Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F13 I1 R1
|
17 |
935.6 |
30504812 |
99.2% |
30260773 |
142.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,542,725 |
(T)6→5 |
intergenic (+92/‑390) |
fimE → / → fimA |
regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,542,720 | 0 | T | . | 99.4%
| 3995.7
/ 13.6
| 710 | intergenic (+87/‑395) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base . (378/327); total (381/329) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
Only 100 of 750 total aligned reads displayed.
TTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATT > NC_000913/4542571‑4542865
|
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aTTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtttttctc > 1:14859138/1‑146 (MQ=255)
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aagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATaaaa < 1:14858675/150‑1 (MQ=255)
aagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATaaa > 1:14859181/1‑149 (MQ=255)
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gTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATg > 2:14859303/1‑150 (MQ=255)
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tAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAatta < 1:14857949/149‑1 (MQ=255)
tAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAatt < 2:14858635/148‑1 (MQ=255)
aTTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTAt > 1:14859334/1‑150 (MQ=255)
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aaaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACAt < 1:14858607/150‑1 (MQ=255)
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aCAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTa > 2:14859451/1‑149 (MQ=255)
aCAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCCATATGTaa < 1:14858405/150‑1 (MQ=255)
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aaTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAg > 2:14859466/1‑150 (MQ=255)
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ttGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGc > 1:14859483/1‑149 (MQ=255)
ttGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCt < 1:14858634/150‑1 (MQ=255)
tGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCt < 2:14859483/149‑1 (MQ=255)
ggggCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTaa > 1:14859601/1‑150 (MQ=255)
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aaaCTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTc < 1:14859616/150‑1 (MQ=255)
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ccATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGttt < 2:14859634/142‑1 (MQ=255)
ccATATCATAAATAAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACAACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaat < 2:14858410/102‑1 (MQ=255)
cATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTT‑TTTTTTTTTAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaattaatt > 2:14859644/1‑106 (MQ=255)
atatCATAAATNAGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAGTTTCACATCACCTCCGATATATGTAAAGCTACCGTTTCTGTGGCTc > 1:14859650/1‑149 (MQ=255)
ataaataaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTa > 2:14859662/1‑123 (MQ=255)
taaataaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCAt > 1:14859664/1‑150 (MQ=255)
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ataaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCtt < 1:14859675/150‑1 (MQ=255)
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aaGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTcc > 1:14859210/1‑150 (MQ=255)
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aGTTACGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCt < 2:14858923/150‑1 (MQ=255)
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aCGTA‑TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCAt < 2:14858801/149‑1 (MQ=255)
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TTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCATCTTCCTCATT > NC_000913/4542571‑4542865
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
