Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I2 R1
|
67 |
27.9 |
1239648 |
95.3% |
1181384 |
112.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,476,575 |
T→C |
V380A (GTA→GCA) |
yjgL → |
SopA‑central‑domain‑like hexapeptide repeat protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,476,575 | 0 | T | C | 90.2%
| 123.9
/ 3.4
| 41 | V380A (GTA→GCA) | yjgL | SopA‑central‑domain‑like hexapeptide repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/0); new base C (18/19); total (22/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
AACAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGATCAGTCTAAAATAGCTGAGACATTATTTTTCA > NC_000913/4476439‑4476712
|
aaCAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCaa < 1:449024/139‑1 (MQ=255)
aaTGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGaa > 2:592342/1‑139 (MQ=255)
tGAAATTAATGCCATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTTGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATa < 2:401982/139‑1 (MQ=255)
tGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATa > 2:27757/1‑139 (MQ=255)
tGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATa > 2:349830/1‑139 (MQ=255)
aTGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTg > 1:318930/1‑139 (MQ=255)
aTGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTg < 1:521391/139‑1 (MQ=255)
cATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGgtgt < 2:318930/139‑1 (MQ=255)
aTCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGtt > 1:79239/1‑139 (MQ=255)
aaCCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGTTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATaaaa > 2:402360/1‑139 (MQ=255)
ctcATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCa < 2:79239/139‑1 (MQ=255)
ttATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTtga > 2:236692/1‑139 (MQ=255)
tCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATaaaa > 2:602388/1‑115 (MQ=255)
tCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATaaaa < 1:602388/115‑1 (MQ=255)
tCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCaa < 1:41194/123‑1 (MQ=255)
tCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCaa > 2:41194/1‑123 (MQ=255)
cTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGc < 1:184012/115‑1 (MQ=255)
cTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGc > 2:184012/1‑115 (MQ=255)
gatgatGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGa < 2:574267/139‑1 (MQ=255)
atgCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATaaa > 1:283694/1‑139 (MQ=255)
tgCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAg < 2:283694/139‑1 (MQ=255)
cAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAgca > 2:96943/1‑139 (MQ=255)
ggTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGaa > 2:368803/1‑74 (MQ=255)
ggTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGaa < 1:368803/74‑1 (MQ=255)
ttAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGcatgcatg < 1:127007/139‑1 (MQ=255)
aCCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTc < 2:161344/139‑1 (MQ=255)
cGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATaaa < 2:541460/139‑1 (MQ=255)
gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATc > 1:279122/1‑139 (MQ=255)
gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGttt > 1:565786/1‑74 (MQ=255)
gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGttt < 2:565786/74‑1 (MQ=255)
gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTtga < 2:349358/98‑1 (MQ=255)
gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTtga > 1:349358/1‑98 (MQ=255)
gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGa < 1:46127/112‑1 (MQ=255)
gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGa > 2:46127/1‑112 (MQ=255)
tCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCa > 2:211823/1‑139 (MQ=255)
cgattcTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGttt > 2:521076/1‑64 (MQ=255)
cgattcTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGCAAGAATACTGGATTGGTGttt < 1:521076/64‑1 (MQ=255)
atgatgCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTaa < 2:140853/61‑1 (MQ=255)
atgatgCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTaa > 1:140853/1‑61 (MQ=255)
atgatgCAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGATCAGTCTAAAATAGCTGAGACattatt > 2:522613/1‑139 (MQ=255)
gTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGATCAGTCTAAAATAGCTGAGACATTATTTTTCa > 1:311715/1‑139 (MQ=255)
|
AACAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGATCAGTCTAAAATAGCTGAGACATTATTTTTCA > NC_000913/4476439‑4476712
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
