Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F48 I1 R1
|
508 |
125.6 |
4303852 |
99.2% |
4269421 |
139.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
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| RA |
NC_000913 |
4,486,033 |
C→A |
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aminopeptidase A/I/lipopolysaccharide transport system protein LptF |
|
| |
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position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,486,033 | 0 | C | A | 100.0%
| 391.5
/ NA
| 121 | intergenic (‑82/‑185) | pepA/lptF | aminopeptidase A/I/lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (62/59); total (62/59) |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
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|
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tGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGAc < 2:1272025/140‑1 (MQ=255)
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gCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGCCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACt < 1:417488/140‑1 (MQ=255)
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cGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAAt > 2:827175/1‑140 (MQ=255)
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cGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCAt > 2:1596607/1‑140 (MQ=255)
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aCTCCATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACa > 2:178467/1‑140 (MQ=255)
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cATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAAt > 1:801291/1‑140 (MQ=255)
cATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAAt > 1:2143548/1‑140 (MQ=255)
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aCTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTg > 2:568446/1‑138 (MQ=255)
cTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTgaga < 1:546414/140‑1 (MQ=255)
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tACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGagag > 2:1094935/1‑140 (MQ=255)
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gAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCg < 2:96271/140‑1 (MQ=255)
gAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCg < 2:34195/140‑1 (MQ=255)
gAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCg < 2:1997344/140‑1 (MQ=255)
aaTCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATccat > 1:1505150/1‑138 (MQ=255)
aaTCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGt > 2:531759/1‑140 (MQ=255)
aaTCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGt > 1:1405063/1‑140 (MQ=255)
aaTCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGt > 2:292332/1‑140 (MQ=255)
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acTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTg < 2:1684285/139‑1 (MQ=255)
cTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGa < 2:931826/140‑1 (MQ=255)
cTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGa < 2:1124642/140‑1 (MQ=255)
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aaCGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTa > 1:711075/1‑140 (MQ=255)
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gTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGc > 2:1543772/1‑140 (MQ=255)
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tGGCTACAGATAGAATTGCAAACTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGcg > 2:698192/1‑140 (MQ=255)
cTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGcgacg < 1:827175/140‑1 (MQ=255)
aGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTTCGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGAttt > 2:654782/1‑140 (MQ=255)
gATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTc < 2:1368748/140‑1 (MQ=255)
tAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTcga < 2:1690056/140‑1 (MQ=255)
tAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTcga < 1:1543772/140‑1 (MQ=255)
aaGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTcga < 2:801291/139‑1 (MQ=255)
gAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTcgacg > 2:2029813/1‑140 (MQ=255)
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aaTTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTcgacga < 1:683772/140‑1 (MQ=255)
aaTTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTcgacga < 2:154429/140‑1 (MQ=255)
aaTTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTcgacga < 2:1405063/140‑1 (MQ=255)
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ttGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACt > 1:1637000/1‑140 (MQ=255)
tGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTc < 1:1584898/140‑1 (MQ=255)
tGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTc > 2:134165/1‑140 (MQ=255)
tGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTc < 1:1420613/140‑1 (MQ=255)
cAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCaa > 1:1240316/1‑140 (MQ=255)
cAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCaa < 1:2106493/140‑1 (MQ=255)
cAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCaa > 1:1464003/1‑140 (MQ=255)
cAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCaa > 1:1170055/1‑140 (MQ=255)
aaGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAag < 2:878440/140‑1 (MQ=255)
gCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAagag > 1:261746/1‑140 (MQ=255)
cTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAgaga < 2:124817/140‑1 (MQ=255)
tttCGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGaa > 1:173948/1‑140 (MQ=255)
cGTAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATaa > 2:1506892/1‑140 (MQ=255)
tAACTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAAt < 1:531759/140‑1 (MQ=255)
aaCTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATg < 1:1649952/140‑1 (MQ=255)
aaCTCATGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATg < 1:698192/140‑1 (MQ=255)
aTGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATGACGtt > 2:260531/1‑140 (MQ=255)
tGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATGACGttt > 2:757646/1‑140 (MQ=255)
tGTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATGACGttt > 1:762034/1‑140 (MQ=255)
gTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATGACGTTTa < 2:261746/140‑1 (MQ=255)
gTCCGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATGACGTTTa > 1:197283/1‑140 (MQ=255)
cGCTGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATGACGTTTAAGc > 2:712034/1‑140 (MQ=255)
tGTTGAGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATGACGTTTAAGCCAt > 1:392858/1‑140 (MQ=255)
|
CGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGCGATGACTTCGTGTTAATCTTAACGTTATTACGGCATTGGCACGTCAGAACAAAATCTGAGAGGTGAATCCGTTGAGTATAATTATCTTAGCGACGATTTCGACGACTCAAGAGAATAAATGACGTTTAAGCCAT > NC_000913/4485897‑4486167
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
