Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I2 R1
|
92 |
50.6 |
2362856 |
94.3% |
2228173 |
111.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,340,898 |
C→T |
R244H (CGC→CAC) |
melR ← |
melibiose operon transcriptional regulator, autoregulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,340,898 | 0 | C | T | 100.0%
| 169.1
/ NA
| 48 | R244H (CGC→CAC) | melR | melibiose operon transcriptional regulator, autoregulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (24/24); total (24/24) |
TGTTGCGGCGACATGCCGACATATTTGCCGAACGTGCTGTAAAAACGACTACTTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGCGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAGCGCCTGATCATA > NC_000913/4340766‑4341019
|
tgttgCGGCGACATGCCGACATATTTGCCGAACGTGCTGTAAAAACGACTACTTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATcg < 2:809808/139‑1 (MQ=255)
gcgACATGCCGACATATTTGCCGAACGTGCTGTAAAAACGACTACTTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAAt > 2:1122395/1‑139 (MQ=255)
gACATGCCGACATATTTGCCGAACGTGCTGTAAAAACGACTACTTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGt < 1:1107059/139‑1 (MQ=255)
aaCGTGCTGTAAAAACGACTACTTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCa > 1:1060044/1‑139 (MQ=255)
aaaaCGACTACTTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTgg > 1:1063379/1‑139 (MQ=255)
tactTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATg < 2:689246/122‑1 (MQ=255)
tactTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATg > 1:689246/1‑122 (MQ=255)
gAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCa > 2:540425/1‑115 (MQ=255)
gAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCa < 1:540425/115‑1 (MQ=255)
aaaGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAg > 2:93351/1‑139 (MQ=255)
aaGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATcc < 2:266023/127‑1 (MQ=255)
aaGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATcc > 1:266023/1‑127 (MQ=255)
aGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTAGCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCt < 2:397378/117‑1 (MQ=255)
aGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTAGCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCt > 1:397378/1‑117 (MQ=255)
tGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCAt < 1:119694/72‑1 (MQ=255)
tGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCAt > 2:119694/1‑72 (MQ=255)
ccGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTa > 2:310724/1‑77 (MQ=255)
ccGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTa < 1:310724/77‑1 (MQ=255)
ccGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGtt > 2:1104039/1‑139 (MQ=255)
gCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGa < 2:1063379/139‑1 (MQ=255)
aaTATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACg > 1:467712/1‑139 (MQ=255)
tatCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTg < 1:1104039/139‑1 (MQ=255)
tCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCt < 2:264693/139‑1 (MQ=255)
agaATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGtt > 2:920772/1‑70 (MQ=255)
agaATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGtt < 1:920772/70‑1 (MQ=255)
ttttATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGTATATCCCCATTGCATAGTTGACGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATc > 1:566867/1‑139 (MQ=255)
ggTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATg > 2:769319/1‑139 (MQ=255)
tATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGt < 2:906189/139‑1 (MQ=255)
cGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAg < 2:174842/139‑1 (MQ=255)
cTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAgcg > 1:650947/1‑139 (MQ=255)
tCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAgcgc < 2:1060044/139‑1 (MQ=255)
tCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAgcgc < 1:769319/139‑1 (MQ=255)
tCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAgcgc < 2:650947/139‑1 (MQ=255)
tAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAatat > 2:782544/1‑75 (MQ=255)
tAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAatat < 1:782544/75‑1 (MQ=255)
tAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGt < 2:301078/129‑1 (MQ=255)
tAACGCGCGAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGt > 1:301078/1‑129 (MQ=255)
cgcgcgAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTTGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAGCGCCTGATCa < 2:566867/139‑1 (MQ=255)
cgcgAACGTGTTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCAACGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGt < 2:723386/84‑1 (MQ=255)
cgcgAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCa > 2:454372/1‑54 (MQ=255)
cgcgAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCa < 1:454372/54‑1 (MQ=255)
cgcgAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGt > 1:723386/1‑84 (MQ=255)
cgcgAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCcaca < 1:1057792/113‑1 (MQ=255)
cgcgAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCcaca > 2:1057792/1‑113 (MQ=255)
cgcgAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAGCGCCTGATCATa > 2:896261/1‑139 (MQ=255)
cgcgAACGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAGCGCCTGATCATa > 1:772922/1‑139 (MQ=255)
aCGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCcac < 1:234491/107‑1 (MQ=255)
aCGTGGTTGATGTGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCcac > 2:234491/1‑107 (MQ=255)
|
TGTTGCGGCGACATGCCGACATATTTGCCGAACGTGCTGTAAAAACGACTACTTGAACGAAAGCCTGCCGTCAGGGCAATATCGAGAATACTTTTATCGGTATCGCTCAGTAACGCGCGAACGTGGTTGATGCGCATCGCGGTAATGTACTGTTTCATCGTCAATTGCATGACCCGCTGGAATATCCCCATTGCATAGTTGGCGTTAAGTTTGACGTGCTCAGCCACATCGTTGATGGTCAGCGCCTGATCATA > NC_000913/4340766‑4341019
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
