Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F48 I1 R1
|
76 |
74.1 |
2532288 |
99.0% |
2506965 |
139.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,945,594 |
G→T |
noncoding (1891/2904 nt) |
rrlC → |
23S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,945,594 | 0 | G | T | 98.7%
| 161.8
/ ‑3.0
| 75 | noncoding (1891/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (33/41); total (34/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 |
AAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACC > NC_000913/3945457‑3945703
|
aaGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATcc < 2:366692/140‑1 (MQ=17)
aGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCATGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATccc < 1:208816/140‑1 (MQ=16)
tACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCgt > 2:1222353/1‑139 (MQ=17)
cAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCC‑GTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTaaa > 1:293882/1‑140 (MQ=12)
ctggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAAcg > 2:867137/1‑140 (MQ=17)
ctggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGATGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAAcg < 2:930941/140‑1 (MQ=17)
gctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAAcggcg > 1:465863/1‑140 (MQ=17)
gctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAAcggcg < 2:190118/140‑1 (MQ=17)
gctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAAcggcg > 1:541017/1‑140 (MQ=17)
tgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACggcggc < 1:1112995/140‑1 (MQ=17)
agCAACTGTTCATTAAAAGCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGTCGCCTGCCCGGTGACGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAACGCAAGCGAAGCAATTGCTCGAATCCCCGGTAAACggcggc < 2:170680/139‑1 (MQ=11)
gCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGCGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGcc < 2:661447/140‑1 (MQ=17)
cAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCg < 2:592686/140‑1 (MQ=17)
aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGt < 2:150837/140‑1 (MQ=17)
aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGt < 1:867137/140‑1 (MQ=17)
aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGt < 2:180585/140‑1 (MQ=17)
aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGAAGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGt < 2:237771/140‑1 (MQ=17)
tttATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACta > 1:1048715/1‑140 (MQ=17)
tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtata < 1:556704/140‑1 (MQ=17)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:1157912/140‑1 (MQ=17)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:92130/140‑1 (MQ=17)
ttaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc > 1:802748/1‑140 (MQ=17)
ttaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:1014552/140‑1 (MQ=17)
ttaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 2:630534/140‑1 (MQ=17)
ttaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:1222353/140‑1 (MQ=17)
aaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCC‑GTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTcc < 2:293882/140‑1 (MQ=12)
aGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAgg > 1:266789/1‑140 (MQ=17)
aGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAgg > 1:704249/1‑140 (MQ=17)
gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGt > 1:211543/1‑140 (MQ=17)
gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGt > 2:82402/1‑140 (MQ=17)
tgtgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCg < 1:845451/140‑1 (MQ=17)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATGCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGaa > 2:1041060/1‑140 (MQ=17)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGaa > 2:165449/1‑140 (MQ=17)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGaa > 2:49453/1‑140 (MQ=17)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGaa > 2:1197579/1‑140 (MQ=17)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGaa > 2:927375/1‑140 (MQ=17)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGaa > 2:973459/1‑140 (MQ=17)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGaa > 1:335392/1‑140 (MQ=17)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGaa > 1:673731/1‑140 (MQ=17)
acacGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTcc < 1:114607/140‑1 (MQ=17)
acacGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTcc > 1:600394/1‑140 (MQ=17)
gAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGt < 2:541017/140‑1 (MQ=17)
aaaGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTc > 1:108019/1‑140 (MQ=17)
tGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGt < 2:704249/140‑1 (MQ=17)
tGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGt < 2:62124/140‑1 (MQ=17)
tGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGt < 2:610836/140‑1 (MQ=17)
tGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGt < 2:335392/140‑1 (MQ=17)
gTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGtt < 1:82402/140‑1 (MQ=17)
ataCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTcc < 1:802331/140‑1 (MQ=17)
taCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGTAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCg > 1:1028202/1‑140 (MQ=12)
cGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGT‑AACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAcc < 1:866988/140‑1 (MQ=12)
gtgtGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCt > 1:74525/1‑140 (MQ=17)
gtgtGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCt > 2:825009/1‑140 (MQ=17)
gtgtGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCt > 2:549749/1‑140 (MQ=32)
tgtgACGCCTGTCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCtt > 2:9609/1‑139 (MQ=12)
tgtgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTg > 1:754349/1‑140 (MQ=17)
tgtgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTg > 2:1157330/1‑140 (MQ=17)
gCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGACTTCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTCTAACGGTCCTAAGGTGGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGaa < 1:1192773/140‑1 (MQ=11)
gCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGaa < 1:1135345/140‑1 (MQ=17)
gCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGaa < 2:754349/140‑1 (MQ=17)
gCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGaa < 1:1041060/140‑1 (MQ=17)
gCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGaa < 1:165449/140‑1 (MQ=17)
cTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATg > 2:794675/1‑140 (MQ=18)
gCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGc > 2:898130/1‑140 (MQ=17)
cccGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCg < 1:927375/140‑1 (MQ=17)
gTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAgg < 2:465863/140‑1 (MQ=17)
gTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAgg < 2:802748/140‑1 (MQ=17)
gTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAgg < 1:1157330/140‑1 (MQ=17)
ttAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGc > 2:1001948/1‑140 (MQ=17)
ttAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGc > 1:506995/1‑140 (MQ=18)
aTTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGt < 2:851683/140‑1 (MQ=17)
tGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct < 1:432856/140‑1 (MQ=17)
tGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct < 1:973459/140‑1 (MQ=17)
ggggTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGATATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCAc > 2:1216168/1‑140 (MQ=17)
ggggTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCAc > 2:1134121/1‑140 (MQ=18)
gggTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct < 2:451770/135‑1 (MQ=17)
gggTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct > 1:451770/1‑135 (MQ=17)
gggTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAATCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGATCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCAcc > 1:1232828/1‑140 (MQ=12)
|
AAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACC > NC_000913/3945457‑3945703
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
