140 (MQ=255)
gcATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAAt < 1:1831897/140‑1 (MQ=255)
cATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATa > 2:282974/1‑140 (MQ=255)
cATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATa > 2:966529/1‑140 (MQ=255)
cATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATa < 2:1377330/140‑1 (MQ=255)
aTTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATaa < 2:1748261/140‑1 (MQ=255)
tGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACg > 2:1688927/1‑140 (MQ=255)
ttCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCa < 1:1878108/140‑1 (MQ=255)
ttCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCa < 1:317903/140‑1 (MQ=255)
tCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCAt < 2:1329238/140‑1 (MQ=255)
cGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATa < 1:1688927/140‑1 (MQ=255)
cGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATa < 2:1102608/140‑1 (MQ=255)
cGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATa < 1:966529/140‑1 (MQ=255)
cGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATa < 2:1621466/140‑1 (MQ=255)
cAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCa < 2:440084/140‑1 (MQ=255)
gTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCata < 2:651531/140‑1 (MQ=255)
gTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCata > 1:1864691/1‑140 (MQ=255)
ataaGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCa > 2:412578/1‑140 (MQ=255)
tcgtcACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTaa > 1:226983/1‑140 (MQ=255)
tcgtcACGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTaa > 1:1259283/1‑140 (MQ=255)
aCGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAg > 1:1789469/1‑140 (MQ=255)
cGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAgg < 1:280677/140‑1 (MQ=255)
cGGTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAgg < 1:1101696/140‑1 (MQ=255)
gTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGcc < 2:312964/140‑1 (MQ=255)
gTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGcc < 2:386408/140‑1 (MQ=255)
gTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGcc < 2:236611/140‑1 (MQ=255)
gTCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGcc < 1:1032579/140‑1 (MQ=255)
gTCGATCGGGTCAACGATCTGGAAGTTCAGAAGGACAAGCACGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTAAAAATAAACCCCCATGTAATTAAATGTTGCAATAACGTTCATAGTCTTAACTCCAGGTAAAAAAGGcc < 2:744697/140‑1 (MQ=255)
tCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGccc < 2:226983/140‑1 (MQ=255)
tCGTTCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGccc < 2:1123348/140‑1 (MQ=255)
ttCGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGCCCCTc > 2:1584541/1‑140 (MQ=255)
cGGGTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATACCGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGCCCCTccc < 2:1433546/140‑1 (MQ=255)
gggTAAACAACCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGCCCCTCCCa < 2:1767420/140‑1 (MQ=255)
aacaacCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGCCCCTCCCAAcaca < 1:1120218/140‑1 (MQ=255)
|
CGGCAGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAATAAACCCCCATGTGATTCAATATTGCAATAACGTTCATAGTCATATCTCCAGGTAAAAAAGGCCCCTCCCAACACA > NC_000913/4358384‑4358655
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
