Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F13 I1 R1
|
24 |
670.1 |
22273598 |
98.8% |
22006314 |
140.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,542,725 |
(T)6→5 |
intergenic (+92/‑390) |
fimE → / → fimA |
regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,542,720 | 0 | T | . | 99.4%
| 3628.1
/ 19.8
| 632 | intergenic (+87/‑395) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base . (334/291); total (339/293) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 685 total aligned reads displayed.
TTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCAT > NC_000913/4542571‑4542864
|
tttGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAt > 2:10810819/1‑150 (MQ=255)
cGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtttttc > 1:10810826/1‑149 (MQ=255)
aTTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtttttctc > 2:10810845/1‑146 (MQ=255)
ttATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtttttctca < 1:10810385/149‑5 (MQ=255)
ttATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtttttctc > 1:10810849/1‑145 (MQ=255)
ttATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCaa < 1:10809963/150‑1 (MQ=255)
aTGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAg < 2:10810237/149‑1 (MQ=255)
tGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCa < 1:10810528/150‑1 (MQ=255)
tGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCa > 2:10810860/1‑150 (MQ=255)
tGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTGAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGc < 1:10810257/149‑1 (MQ=255)
ggAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCAt > 1:10810868/1‑149 (MQ=255)
aaagaaaTAATCTCATAAACAAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCa < 2:10810284/146‑1 (MQ=255)
gaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATcaaaa > 2:10810879/1‑149 (MQ=255)
aataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAatat > 1:10810888/1‑150 (MQ=255)
taatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATAtt > 2:10810892/1‑149 (MQ=255)
atCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAANTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaa > 1:10810900/1‑149 (MQ=255)
aTAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaaaa < 1:10810295/148‑1 (MQ=255)
aTAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaaa < 1:10809729/147‑1 (MQ=255)
aTAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAAc < 1:10810149/149‑1 (MQ=255)
aTAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAAc < 2:10810400/149‑1 (MQ=255)
aTAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAAc > 1:10810915/1‑149 (MQ=255)
tAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACg > 2:10810920/1‑149 (MQ=255)
cGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAACACGACaa > 1:10810932/1‑149 (MQ=255)
cGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaa > 2:10810931/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaaaaaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaaaa < 2:10810316/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaaaa < 1:10810431/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAg < 1:10810489/150‑1 (MQ=255)
aaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAACAATATTAAAAAACggc > 1:10810944/1‑141 (MQ=255)
ttAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATc < 1:10809886/150‑1 (MQ=255)
aaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTaa > 1:10810957/1‑150 (MQ=255)
aaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAAc > 2:10810958/1‑150 (MQ=255)
aagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCaa > 2:10810971/1‑107 (MQ=255)
agagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGa > 1:10810974/1‑150 (MQ=255)
gagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGat < 1:10810036/150‑1 (MQ=255)
agGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGata < 1:10810080/150‑1 (MQ=255)
ggTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGatat > 2:10810986/1‑150 (MQ=255)
tGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTa > 1:10810992/1‑149 (MQ=255)
gATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaaaa < 2:10810359/117‑1 (MQ=255)
tttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAatt < 1:10810344/150‑1 (MQ=255)
tttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TCTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAat > 2:10811002/1‑149 (MQ=255)
tAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAattat > 1:10811007/1‑150 (MQ=255)
aaCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAattat < 1:10810465/149‑1 (MQ=255)
cTTATTGATAATAAAGTT‑AAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCt < 2:10809942/150‑1 (MQ=255)
ttATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAACTAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGANAAAATGCATCTAACTGTTTGATGTGTAAATTATTTc > 2:10811016/1‑149 (MQ=255)
tATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTa > 1:10811020/1‑150 (MQ=255)
aTTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGt < 1:10810510/128‑1 (MQ=255)
ttGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTAt < 2:10810503/149‑1 (MQ=255)
ttGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAAAAATAAAAAACGACAAAAAGCATCt < 2:10810417/121‑1 (MQ=255)
tGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTg > 1:10811034/1‑150 (MQ=255)
tGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTg > 2:10811031/1‑150 (MQ=255)
taataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAata < 2:10810258/94‑1 (MQ=255)
taataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTaa < 1:10810402/150‑1 (MQ=255)
taataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTa > 2:10811043/1‑149 (MQ=255)
ataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaat < 1:10810364/150‑1 (MQ=255)
taaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCCAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTaa > 2:10811051/1‑116 (MQ=255)
aaaGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaatt > 1:10811056/1‑149 (MQ=255)
aaGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaatta < 1:10810602/149‑1 (MQ=255)
gTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaattaatt > 2:10811064/1‑150 (MQ=255)
ttAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAAttt > 1:10811068/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTca > 1:10811078/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAat < 2:10810335/82‑1 (MQ=255)
aaaaaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTg < 2:10810118/115‑1 (MQ=255)
aaaaaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTaa > 2:10811084/1‑139 (MQ=255)
aaaaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTcaca < 1:10810637/150‑1 (MQ=255)
aaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTACATTAATTTcaca > 2:10811093/1‑148 (MQ=255)
cAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTT‑TTTTTTTTTTAAATATTAAAAAACGACAAAAAg > 2:10811103/1‑95 (MQ=255)
aaataaatACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCt > 1:10811105/1‑150 (MQ=255)
taaataCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCg > 1:10811117/1‑150 (MQ=255)
aaataCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCg > 2:10811121/1‑149 (MQ=255)
ataCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCta > 1:10811132/1‑150 (MQ=255)
ataCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCAATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATNATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCta > 2:10811131/1‑150 (MQ=255)
atgaaaCATTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCtata < 2:10811177/145‑1 (MQ=255)
aaGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTatata > 2:10811150/1‑149 (MQ=255)
aaGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATg > 1:10811143/1‑150 (MQ=255)
aGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATg > 1:10811155/1‑149 (MQ=255)
aCAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCg < 2:10810594/140‑1 (MQ=255)
aaTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAg > 2:10811165/1‑150 (MQ=255)
aaTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAg > 1:10811168/1‑150 (MQ=255)
gggCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAAc > 1:10811206/1‑150 (MQ=255)
ggCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAttt < 2:10810180/102‑1 (MQ=255)
agCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAAAAACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAatta < 2:10810576/98‑1 (MQ=255)
ccAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAttt < 2:10810464/100‑1 (MQ=255)
cAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGttt < 1:10810564/150‑1 (MQ=255)
aaCTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATaaaaa < 2:10809812/48‑1 (MQ=255)
aCTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCtg < 2:10811217/150‑1 (MQ=255)
cTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCtgt > 1:10811219/1‑150 (MQ=255)
tCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGttt < 2:10810629/143‑1 (MQ=255)
cATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTc < 1:10811231/150‑1 (MQ=255)
tatCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTa < 2:10811239/133‑1 (MQ=255)
tatCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTc < 2:10810438/148‑1 (MQ=255)
cATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACg > 1:10811245/1‑149 (MQ=255)
ataaataaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGc < 1:10810692/149‑1 (MQ=255)
ataaataaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGc < 2:10810539/149‑1 (MQ=255)
ataaataaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCa < 1:10810211/150‑1 (MQ=255)
taaataaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCAt < 1:10808499/150‑1 (MQ=255)
aaataaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATc > 2:10811251/1‑150 (MQ=255)
aaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTcc > 1:10811259/1‑150 (MQ=255)
aGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCt < 2:10810723/150‑1 (MQ=255)
tACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAAAGAAAAAAAGCATCTAACTGTTTGa < 2:10810152/60‑1 (MQ=255)
aCGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCAt < 1:10811267/149‑1 (MQ=255)
|
TTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCAT > NC_000913/4542571‑4542864
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
