Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I2 R1
|
59 |
52.6 |
2411032 |
94.1% |
2268781 |
113.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,073,225 |
T→C |
W563R (TGG→CGG) |
flu → |
CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,073,225 | 0 | T | C | 100.0%
| 560.2
/ NA
| 143 | W563R (TGG→CGG) | flu | CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (79/64); total (79/64) |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
ACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGA > NC_000913/2073090‑2073360
|
acgctgacgctgAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa < 1:586272/139‑1 (MQ=255)
cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGaa > 1:145531/1‑139 (MQ=255)
cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGaa > 1:468647/1‑139 (MQ=255)
cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGaa > 1:1139520/1‑139 (MQ=255)
gctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAat < 2:469676/139‑1 (MQ=255)
ctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAata < 2:617284/139‑1 (MQ=255)
tgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGa < 2:145531/139‑1 (MQ=255)
aCGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATaa > 1:1056816/1‑139 (MQ=255)
aGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCa < 1:448548/139‑1 (MQ=255)
gTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCAc > 1:1134819/1‑139 (MQ=255)
gTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCAc < 2:1115075/139‑1 (MQ=255)
ccGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGt > 2:630086/1‑139 (MQ=255)
accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 2:925760/1‑139 (MQ=255)
accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:1067927/1‑139 (MQ=255)
ccacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTc > 1:15588/1‑139 (MQ=255)
cGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCggt < 2:631422/139‑1 (MQ=255)
ggATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCggtg > 1:1053083/1‑139 (MQ=255)
gATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCggtgg > 1:914897/1‑139 (MQ=255)
gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa < 1:216984/103‑1 (MQ=255)
gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa > 2:216984/1‑103 (MQ=255)
tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 2:1051482/139‑1 (MQ=255)
tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 1:982466/139‑1 (MQ=255)
tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 1:825217/139‑1 (MQ=255)
cATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGAt < 1:777769/139‑1 (MQ=255)
cATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGAt < 1:225513/139‑1 (MQ=255)
cATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGAt < 1:1159432/139‑1 (MQ=255)
tGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGAc < 2:331057/139‑1 (MQ=255)
tGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGAc < 2:860535/139‑1 (MQ=255)
cTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCt > 1:90190/1‑139 (MQ=255)
tCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa > 2:1014823/1‑95 (MQ=255)
tCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa < 1:1014823/95‑1 (MQ=255)
cgcgGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCAc > 2:643999/1‑110 (MQ=255)
cgcgGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCAc < 1:643999/110‑1 (MQ=255)
cgcgGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCg > 1:1000832/1‑120 (MQ=255)
cgcgGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCg < 2:1000832/120‑1 (MQ=255)
cgcgGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGcc > 2:829949/1‑139 (MQ=255)
aCAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCg < 2:241990/139‑1 (MQ=255)
cccTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACa > 2:901975/1‑139 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCTGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTTACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAg < 1:818366/122‑1 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:273414/1‑103 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGAc > 2:1203333/1‑133 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGAc < 1:1203333/133‑1 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTc > 2:22425/1‑139 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTc > 2:111798/1‑139 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTc > 2:706708/1‑139 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTc > 1:209829/1‑139 (MQ=255)
tGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCAttt < 1:690810/139‑1 (MQ=255)
aCCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGAc < 2:596096/127‑1 (MQ=255)
aCCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCa > 2:484026/1‑139 (MQ=255)
cGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCAcc < 1:272553/139‑1 (MQ=255)
gcaCTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCAc < 2:189945/139‑1 (MQ=255)
gcaCTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCAc < 2:468647/139‑1 (MQ=255)
cTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCg > 1:55512/1‑139 (MQ=255)
gtgCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAg < 2:815583/104‑1 (MQ=255)
cTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAg > 1:951296/1‑139 (MQ=255)
cTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAg > 2:1142785/1‑139 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa > 2:799392/1‑47 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa < 1:799392/47‑1 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa < 1:326091/47‑1 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCAcc > 1:31736/1‑118 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCAcc < 2:31736/118‑1 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTc > 1:422312/1‑139 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTc > 1:599709/1‑139 (MQ=255)
ccATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGt < 2:813941/139‑1 (MQ=255)
ccATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGt > 1:93867/1‑139 (MQ=255)
cACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCgg > 1:552427/1‑65 (MQ=255)
cACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCgg < 2:552427/65‑1 (MQ=255)
cACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGtggtgg < 2:877580/71‑1 (MQ=255)
cACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGtggtgg > 1:877580/1‑71 (MQ=255)
cACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAAcc > 2:525091/1‑139 (MQ=255)
aaTGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACATATTCATTTCACCTCTACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGa < 2:783608/139‑1 (MQ=255)
tGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGaaa > 2:840255/1‑139 (MQ=255)
tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTg < 1:493720/50‑1 (MQ=255)
tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGt > 2:747177/1‑139 (MQ=255)
tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGt > 2:688797/1‑139 (MQ=255)
aCTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGa < 2:19776/139‑1 (MQ=255)
aCTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGa < 2:1181363/139‑1 (MQ=255)
aCTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGa < 1:49565/139‑1 (MQ=255)
ctctCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGaa > 2:799199/1‑139 (MQ=255)
tctcGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCAC‑GGGAAGTTCGTACCGGc < 1:1045333/122‑1 (MQ=255)
tctcGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCAC‑GGGAAGTTCGTACCGGc > 2:1045333/1‑122 (MQ=255)
ctcGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGaaaa > 1:814751/1‑139 (MQ=255)
tcGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGaaaaa > 2:601453/1‑139 (MQ=255)
cGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTg > 2:13131/1‑43 (MQ=255)
cGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTg < 1:13131/43‑1 (MQ=255)
cGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAAc > 1:1019659/1‑139 (MQ=255)
cGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAAc > 1:883368/1‑139 (MQ=255)
gCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGa > 2:287369/1‑79 (MQ=255)
ccTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCt > 1:531558/1‑139 (MQ=255)
cTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTg > 1:522005/1‑139 (MQ=255)
tCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGa > 1:624283/1‑139 (MQ=255)
cGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCggt > 1:94656/1‑45 (MQ=255)
cGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCggt < 2:94656/45‑1 (MQ=255)
ggTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACg > 2:428493/1‑139 (MQ=255)
ggTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACg < 1:901975/139‑1 (MQ=255)
tGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa > 2:406490/1‑139 (MQ=255)
tGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 2:484469/139‑1 (MQ=255)
ccACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGAt > 2:956043/1‑70 (MQ=255)
ccACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGAt < 1:956043/70‑1 (MQ=255)
aCCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGa < 2:894135/139‑1 (MQ=255)
|
ACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGA > NC_000913/2073090‑2073360
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
