Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F48 I1 R1
|
79 |
90.7 |
3162666 |
99.0% |
3131039 |
139.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,901,007 |
G→T |
W139L (TGG→TTG) |
yqcE → |
putative transport protein YqcE |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,901,007 | 0 | G | T | 99.4%
| 550.7
/ ‑6.3
| 155 | W139L (TGG→TTG) | yqcE | putative transport protein YqcE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (68/86); minor base C (1/0); total (69/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
CGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGT > NC_000913/2900872‑2901141
|
cGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCttgatt > 2:458344/1‑139 (MQ=255)
cGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCttgatg > 2:181837/1‑140 (MQ=255)
cGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCttgatg > 1:820682/1‑140 (MQ=255)
cGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCttgatg > 2:1086141/1‑140 (MQ=255)
cGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGACGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCttgatt > 2:400966/1‑139 (MQ=255)
gCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgc > 2:388589/1‑140 (MQ=255)
cTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgcg > 2:943689/1‑140 (MQ=255)
cTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgcg > 1:890857/1‑140 (MQ=255)
cTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgcg > 1:1096637/1‑140 (MQ=255)
tgtgGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgcgc > 2:743337/1‑140 (MQ=255)
tgtgGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgcgc > 1:1397710/1‑140 (MQ=255)
tgtgGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgcgc > 2:644641/1‑140 (MQ=255)
tgtgGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgcgc > 1:1068233/1‑140 (MQ=255)
tgtgGGCAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGCTTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTgcgc > 2:356300/1‑140 (MQ=255)
tgGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCgcgg > 1:807614/1‑140 (MQ=255)
ggTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCgcggcg < 2:1380649/140‑1 (MQ=255)
ggTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCgcggcg < 2:1147460/140‑1 (MQ=255)
tctGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTa > 2:1099000/1‑140 (MQ=255)
tGTATTCAGACCGCCTTTGCGCTAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAACGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAAt > 2:985106/1‑140 (MQ=255)
tATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGTGCGGCGTCGGTGTAATGt > 1:1119684/1‑140 (MQ=255)
ttCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCg < 1:795844/140‑1 (MQ=255)
aGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCtt > 2:167252/1‑139 (MQ=255)
gATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTgg < 1:356300/140‑1 (MQ=255)
gATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTgg > 1:954625/1‑140 (MQ=255)
gATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTgg < 2:106404/140‑1 (MQ=255)
gATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTgg < 1:167252/140‑1 (MQ=255)
aTCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTgg > 2:672246/1‑139 (MQ=255)
aTCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTgg < 1:672246/139‑1 (MQ=255)
aTCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGc < 1:450929/140‑1 (MQ=255)
aTCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGc > 1:1021306/1‑140 (MQ=255)
tCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCg > 1:986594/1‑140 (MQ=255)
tCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCg < 1:626289/140‑1 (MQ=255)
cGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCgg < 1:7871/140‑1 (MQ=255)
gCCTTTGTGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 1:1291123/1‑140 (MQ=255)
gCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATTCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 2:1114397/1‑140 (MQ=255)
gCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 1:844396/1‑140 (MQ=255)
gCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 2:1357761/1‑140 (MQ=255)
gCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 1:487254/1‑140 (MQ=255)
gCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 2:1372819/1‑140 (MQ=255)
gCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 1:221406/1‑140 (MQ=255)
gCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 1:346990/1‑140 (MQ=255)
cTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgtgt > 2:882177/1‑140 (MQ=255)
acgaTTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGt < 1:747930/140‑1 (MQ=255)
tttAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCtttt > 1:714452/1‑140 (MQ=255)
ttAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTtc < 1:743337/140‑1 (MQ=255)
aTGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCg < 1:261779/140‑1 (MQ=255)
gCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCt < 1:595130/140‑1 (MQ=255)
gtgGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTg > 1:1315710/1‑140 (MQ=255)
tgGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGc > 1:1168564/1‑140 (MQ=255)
ggTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCa < 2:820682/140‑1 (MQ=255)
gTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc > 2:774137/1‑140 (MQ=255)
gTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc > 2:1052768/1‑140 (MQ=255)
gTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc < 1:433827/140‑1 (MQ=255)
gTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc < 1:56451/140‑1 (MQ=255)
cGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCg < 2:714452/140‑1 (MQ=255)
tgtCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGAt > 1:286792/1‑140 (MQ=255)
aTTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAg > 2:508909/1‑140 (MQ=255)
aTTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAg > 1:196948/1‑140 (MQ=255)
aTTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCACTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAg > 1:332130/1‑140 (MQ=255)
aaaGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCAc < 2:527853/140‑1 (MQ=255)
aaaGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCAc < 2:1315710/140‑1 (MQ=255)
aaaGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCAc < 2:1397710/140‑1 (MQ=255)
aGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCa > 2:219822/1‑140 (MQ=255)
cATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCtt > 2:118501/1‑139 (MQ=255)
aTCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTTCACCGGATGACAGCACCAGCCTGa > 2:1181300/1‑140 (MQ=255)
agTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGaaa < 2:947971/139‑1 (MQ=255)
ttGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAAc > 1:273991/1‑140 (MQ=255)
ttGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAAc < 1:154172/140‑1 (MQ=255)
ttGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAAc > 2:1511662/1‑140 (MQ=255)
gCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACgg < 1:219822/140‑1 (MQ=255)
gCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACgg < 2:1068233/140‑1 (MQ=255)
attGGGGATTATAGCGAACAAGGGAAAATTATGGGCTTAATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAAAGTCGCTGGAGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGt < 2:807614/139‑1 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa < 2:1551144/140‑1 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa > 1:1193161/1‑140 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa < 2:844396/140‑1 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa < 2:1021306/140‑1 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa < 1:1181300/140‑1 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa < 2:1137669/140‑1 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa < 2:487254/140‑1 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa < 2:153594/140‑1 (MQ=255)
tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCa < 2:286792/140‑1 (MQ=255)
gCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCAtt < 2:1291123/140‑1 (MQ=255)
gCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCAtt < 2:1336028/140‑1 (MQ=255)
cGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTa < 1:1480439/140‑1 (MQ=255)
gATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTat < 1:1108621/140‑1 (MQ=255)
gATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTat < 1:873993/140‑1 (MQ=255)
gATCATAGCGAACAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTat < 1:654943/140‑1 (MQ=255)
cATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatcat < 2:954625/140‑1 (MQ=255)
aaTAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatcat < 2:273991/139‑1 (MQ=255)
aaTAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatcat < 2:196948/139‑1 (MQ=255)
aTAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCAtt > 2:298409/1‑134 (MQ=255)
aTAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCAtt < 1:298409/134‑1 (MQ=255)
aGCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAgt < 2:789742/140‑1 (MQ=255)
gCAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAgtg < 1:1052768/140‑1 (MQ=255)
cAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAgtgt > 2:61274/1‑140 (MQ=255)
cAAGGGAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAgtgt < 1:508909/140‑1 (MQ=255)
gggAAAATTATGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGt < 1:1367688/140‑1 (MQ=255)
aTGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCtt < 1:1565647/140‑1 (MQ=255)
tGGGCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCttg > 1:1296168/1‑140 (MQ=255)
gggCTTGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCttgt < 2:890857/140‑1 (MQ=255)
|
CGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGT > NC_000913/2900872‑2901141
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
