Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F59 I0 R1
|
60 |
41.1 |
1578944 |
90.5% |
1428944 |
142.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
771,453 |
T→G |
53.7% |
intergenic (+842/‑5) |
mngB → / → cydA |
alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 771,453 | 0 | T | G | 53.7%
| 9.3
/ 40.9
| 46 | intergenic (+842/‑5) | mngB/cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/10); new base G (13/11); total (25/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
TTTGCAACCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCAAACAG > NC_000913/771314‑771595
|
tttGTATCCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTTTGCATTCACATGGTATGATGAATGTATTCAGACAAATTTCTACTGGCGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCat < 2:593902/143‑1 (MQ=255)
gCACCCTTTCTGTACGCCGTTTCCGTGTCCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCatgat < 1:740214/143‑1 (MQ=255)
aaCCTGTCTTTACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGt < 1:125434/143‑1 (MQ=255)
aCCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGtt < 1:320705/143‑1 (MQ=255)
ctttctttACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGCCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGttgg > 2:490513/1‑141 (MQ=255)
ttctttACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACCAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAATCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGCTAGat > 2:427532/1‑143 (MQ=255)
ttACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAg < 1:424070/143‑1 (MQ=255)
gCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGa > 1:81611/1‑143 (MQ=255)
ccGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGaa < 1:25188/143‑1 (MQ=255)
gTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGACTTCGTGCGATGAGCAAGGAGTCGTGATGTTGGATATAGTCGAACt > 2:529827/1‑143 (MQ=255)
caTGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTg > 1:132942/1‑143 (MQ=255)
ttGGTATGGTGAAAGGGTTCAATTAGATTTTTATCGGGGCTTGTGTGTGACCCTTTCTTGCGGGGTTTAAGCTCGTTGTATTGATTATTTAACCAAGGAGGCATGATGTTAGAGATAGGCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGc < 2:558754/142‑1 (MQ=255)
aTGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGc < 1:92069/143‑1 (MQ=255)
gTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGAGCATGCGTGTGACCCTTGCTAACGGGGTTCACCCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCATGGAGTCAAGGCGTTAGAGAGAGTCGAACTCTAGCGACTACACATTGCCtt > 2:582870/1‑143 (MQ=255)
gTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATAACTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACCCTCCGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATCTAGCAGAACTGTCGCGGCTACAGtttcgctt > 2:216643/1‑138 (MQ=255)
tggtgaAAGTGTTCAACCAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGTTCCTTTCTAACGGGGTCCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGTGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGAc < 2:8113/140‑1 (MQ=255)
tgatgaAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCTCGCTTACAGTTTGCCTTGAc > 2:124069/1‑143 (MQ=255)
gaAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGACATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACcgcg > 1:371447/1‑143 (MQ=255)
aaacaaaTTTCTATTGGGGCATGCGTGTGGCCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACt > 1:751034/1‑143 (MQ=255)
tCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTtg > 1:531045/1‑143 (MQ=255)
tATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTtgtg > 1:415854/1‑143 (MQ=255)
gggCATGCGTGCGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACt > 1:674882/1‑143 (MQ=255)
gCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGa < 2:81611/143‑1 (MQ=255)
gCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCt < 1:319846/143‑1 (MQ=255)
tgtgACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCgg < 1:783381/143‑1 (MQ=255)
tgACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTa > 1:139583/1‑143 (MQ=255)
gttcccTCTGTAGCGGGGTTCACTCTGGGTGTTTTCTTGCGATGAGCAAGGATGCATGATGTTAGTTATAGTCGCACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTa < 2:198475/140‑1 (MQ=255)
gcccATTCTACCGGGGTTTACTCTGGGAGTCTTCATGCGCTGAGCAAGGCGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACTGTTTGCCTTGACCGCAATGTACTACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATg < 2:55461/142‑1 (MQ=255)
ccTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGc < 1:305631/143‑1 (MQ=255)
tttCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTcgc > 1:746161/1‑77 (MQ=255)
tttCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTcgc < 2:746161/77‑1 (MQ=255)
tttCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCAGGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGt > 1:672918/1‑143 (MQ=255)
tAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGGATGGCGtcgct > 2:424646/1‑139 (MQ=255)
tAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACCGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTccc > 2:724919/1‑142 (MQ=255)
tAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGAAGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTCTGTGCCCCTGACGCTCGCTATGGCGTTccc > 2:413677/1‑142 (MQ=255)
ctctCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGAACGCGATGTGCCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTAt > 1:658745/1‑143 (MQ=255)
tctcGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGATTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGCTATGGCCTTCCTCCTGGCCatgatg > 2:219285/1‑143 (MQ=255)
ctcGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCATGCTGGCCATTATgg > 1:736051/1‑143 (MQ=255)
cGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGaa > 1:269595/1‑143 (MQ=255)
gTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACgg < 1:43681/143‑1 (MQ=255)
tCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTa > 1:100029/1‑143 (MQ=255)
aGCAGGGGGGCATGATGTTAGATATAGTCGAGCTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTcc < 1:618850/143‑1 (MQ=255)
gCAAGGAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCCTACAGTGTGCCATGGCCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGTTATGACATTCCGGCTGGCCAGTATGGAAGCCGGCGACGCCctcgcgg > 2:250412/1‑139 (MQ=255)
aggaggCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGTCCATTATGGACACGGGCTACGTCCTCTCCGGcc > 2:29473/1‑142 (MQ=255)
aGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGTTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCa < 1:509289/143‑1 (MQ=255)
aGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACTGTCTACGTCCTCTCCGGCa < 1:54068/143‑1 (MQ=255)
gAGGCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCaaa < 1:124069/143‑1 (MQ=255)
tCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCCAACAg > 2:332429/1‑143 (MQ=255)
|
TTTGCAACCTTTCTTTACGCCGTTTTTGTGTGCATTCACATGGTATGATGAAAGTGTTCAAACAAATTTCTATTGGGGCATGCGTGTGACCCTTTCTAACGGGGTTCACTCTCGGAGTCTTCATGCGATGAGCAAGGAGTCATGATGTTAGATATAGTCGAACTGTCGCGCTTACAGTTTGCCTTGACCGCGATGTACCACTTCCTTTTTGTGCCACTGACGCTCGGTATGGCGTTCCTGCTGGCCATTATGGAAACGGTCTACGTCCTCTCCGGCAAACAG > NC_000913/771314‑771595
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
