Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F48 I1 R1
|
55 |
131.7 |
4456318 |
99.2% |
4420667 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,412,487 |
G→T |
R34L (CGC→CTC) |
yjfM → |
DUF1190 domain‑containing protein YjfM |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,412,487 | 0 | G | T | 100.0%
| 623.8
/ NA
| 174 | R34L (CGC→CTC) | yjfM | DUF1190 domain‑containing protein YjfM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (87/87); total (87/87) |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TTTTAACGCAGCTTGTATGACATGGTAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGAT > NC_000913/4412350‑4412623
|
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tAACGCAGCTTGTATGACATGGTAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACg < 2:1128349/140‑1 (MQ=255)
gCAGCTTGTATGACATGGTAATGGTCGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGcaca > 1:1701527/1‑140 (MQ=255)
cAGCTTGTATGACATGGTAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACaa < 1:677378/140‑1 (MQ=255)
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ggTAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTg > 1:2142732/1‑140 (MQ=255)
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gTAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTgg < 1:758515/140‑1 (MQ=255)
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tAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGgc > 1:304176/1‑140 (MQ=255)
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tGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGt < 2:683036/140‑1 (MQ=255)
gCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGc < 1:91389/140‑1 (MQ=255)
gCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGc > 1:824713/1‑140 (MQ=255)
gCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGc > 1:1135044/1‑140 (MQ=255)
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aaaaCGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCtt > 1:1680574/1‑140 (MQ=255)
aaaaCGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCtt > 2:1324472/1‑140 (MQ=255)
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aaaaCGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCtt > 2:1384802/1‑140 (MQ=255)
aaaaCGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCtt > 2:1416896/1‑140 (MQ=255)
cGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGGCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCtttttt > 2:1691680/1‑140 (MQ=255)
gCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTc < 1:1051640/140‑1 (MQ=255)
tCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTAtt > 2:64691/1‑140 (MQ=255)
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aGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGaa < 1:52127/140‑1 (MQ=255)
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aGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGaa < 1:269302/140‑1 (MQ=255)
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aaCAGTAAAATTGGCCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTg > 1:837762/1‑140 (MQ=255)
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aGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAg < 1:1794902/140‑1 (MQ=255)
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gTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGc < 2:1748546/140‑1 (MQ=255)
tAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCg > 2:715526/1‑140 (MQ=255)
aaaaTTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGa > 2:1922227/1‑140 (MQ=255)
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tGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAAcgacggcgacg > 2:1505726/1‑140 (MQ=255)
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aCCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACg < 1:2098884/139‑1 (MQ=255)
gAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGtttt > 2:552021/1‑140 (MQ=255)
aataatCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACg < 1:1065613/135‑1 (MQ=255)
aataatCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTa > 2:916828/1‑140 (MQ=255)
aataatCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTa > 2:2190127/1‑140 (MQ=255)
aataatCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTa < 1:64691/140‑1 (MQ=255)
aataatCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTa > 1:1331939/1‑140 (MQ=255)
aataatCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTAGTATTGATAGGTTTTAGCGTTAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAAAGTTTTa > 2:176143/1‑140 (MQ=255)
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tCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 1:16129/140‑1 (MQ=255)
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tCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 2:1600007/140‑1 (MQ=255)
tCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 1:546309/140‑1 (MQ=255)
tCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 2:1446988/140‑1 (MQ=255)
tCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 2:2057492/140‑1 (MQ=255)
tCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 1:1540122/140‑1 (MQ=255)
tCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACACACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 2:2084077/140‑1 (MQ=255)
accTTTTGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 2:629217/139‑1 (MQ=255)
ttGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 2:1102180/135‑1 (MQ=255)
ttGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTg < 1:1922227/140‑1 (MQ=255)
ttGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTg < 1:429308/140‑1 (MQ=255)
tGAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGc < 2:603336/140‑1 (MQ=255)
gAACCGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCa < 2:12011/140‑1 (MQ=255)
ccGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGa < 2:496691/140‑1 (MQ=255)
ccGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGa < 2:1135044/140‑1 (MQ=255)
ccGTGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGa < 2:1431749/140‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGa > 2:432171/1‑137 (MQ=255)
tGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGa < 1:432171/137‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTg > 1:1980788/1‑140 (MQ=255)
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tGCCGCAATCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTg > 2:1572075/1‑140 (MQ=255)
aTCTCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATtgat < 2:1191015/140‑1 (MQ=255)
|
TTTTAACGCAGCTTGTATGACATGGTAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGAT > NC_000913/4412350‑4412623
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
