Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I2 R1
|
92 |
50.6 |
2362856 |
94.3% |
2228173 |
111.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,073,225 |
T→C |
W563R (TGG→CGG) |
flu → |
CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,073,225 | 0 | T | C | 100.0%
| 1112.3
/ NA
| 284 | W563R (TGG→CGG) | flu | CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (131/153); total (131/153) |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
ACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGA > NC_000913/2073090‑2073360
|
acgctgacgctgAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa < 1:914915/139‑1 (MQ=255)
cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGaa > 1:641425/1‑139 (MQ=255)
tgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAatat < 1:461925/139‑1 (MQ=255)
gacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATc < 2:866704/139‑1 (MQ=255)
aaCGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATa > 2:581738/1‑139 (MQ=255)
aaCGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATa > 2:1106538/1‑139 (MQ=255)
cGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAAc > 1:931515/1‑139 (MQ=255)
cAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa < 2:493803/122‑1 (MQ=255)
aGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCa < 1:497552/139‑1 (MQ=255)
tACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACg > 1:879632/1‑139 (MQ=255)
tACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACg > 1:298924/1‑139 (MQ=255)
cGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTg < 2:173555/139‑1 (MQ=255)
gTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACTGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGc > 1:698609/1‑139 (MQ=255)
gTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa < 1:823623/115‑1 (MQ=255)
gTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGa > 2:823623/1‑115 (MQ=255)
accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:297408/1‑139 (MQ=255)
accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 2:372413/139‑1 (MQ=255)
accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 1:726097/139‑1 (MQ=255)
accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:718810/1‑139 (MQ=255)
acGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGGTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCg‑‑g > 1:776826/1‑139 (MQ=255)
cGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCg‑‑gt < 2:972739/139‑1 (MQ=255)
ggATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 2:1176367/134‑1 (MQ=255)
aTGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTg < 2:657633/128‑1 (MQ=255)
aTGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTg > 1:657633/1‑128 (MQ=255)
gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGTCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑Gtggtgg < 1:833378/139‑1 (MQ=255)
gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑Gtggtgg > 2:691292/1‑139 (MQ=255)
tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGTAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGa < 2:522367/139‑1 (MQ=255)
tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGa < 1:847788/139‑1 (MQ=255)
tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGa < 2:811734/139‑1 (MQ=255)
tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTCTGCTGAACGGTGCCATTAACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCT‑‑GTGGTTGa < 1:190861/139‑1 (MQ=255)
aTTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGa > 2:289051/1‑137 (MQ=255)
ttGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 2:298847/126‑1 (MQ=255)
tCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTc > 1:708891/1‑139 (MQ=255)
aGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 2:78518/1‑120 (MQ=255)
aGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAg < 2:65231/139‑1 (MQ=255)
aGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAg > 2:1064713/1‑139 (MQ=255)
aGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAg > 1:408148/1‑139 (MQ=255)
cgcgGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGcc > 1:483009/1‑139 (MQ=255)
cgcgGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGcc > 2:39178/1‑139 (MQ=255)
tACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGcc > 1:272260/1‑139 (MQ=255)
aCAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCg < 2:1041232/139‑1 (MQ=255)
cAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGTCgg < 1:251153/139‑1 (MQ=255)
aGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGa < 2:918294/139‑1 (MQ=255)
cccTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCGGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACa > 2:745960/1‑139 (MQ=255)
cccTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACa > 2:541900/1‑139 (MQ=255)
cTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGa < 2:795944/139‑1 (MQ=255)
cTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGa < 2:843044/139‑1 (MQ=255)
tGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGc < 1:862597/125‑1 (MQ=255)
gAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGAtt < 1:393108/139‑1 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 2:304779/103‑1 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAg > 1:797013/1‑122 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTc > 1:898583/1‑139 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTc > 1:132046/1‑139 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTc > 1:307150/1‑139 (MQ=255)
aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTc > 2:224514/1‑139 (MQ=255)
gACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 2:597792/1‑98 (MQ=255)
gACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 1:597792/98‑1 (MQ=255)
cGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCAcc < 2:414433/139‑1 (MQ=255)
cGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCAcc < 2:800692/139‑1 (MQ=255)
gcagcaCTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCAtt < 1:945524/132‑1 (MQ=255)
gcaCTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCAc < 2:857475/139‑1 (MQ=255)
gcaCTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCAc < 1:1016739/139‑1 (MQ=255)
aCTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCAccc < 2:1092466/139‑1 (MQ=255)
tgtgCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCAtt > 2:984375/1‑125 (MQ=255)
gtgCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGca < 1:228492/139‑1 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCa < 2:760266/65‑1 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCg‑‑g > 1:66464/1‑77 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTc > 2:460351/1‑139 (MQ=255)
tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTc > 1:154584/1‑139 (MQ=255)
ccATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAACCATGTCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGt > 1:76476/1‑139 (MQ=255)
ttGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTAcc > 2:938370/1‑139 (MQ=255)
aCCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGc < 1:1106538/139‑1 (MQ=255)
aCCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGc < 1:1058187/139‑1 (MQ=255)
aCCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGc < 1:978805/139‑1 (MQ=255)
cccACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAggg > 2:320651/1‑123 (MQ=255)
cACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCAttt > 1:1092909/1‑102 (MQ=255)
aCGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCAc > 1:512534/1‑110 (MQ=255)
cGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGTGGTGGATGACCTCAGCCATGc > 1:611783/1‑87 (MQ=255)
gTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGAc < 1:1156700/85‑1 (MQ=255)
gTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGAc > 2:1156700/1‑85 (MQ=255)
tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACg < 2:532508/47‑1 (MQ=255)
tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACg > 1:532508/1‑47 (MQ=255)
tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCAccc > 2:255408/1‑105 (MQ=255)
tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGt > 2:906004/1‑139 (MQ=255)
tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGt > 1:988794/1‑139 (MQ=255)
aCTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGAtt < 1:804710/87‑1 (MQ=255)
ctctCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCg‑‑gt > 2:669273/1‑55 (MQ=255)
ctctCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGa > 2:70062/1‑61 (MQ=255)
ctctCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGa < 2:875298/84‑1 (MQ=255)
tctcGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGaaa < 2:717292/139‑1 (MQ=255)
cGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCAc < 1:1176296/96‑1 (MQ=255)
gCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 2:379057/46‑1 (MQ=255)
gCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:379057/1‑46 (MQ=255)
gCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGc > 1:1039778/1‑119 (MQ=255)
ccTACGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt > 1:757232/1‑45 (MQ=38)
tCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCAttt < 2:426175/83‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCAttt > 1:426175/1‑83 (MQ=255)
tCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGa < 1:581738/139‑1 (MQ=255)
ggTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGc < 2:623041/60‑1 (MQ=255)
tGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa > 2:282115/1‑139 (MQ=255)
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ACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCG‑‑GTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGA > NC_000913/2073090‑2073360
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
