Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A27 F124 I0 R1
|
44 |
29.6 |
1159012 |
90.6% |
1050064 |
142.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,183,275 |
C→G |
100% |
N677K (AAC→AAG) |
rpoB → |
RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,183,275 | 0 | C | G | 93.5%
| 75.8
/ 0.1
| 31 | N677K (AAC→AAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (14/15); total (16/15) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.69e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTG > NC_000913/4183141‑4183408
|
cTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCAtt > 2:320544/1‑143 (MQ=255)
ttGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCCGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACCATGACACCCAGCGTGCATTGATCGGTg > 2:224916/1‑143 (MQ=255)
aTCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGCGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGAGGGGTGCGAGCATGCAACGTCggg > 2:573717/1‑143 (MQ=255)
aTCCAGCTGGTTCCGCCGAGAACATGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAgg < 2:275346/143‑1 (MQ=255)
cTTGTTCCGCCGCGCCCAGTTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTc < 2:266085/143‑1 (MQ=255)
cTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTc < 2:155206/143‑1 (MQ=255)
ttGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACGCAGCAGGGGGTATCCGTCGGTGCGTCCGTGATCCCGTTCCTGGAACACGAGGACGCCGAGCGTGCGTTGATGGGTGCGAACATGCAACGGCACGCCggtgc > 1:73600/1‑139 (MQ=255)
aGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGCTGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTGCCGACTCCGCGCGCTGag > 2:213000/1‑142 (MQ=255)
aCTACATGGACGTACCCACCCACCAGGTGCTATCCGTCGGCTCGTCCCTGCTCCCGTTCCTGGAACACGATGCCGCCAAGCGTGCATTCATTGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCg < 1:120998/143‑1 (MQ=255)
aCATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCtg < 1:327537/143‑1 (MQ=255)
ggACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCtggttg < 1:81928/143‑1 (MQ=255)
cACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGCTGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTa > 1:30126/1‑143 (MQ=255)
aCCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCACCGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTAt > 1:66034/1‑143 (MQ=255)
tccAGCGGGGGGTATCCGTCGGGGCGTGCCTTATCTCGTTCATGGAACACGATGACGCCAAGCGTACATTGATGGGTGCCAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCTCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATg < 2:101774/142‑1 (MQ=255)
gcagGTGGTATCCGTCGATGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAAc < 2:2172/143‑1 (MQ=255)
tggtATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTTATGAGTACAAACATACAACGTGAGGCCGTTCCGGCTCTGCGGCCTGATACGCCGATGATTGGTACTGTGATCGAACATGCt > 2:433671/1‑143 (MQ=255)
cGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCACGCGTGCATTTCTGGGTGCGACCACGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATACGCCGCTGGTCGGTACTGGTACCCCACGtgctgctgcac > 2:258863/1‑141 (MQ=255)
gTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCAGTCGGGTGGTACTGGGACGGCACGTGCTGTTGCCGt > 1:241048/1‑143 (MQ=255)
gTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGAAGCCAAGCGTGCATTGATGGGGGCGAAGAACGCCCGTCAGGCCGGACCGACTCTGCGCGCTGATAGCCCGATGGTAGGTGCTGGTGTGGGACGAGCTgcagcaga > 2:348987/1‑136 (MQ=255)
ggTGCGGCCCGCATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCCTTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGa < 1:206341/143‑1 (MQ=255)
gTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGGGCTGTCGCCGTTGAc > 2:84172/1‑143 (MQ=255)
tGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACt < 1:4081/143‑1 (MQ=255)
tCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCgg > 1:571797/1‑143 (MQ=255)
cTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGgtgt < 2:162919/143‑1 (MQ=255)
tttCCGGGAGCGCGATGACGCCAAGCGTCGATTGCTGGTTGCTGACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCTCTGATAAGCCTCTGGTTTGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGCCTCCGGTGTAACTGCgg < 2:85934/142‑1 (MQ=255)
ttCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTCACTGCGGt > 1:498671/1‑143 (MQ=255)
ttCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGt > 1:500747/1‑143 (MQ=255)
cGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg < 1:251664/143‑1 (MQ=255)
cGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTCATACGAAAAAATATGTTGTCGTTGTCTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg < 1:110649/143‑1 (MQ=255)
cGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGAGAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg > 1:517790/1‑143 (MQ=255)
ggACGCCGAGCGTGCGGTGAGGGGTGGGGACGTGCAACGTCAGGGCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtggtg < 1:201062/142‑1 (MQ=255)
|
CTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTG > NC_000913/4183141‑4183408
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
