Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I2 R1
|
92 |
50.6 |
2362856 |
94.3% |
2228173 |
111.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,340,022 |
C→T |
G152G (GGC→GGT) |
ubiG → |
bifunctional 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase/ 2‑octaprenyl‑6‑hydroxy phenol methylase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,340,022 | 0 | C | T | 100.0%
| 232.9
/ NA
| 65 | G152G (GGC→GGT) | ubiG | bifunctional 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase/ 2‑octaprenyl‑6‑hydroxy phenol methylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (37/28); total (37/28) |
CGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAGAA > NC_000913/2339887‑2340154
|
cGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAggtggc > 1:699758/1‑139 (MQ=255)
tGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGa > 1:952982/1‑139 (MQ=255)
aaCCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCttt > 1:133001/1‑139 (MQ=255)
cgcgGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAAc > 1:249497/1‑139 (MQ=255)
cgcgGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAAc > 1:140955/1‑139 (MQ=255)
gcgGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAAcc < 1:209055/139‑1 (MQ=255)
ccGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTc < 2:133001/139‑1 (MQ=255)
cGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCa > 1:1058959/1‑139 (MQ=255)
gtgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtgg > 2:366748/1‑139 (MQ=255)
gtgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtgg > 2:1123446/1‑139 (MQ=255)
gtgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtgg > 1:581971/1‑139 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCCACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt > 1:550714/1‑139 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCttt > 1:25878/1‑92 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCttt < 2:25878/92‑1 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTtct > 2:679908/1‑96 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTtct < 1:679908/96‑1 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt > 2:987904/1‑139 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt > 2:74763/1‑139 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt > 2:254703/1‑139 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt > 1:373234/1‑139 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt > 1:550713/1‑139 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCg > 1:924125/1‑134 (MQ=255)
tgACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCg < 2:924125/134‑1 (MQ=255)
aCCTGCATTGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttg < 2:699758/139‑1 (MQ=255)
cTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggt < 2:249497/139‑1 (MQ=255)
cTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggt < 2:373234/139‑1 (MQ=255)
cTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggt < 2:102476/139‑1 (MQ=255)
gCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGc < 2:179055/139‑1 (MQ=255)
cATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCg > 1:180231/1‑139 (MQ=255)
cTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATAttt > 1:280641/1‑139 (MQ=255)
cACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCa < 2:952982/139‑1 (MQ=255)
cACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCa < 1:987904/139‑1 (MQ=255)
cGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGc < 2:3037/120‑1 (MQ=255)
cGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGc > 1:3037/1‑120 (MQ=255)
gTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATgg > 1:1085680/1‑139 (MQ=255)
tCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggtt > 1:1137137/1‑113 (MQ=255)
tCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggtt < 2:1137137/113‑1 (MQ=255)
tCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATg > 2:479634/1‑137 (MQ=255)
tCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATg < 1:479634/137‑1 (MQ=255)
ccccGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTg > 1:394501/1‑139 (MQ=255)
cGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCg > 2:266495/1‑115 (MQ=255)
cGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCg < 1:266495/115‑1 (MQ=255)
aTCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCaa > 2:543863/1‑139 (MQ=255)
cGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAGCGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAgg > 1:279384/1‑139 (MQ=255)
tcagtGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCa > 2:815646/1‑70 (MQ=255)
tcagtGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCa < 1:815646/70‑1 (MQ=255)
cagtGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCa < 1:254703/139‑1 (MQ=255)
cagtGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCa < 2:581971/139‑1 (MQ=255)
gtGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggt > 1:1020875/1‑99 (MQ=255)
gtGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggt < 2:1020875/99‑1 (MQ=255)
gtGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCatg < 2:280641/139‑1 (MQ=255)
gtGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCatg < 1:543863/139‑1 (MQ=255)
ggTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTc < 1:308470/43‑1 (MQ=255)
ggTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTc > 2:308470/1‑43 (MQ=255)
cAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGAtgtg < 2:140955/139‑1 (MQ=255)
gCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGc > 2:781053/1‑127 (MQ=255)
gCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGc < 1:781053/127‑1 (MQ=255)
cTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGaagaag > 1:735212/1‑139 (MQ=255)
gtgCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGtt > 2:1109554/1‑139 (MQ=255)
tgCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTTGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGa < 1:699074/71‑1 (MQ=255)
tgCGCAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTAATGGCTGa > 2:699074/1‑71 (MQ=255)
cAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCa < 2:2210/100‑1 (MQ=255)
cAACTGGTGAAACCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCa > 1:2210/1‑100 (MQ=255)
aaaCCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAg > 2:55424/1‑139 (MQ=255)
aaaCCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAg < 1:55424/139‑1 (MQ=255)
aCCAGGTGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAGaa > 1:1083771/1‑139 (MQ=255)
|
CGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAGAA > NC_000913/2339887‑2340154
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A