Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F48 I1 R1
|
62 |
93.4 |
3176452 |
99.2% |
3151040 |
139.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,176,911 |
C→A |
D124Y (GAC→TAC) |
yqiB ← |
DUF1249 domain‑containing protein YqiB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,176,911 | 0 | C | A | 100.0%
| 349.8
/ NA
| 99 | D124Y (GAC→TAC) | yqiB | DUF1249 domain‑containing protein YqiB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (61/38); total (61/38) |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTCCGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATGATACAGACG > NC_000913/3176772‑3177046
|
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ttGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTACTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTa > 1:931661/1‑140 (MQ=255)
gTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTaaa < 1:34099/140‑1 (MQ=255)
aaTCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACt > 1:459161/1‑140 (MQ=255)
ggCCTCACCAGCCAGAGTAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGAt > 1:54488/1‑140 (MQ=255)
ggCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGAt < 1:405908/140‑1 (MQ=255)
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gggTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGc < 2:684966/140‑1 (MQ=255)
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aaCAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACtt > 2:839070/1‑140 (MQ=255)
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gCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTttat < 2:270200/140‑1 (MQ=255)
gCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTttat < 2:733392/140‑1 (MQ=255)
cTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACt > 1:445714/1‑133 (MQ=255)
cTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTttatt > 1:802889/1‑140 (MQ=255)
cTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTttatt > 2:1365175/1‑140 (MQ=255)
cTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTttatt > 2:575527/1‑140 (MQ=255)
cTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTttatt < 1:1087857/140‑1 (MQ=255)
cTTACCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACt < 2:445714/133‑1 (MQ=255)
tttCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAAGCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTttatta > 1:1389507/1‑140 (MQ=255)
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ttCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAg < 2:289043/140‑1 (MQ=255)
ttCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAg < 1:841158/140‑1 (MQ=255)
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ccAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGa < 1:1349400/140‑1 (MQ=255)
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tgtCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATa < 1:1365175/140‑1 (MQ=255)
gtCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGGTAATCATAc > 2:199864/1‑140 (MQ=255)
gtCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATAc > 1:1430174/1‑140 (MQ=255)
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tCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATAcc > 1:364522/1‑140 (MQ=255)
tCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATAcc > 2:327267/1‑140 (MQ=255)
ttAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACcgcg > 1:178643/1‑140 (MQ=255)
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aGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCt > 1:1156648/1‑140 (MQ=255)
gTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCttt > 2:1293123/1‑140 (MQ=255)
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tCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGaa > 2:1055019/1‑140 (MQ=255)
tCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGaa > 2:1362843/1‑140 (MQ=255)
tCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGaa > 1:774530/1‑140 (MQ=255)
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cACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAg > 1:1076898/1‑140 (MQ=255)
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aaCCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATctgct < 1:519112/140‑1 (MQ=255)
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gCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAaca < 2:9034/140‑1 (MQ=255)
ccATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAacac < 1:881524/140‑1 (MQ=255)
tCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACt < 2:481642/140‑1 (MQ=255)
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acATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGc < 2:863906/139‑1 (MQ=255)
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cTAAACAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATc > 1:630196/1‑140 (MQ=255)
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aaCAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcgcg < 1:133090/140‑1 (MQ=255)
aaCAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcgcg < 1:1574836/140‑1 (MQ=255)
aaCAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcgcg < 2:178643/140‑1 (MQ=255)
aCAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGt < 1:1293123/140‑1 (MQ=255)
aCAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGt < 2:523607/140‑1 (MQ=255)
cAGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTc < 1:1362843/140‑1 (MQ=255)
aaGTATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTc < 2:204447/139‑1 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcgcg < 2:225425/135‑1 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcgcg > 1:225425/1‑135 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcg > 2:472916/1‑133 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcg < 1:472916/133‑1 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcg > 1:1113036/1‑133 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATcg < 2:1113036/133‑1 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCAtt > 2:1029658/1‑139 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCAtt > 2:859708/1‑139 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATg > 1:1106386/1‑140 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATg > 1:1499657/1‑140 (MQ=255)
tATCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATg > 2:694601/1‑140 (MQ=255)
tATCGCAACCAGGACGCTATAAACTGATTAATTTGTTGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACATTTTATTAGGATAATCATATCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCAtt > 2:646805/1‑139 (MQ=255)
tCGCAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATGAt > 2:811570/1‑140 (MQ=255)
cAACCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATGATACa > 2:44600/1‑140 (MQ=255)
cAACCAGCACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATGATACa > 1:155882/1‑140 (MQ=255)
aCCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATGATACAGa > 2:479055/1‑140 (MQ=255)
aCCAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATGATACAGa > 2:1211176/1‑140 (MQ=255)
cAGTACGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATGATACAGACg < 2:802889/140‑1 (MQ=255)
|
GTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACGCTAATAAACCGGAATCGCCATCGCTCCATGTGCTAAACAGTATCGCAACCAGTCCGCTAAAAACTGATTAATTTGATGCTTTTCGTCGCGTTGATGCAACTTTTTATTAGGATAATCATACCGCGCTTTGAAGCGAAAAATCTGCTGGCTTGAACACACTTCAGCCACCATCGCGTCATGATACAGACG > NC_000913/3176772‑3177046
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
