Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A18 F53 I0 R2
|
221 |
66.0 |
2680176 |
94.9% |
2543487 |
126.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
3,735,910 |
C→A |
36.4% |
V66L (GTA→TTA) |
U712_19255 ← |
Quinol oxidase subunit 2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 3,735,910 | 0 | C | A | 36.4%
| 36.7
/ 12.5
| 48 | V66L (GTA→TTA) | U712_19255 | Quinol oxidase subunit 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/10); new base A (16/2); total (36/12) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGTCTGTACTGTTGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTAAATAGAACAAAGACGACCCCGACGATAAACAGCATAAATCCGATAGATAACAGGATTAAATCACTTTGCTGTTCAGCTACAGGTCCTTTCGGATCTAGTACT > CP006881/3735772‑3736025
|
tCGTCTGTACTGTTGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTAc < 3:224954/139‑1 (MQ=255)
gTCTGTACTGTTGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTTGGAGCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACt < 7:203815/138‑1 (MQ=255)
tCTGTACTGTTGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGTTTTTAGTa > 3:183813/1‑138 (MQ=255)
tGTACTGTTGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTaaa > 4:131002/1‑138 (MQ=255)
tGTACTGTTGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGACTTTACGGTCGCGGGATTTTTCTaaaa > 3:271305/1‑139 (MQ=255)
tACTGTTGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAaata < 3:131002/139‑1 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTTATAAaaaaatag > 3:85854/1‑136 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTAGTAAAATAATGGt > 7:329926/1‑139 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTACAAAAAAAATGGt > 2:60694/1‑139 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTTCTAAaataaatgt > 2:20824/1‑135 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTTCTAAAATAATgt > 6:107998/1‑137 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTTCTAAAATAATgg > 8:60466/1‑138 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTTCTAAAATAATTGt > 7:109780/1‑139 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTTATAAaataattg > 7:57651/1‑136 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATg < 5:165123/137‑1 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGTGTTTTGTAAAATAATTGt > 1:212020/1‑139 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCATTTACGGTCGCGGTTTTTTTATAAaataattg > 4:164763/1‑136 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAAATGGGATCACTGTCCAGACTACTACTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCAATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCTGTGTTTTACTAAAATAATGGt > 7:78380/1‑139 (MQ=255)
ttGGCACAGAAAGTGCAATGACGATAAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTAATTAAAAATTgg > 6:315519/1‑138 (MQ=255)
ggCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTTCTAAAATAATTGTa > 4:145014/1‑138 (MQ=255)
ggCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGTTTTTTATTAAATAAATGTaa > 3:71784/1‑139 (MQ=255)
gCACAGATAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAAAGTGTTACCGTGAATTTCTGGGGTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGGCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTaaa < 5:107998/139‑1 (MQ=255)
gCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTaaa < 5:36864/139‑1 (MQ=255)
gCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTaaa < 8:72028/139‑1 (MQ=255)
gCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTaaa < 1:138459/139‑1 (MQ=255)
gCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTaaa < 1:129337/139‑1 (MQ=255)
gCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTaaa < 2:154626/139‑1 (MQ=255)
gCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTaaa < 3:106410/139‑1 (MQ=255)
acaGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGATTTTTCTTAAATAATTGTTAATa > 3:157222/1‑139 (MQ=255)
acaGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGATTTTTCTAAAAAAATTGtatata > 4:148042/1‑139 (MQ=255)
gAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTACTGGGTTATAAGATCCATAATCTTTGCCTTTACTCTCGCGGGATATTACTAAAAAAAAAGTaaaaata > 3:266557/1‑134 (MQ=255)
tGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGTTTTTAAAAAAAAAATTGTTAATAGAACa > 8:320281/1‑136 (MQ=255)
aTTAAAATTGGGATCACTGTCCAGCCTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTCCGGTCGCGGGATTTTTATAAATTAATGGTTAATAGAAAAAAGACCAccccca > 7:306602/1‑137 (MQ=255)
aTTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGTTTTTTATATAATAATTGTTAATATATCAAAGACGAcccccc > 5:314098/1‑137 (MQ=255)
tCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTTCTAAAAAAAATGTTAAAAGTAAAAAGACCACCCCGACGATAAAAAGCATAAAAcc > 6:124715/1‑139 (MQ=255)
actTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTTATAAAATAATGGTAAAAAGAACAAATAAGCCCCCGCACAAAAAAAGCAAAAATACgaaagat > 8:35522/1‑138 (MQ=255)
ttCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTTATAATATAATTGTTAATATAAAAAAAACGCCCCCGGCGAGAAACAGCCAAAAAACCATAGATaa > 1:156280/1‑138 (MQ=255)
ttCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTAAAAAAATAATTGTAAATATAACAAAAACCACCCCGACGATAAACAGCATAAAAACGATAGaaaa > 6:70959/1‑138 (MQ=255)
ttCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTTATTAAATAATTGTAAATATAACAAAGACCACCCCCACGATAAAAAGCATAAAAACGATAGATaa > 3:250789/1‑138 (MQ=255)
ttCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGTTTTTTGTTAATAAATTGTTTATAGAAAAAAAACGCACCCGCCGAGAAACAGCAAAAATCCGATAGATaa > 4:23840/1‑138 (MQ=255)
ttCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGATTTTACTAAAATAATGGTAAATAGAACAAAGACGCCCCCGCCGATAAACAGCATAAAAGCgatagatta > 4:223285/1‑136 (MQ=255)
aaaaCGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTTATAAAATAATTTTTAAAAAAAAAAAAACGACCCCCCCAAAAAACACCAAAAATAAGATACATaaaactag > 3:9832/1‑133 (MQ=255)
aaCGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGTTTTTTAAAAAATAATTGTTAATATAACAAATACGACCCCGCCGCTAAAAAACCTAAATAAGATAGATAACAGGAtt > 7:92677/1‑138 (MQ=255)
tgtTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGGGGTTTTGTAAAATAATTGGATATTGATCAAATACGACCCCCCCCATAAACACCCTAAAAACGAGAGTTAACCGGATTaaaa > 4:19369/1‑137 (MQ=255)
ccaaTTATCTTTTCTTTTCGGGTCGCTTTATTTAAAAAAAATATTTTAAAAAACAACAACCACGACCCCGACGATAAACAGCATAAATCCGATAGATAACAGGATTAAATCACTTTGCTGTTCAGCTACAGGTCCTTTc < 7:35522/136‑1 (MQ=255)
acaattattTTTGCTTTTGCGGGGGTGTTATTTAAAAAAAATATTGATAAAAACAACAACCACGACCCCGACGATAAACAGCATAAATCCGATAGATAACAGGATTAAATCACTTTGCTGTTCAGCTACAGGTCCTTTc < 7:60466/136‑1 (MQ=255)
cATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTAATAAAATAATTTTTAATAGAAAAAAGACCCCCCCGCCGCAAAAAAGCCTAAAAAAGATAGAAAACAGCATTTAATAACATTTCTGTTAAGCTACACGGCCATTCgg > 2:85529/1‑139 (MQ=255)
tGCCTTTACGGTCGCGGTTTTTTAATAAAATAATTGTAAATAGAAAAAACACGACCCCGCCGATAAACAACAAAAATACGATAGATAAAAGGATTAAATAACTTTTCTGTTCAGCTACACGTCCTTTCGGATCTAGTAc > 3:305587/1‑139 (MQ=255)
gCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGGTAATAGAACAAAGACGCCCCCGCCGATAAACAGCATAAATCCGATAGATAACAGGATTAAATCACTTTTCTGTTCAGCTACAGGTCCTTTCGGATCTAGTACt > 5:143512/1‑139 (MQ=255)
|
TCGTCTGTACTGTTGGCACAGAAAGTGCAATGACGATTAAAATTGGGATCACTGTCCAGACTACTTCTAAAAACGTGTTACCGTGAATTTCTGGGTTATAAGATCCATTATCTTTGCCTTTACGGTCGCGGTATTTTACTAAAATAATGGTAAATAGAACAAAGACGACCCCGACGATAAACAGCATAAATCCGATAGATAACAGGATTAAATCACTTTGCTGTTCAGCTACAGGTCCTTTCGGATCTAGTACT > CP006881/3735772‑3736025
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
