Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F1 I1 R1
|
77 |
35.1 |
1569012 |
96.6% |
1515665 |
112.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,812,173 |
T→C |
L414L (TTA→CTA) |
ydjN → |
putative transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,812,173 | 0 | T | C | 100.0%
| 88.9
/ NA
| 25 | L414L (TTA→CTA) | ydjN | putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (14/11); total (14/11) |
GCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGA > NC_000913/1812050‑1812300
|
gCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAAc < 1:344162/139‑1 (MQ=255)
cTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTGGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTa > 2:554594/1‑139 (MQ=255)
aCCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTa > 2:589598/1‑139 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACgg > 2:93683/1‑139 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACgg > 2:309337/1‑139 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCt > 1:709639/1‑139 (MQ=255)
cTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAc < 1:93683/139‑1 (MQ=255)
cgccgcACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAccagc > 1:416079/1‑139 (MQ=255)
ctgcctgcGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCaaa > 1:534108/1‑139 (MQ=255)
gcctgcGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTa < 2:79425/89‑1 (MQ=255)
gcctgcGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTa > 1:79425/1‑89 (MQ=255)
cctgcGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCg > 2:282787/1‑139 (MQ=255)
gATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGc > 1:54934/1‑122 (MQ=255)
gATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGc < 2:54934/122‑1 (MQ=255)
gATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGACaaa > 1:410230/1‑139 (MQ=255)
aTGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 2:534108/139‑1 (MQ=255)
aTGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 1:554594/139‑1 (MQ=255)
gCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGtt > 1:562369/1‑70 (MQ=255)
gCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGtt < 2:562369/70‑1 (MQ=255)
ccTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCAtt < 2:113239/139‑1 (MQ=255)
gCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTg > 2:771580/1‑139 (MQ=255)
aCCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCAtt < 1:468750/129‑1 (MQ=255)
aCCCTGGTGGCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCAtt > 2:468750/1‑129 (MQ=255)
tggtggCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAga < 1:282787/139‑1 (MQ=255)
tggtggCGCTGCTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAga < 2:410230/139‑1 (MQ=255)
|
GCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGA > NC_000913/1812050‑1812300
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
