Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F13 I1 R1
|
111 |
382.4 |
18081076 |
99.7% |
18026832 |
98.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,877,945 |
(C)6→7 |
intergenic (+327/+624) |
iap → / ← cas2 |
alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,877,939 | 1 | . | C | 98.9%
| 1431.8
/ 6.6
| 351 | intergenic (+321/+630) | iap/cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (180/167); total (182/169) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 406 total aligned reads displayed.
ACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTC > NC_000913/2877839‑2878034
|
aCGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATgc‑g > 2:5516763/1‑101 (MQ=255)
aCGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATgc‑g > 1:5516765/1‑101 (MQ=255)
cgGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑ccc > 2:5516775/1‑101 (MQ=255)
ggggAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc < 1:5516041/101‑1 (MQ=255)
ggggAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc > 1:5516779/1‑101 (MQ=255)
gggAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATgc‑g > 2:5516785/1‑96 (MQ=255)
gAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGT‑G‑‑cccc‑ccc < 2:5516235/101‑2 (MQ=255)
aaCTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc‑cccg < 1:5516070/101‑3 (MQ=255)
aCTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc‑cccgg > 1:5516791/1‑98 (MQ=255)
cTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc‑cccggt < 2:5515899/101‑5 (MQ=255)
cGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTGATGC‑GC‑CCCC‑CCGGttt > 1:5516797/1‑101 (MQ=255)
cGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGttt > 2:5516798/1‑101 (MQ=255)
tAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTAt < 2:5516076/101‑1 (MQ=255)
aGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATc > 1:5516803/1‑101 (MQ=255)
gTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcc > 1:5516809/1‑101 (MQ=255)
tCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATccc > 2:5516813/1‑101 (MQ=255)
tCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATccc < 2:5516035/101‑1 (MQ=255)
tCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATccc < 2:5516157/101‑1 (MQ=255)
ccATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 1:5516818/1‑101 (MQ=255)
catTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTg > 1:5516824/1‑101 (MQ=255)
gttCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTgg > 1:5516831/2‑101 (MQ=255)
ttCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGgc < 1:5516229/101‑1 (MQ=255)
ttCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGgc < 1:5516092/101‑1 (MQ=255)
ccACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTgg < 2:5516003/98‑1 (MQ=255)
aCCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCgg > 2:5516835/1‑101 (MQ=255)
aCCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCgg < 1:5516263/101‑1 (MQ=255)
ccTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCgggg < 2:5516189/101‑1 (MQ=255)
cTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCgggg > 1:5516838/1‑101 (MQ=255)
tGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCTC‑‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAc < 2:5515951/101‑1 (MQ=255)
tGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAc > 1:5516845/1‑101 (MQ=255)
gTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAct > 2:5516849/1‑101 (MQ=255)
gAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑CCCCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTgg > 1:5516855/1‑101 (MQ=255)
aaCTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTggg < 2:5516112/101‑1 (MQ=255)
aaCTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTggg < 1:5515996/101‑1 (MQ=255)
aaCTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTggg > 2:5516858/1‑101 (MQ=255)
cgcccGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAActc < 2:5516126/93‑1 (MQ=255)
cTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGggcg > 1:5516862/1‑101 (MQ=255)
tCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 2:5516866/1‑77 (MQ=255)
ccGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTgg < 1:5516335/80‑1 (MQ=255)
cGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTg < 1:5516437/93‑1 (MQ=255)
cGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGctt < 2:5516324/101‑1 (MQ=255)
ggTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttg > 1:5516871/1‑101 (MQ=255)
gTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttgc > 1:5516878/1‑101 (MQ=255)
ttATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttgcct > 2:5516882/1‑101 (MQ=255)
ttATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttgcct > 1:5516883/1‑101 (MQ=255)
tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCgggg > 2:5516887/1‑81 (MQ=255)
ccccGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGggcgg > 2:5516893/1‑90 (MQ=255)
ccccGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGca < 1:5516411/101‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcc < 1:5516145/101‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcc > 2:5516898/1‑101 (MQ=255)
gCTGGCGCGGGGACCTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGACCTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcca < 1:5516241/101‑1 (MQ=39)
gCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcca > 1:5516904/1‑101 (MQ=255)
gCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagcca > 2:5516903/1‑101 (MQ=255)
cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 2:5516608/101‑1 (MQ=255)
cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 2:5516312/101‑1 (MQ=255)
cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 2:5516265/101‑1 (MQ=255)
cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 2:5516386/101‑1 (MQ=255)
cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 1:5516207/101‑1 (MQ=255)
cTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcagccag < 1:5516110/101‑1 (MQ=255)
tGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttgcct > 2:5516912/1‑91 (MQ=255)
tGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑cccc‑cccg > 1:5516913/1‑48 (MQ=255)
cgcgGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTcc < 2:5516211/101‑1 (MQ=255)
gcgGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 1:5516924/1‑56 (MQ=255)
gcgGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCca < 1:5516283/101‑1 (MQ=255)
gcgGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCca < 2:5516178/101‑1 (MQ=255)
gcgGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCca > 1:5516920/1‑101 (MQ=255)
cgGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCcag > 2:5516925/1‑101 (MQ=255)
ggggAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCg < 1:5516191/55‑1 (MQ=255)
ggAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGaa > 1:5516932/1‑66 (MQ=255)
gAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCagcagc < 2:5516249/101‑1 (MQ=255)
gAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCagcagc < 1:5516309/101‑1 (MQ=255)
gAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCagcagc < 2:5516434/101‑1 (MQ=255)
aaCTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 2:5516934/1‑50 (MQ=255)
cTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGt < 2:5516357/101‑1 (MQ=255)
tCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGtt < 1:5516348/101‑1 (MQ=255)
cccGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGttt > 2:5516939/1‑101 (MQ=255)
ccGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTa > 1:5516941/1‑101 (MQ=255)
cGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGgc > 2:5516949/1‑50 (MQ=38)
cGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTAt > 2:5516945/1‑101 (MQ=255)
gggggATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCt > 2:5516955/1‑46 (MQ=38)
gggagATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCca < 1:5515692/88‑1 (MQ=38)
gggATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGaa > 1:5516958/1‑55 (MQ=25)
ggATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATcccc < 1:5516377/101‑1 (MQ=255)
gATAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCg < 1:5516548/101‑1 (MQ=255)
aTAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 1:5516967/1‑38 (MQ=38)
aTAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGc < 2:5516407/101‑1 (MQ=255)
aTAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGc < 1:5516166/101‑1 (MQ=255)
aTAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGc > 2:5516963/1‑101 (MQ=255)
tAATGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATcccc > 2:5516970/1‑37 (MQ=38)
aaTGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTg < 1:5516063/101‑1 (MQ=255)
aTGTTTACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGcttgcc > 1:5516975/1‑65 (MQ=255)
tttACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGgcgc > 1:5516980/1‑101 (MQ=255)
ttACGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGcgcg > 2:5516983/1‑101 (MQ=255)
aCGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCggg < 2:5516287/101‑1 (MQ=255)
aCGGTCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCggg > 2:5516988/1‑101 (MQ=255)
gTCATGC‑GCCCCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGa < 2:5516535/101‑1 (MQ=255)
tCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAc > 1:5516992/1‑101 (MQ=255)
tCATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAc < 1:5516497/101‑1 (MQ=255)
cATGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACt < 1:5515832/101‑1 (MQ=255)
aTGC‑GC‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTc > 1:5516996/1‑101 (MQ=255)
|
ACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGC‑G‑‑CCCC‑CCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTC > NC_000913/2877839‑2878034
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
