Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F48 I1 R1
|
79 |
90.7 |
3162666 |
99.0% |
3131039 |
139.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,382,156 |
C→A |
intergenic (+46/‑44) |
degQ → / → degS |
periplasmic serine endoprotease/serine endoprotease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,382,156 | 0 | C | A | 98.1%
| 183.3
/ NA
| 53 | intergenic (+46/‑44) | degQ/degS | periplasmic serine endoprotease/serine endoprotease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (31/21); minor base T (1/0); total (32/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAAC > NC_000913/3382020‑3382289
|
tGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTg < 2:1155389/140‑1 (MQ=255)
aaaTGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGt < 1:1237339/140‑1 (MQ=255)
aaTGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTa < 1:975355/140‑1 (MQ=255)
aaTGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTa < 2:263766/140‑1 (MQ=255)
cTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGtt > 1:886411/1‑140 (MQ=255)
tGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGTAAGCATCTCTCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTc > 2:224357/1‑140 (MQ=255)
gcggcAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTccc > 2:1498330/1‑140 (MQ=255)
gcggcAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTccc < 1:266155/140‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCttttt > 2:1486123/1‑140 (MQ=255)
ccGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAAt < 1:777725/140‑1 (MQ=255)
ggCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGa < 2:886411/140‑1 (MQ=255)
ccATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACg < 1:354987/140‑1 (MQ=255)
cccTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCcatca > 2:86657/1‑140 (MQ=255)
cAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGttt > 2:887951/1‑140 (MQ=255)
aaaTTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGtttt > 2:173929/1‑139 (MQ=255)
ttGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGa > 2:434809/1‑140 (MQ=255)
ttGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGa < 1:32334/140‑1 (MQ=255)
gTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAg < 1:1495436/140‑1 (MQ=255)
gcgGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGctct > 2:1169367/1‑140 (MQ=255)
gcgGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGctct > 1:1425837/1‑140 (MQ=255)
aaGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGt < 1:1498330/140‑1 (MQ=255)
gCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCGTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTg > 2:1055674/1‑140 (MQ=255)
atctatctGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCg > 2:826199/1‑140 (MQ=255)
tctatctGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGa < 1:173929/140‑1 (MQ=255)
tgctgATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGAt > 1:1230069/1‑140 (MQ=255)
tgATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTaa > 1:353765/1‑140 (MQ=255)
aTGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAAtt > 1:1162993/1‑140 (MQ=255)
aTGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAAtt > 1:667359/1‑140 (MQ=255)
gCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGt > 2:887822/1‑140 (MQ=255)
gCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGt < 2:1425837/140‑1 (MQ=255)
cGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTc > 1:4138/1‑140 (MQ=255)
aaTGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGgcg < 2:318978/140‑1 (MQ=255)
cGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACATGTGGTATGCTGCTGCCTTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTATTTGTCGGCGCTAtt > 1:1321007/1‑140 (MQ=255)
gTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTAtt > 1:1457675/1‑139 (MQ=255)
gTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTAtt < 2:1457675/139‑1 (MQ=255)
gTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTc < 2:905204/140‑1 (MQ=255)
ccGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTctgctg > 2:1530043/1‑140 (MQ=255)
gggCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGt > 1:527673/1‑140 (MQ=255)
gggCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGt > 2:818901/1‑140 (MQ=255)
ggCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGtt > 1:395052/1‑140 (MQ=255)
ggCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGtt > 1:844933/1‑140 (MQ=255)
ggCATCAGGCTTACGTGTGATGTCAGGTTAACTAGTGTCATGTTGCTGCCGTTCCTTTTTATATTGCTGCCTCCATTGTGTTTGTGAAGCTCTTACTTTTTTTTGCGATTGGCTTATTATGCTGCGTTATTGTTCTGGtt > 2:791514/1‑140 (MQ=255)
aCGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCg < 1:1055674/140‑1 (MQ=255)
aCGTGTGATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCg < 1:86657/140‑1 (MQ=255)
tgATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTgcg < 2:1321007/140‑1 (MQ=255)
tgATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTgcg < 1:791514/140‑1 (MQ=255)
tgATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTgcg < 2:667359/140‑1 (MQ=255)
tgATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTGACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTgcg < 2:1230069/140‑1 (MQ=255)
gATGTCCGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTgcgc > 2:828729/1‑140 (MQ=255)
gATGTCCGGGTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTgcgc > 2:13185/1‑140 (MQ=255)
cGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGTATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCTCTGCGCAGCCtt > 2:473873/1‑140 (MQ=255)
cGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCtt > 1:328715/1‑140 (MQ=255)
cGGTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCtt > 1:457068/1‑140 (MQ=255)
ggTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTa > 2:1139064/1‑140 (MQ=255)
gTTAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTaa > 2:1041666/1‑140 (MQ=255)
ttAACTAGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAAc > 1:295364/1‑140 (MQ=255)
|
TGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAAC > NC_000913/3382020‑3382289
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
