Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I1 R1
|
64 |
69.7 |
3300380 |
93.4% |
3082554 |
111.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,284,097 |
T→C |
intergenic (‑150/‑32) |
yejK ← / → yejL |
spermidine nucleoid‑associated protein/UPF0352 family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,284,097 | 0 | T | C | 93.8%
| 157.3
/ ‑0.4
| 48 | intergenic (‑150/‑32) | yejK/yejL | spermidine nucleoid‑associated protein/UPF0352 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (22/23); total (23/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TTAAGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGA > NC_000913/2283961‑2284231
|
ttAAGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTg > 2:497277/1‑139 (MQ=255)
aaGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc < 1:1395845/139‑1 (MQ=255)
gggCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGCCCTTtca > 2:286610/1‑139 (MQ=255)
gggCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc > 2:239485/1‑133 (MQ=255)
gggCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc < 1:239485/133‑1 (MQ=255)
ggCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTtcat > 1:843630/1‑139 (MQ=255)
ccgccgGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTc > 2:524180/1‑139 (MQ=255)
ccgccgGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTc > 2:406567/1‑139 (MQ=255)
gATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTa < 1:1481857/139‑1 (MQ=255)
ggCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAg > 2:695220/1‑139 (MQ=255)
gCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGt < 1:286610/139‑1 (MQ=255)
cGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGAAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGtg > 1:294448/1‑139 (MQ=255)
ttttACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAAc < 1:497277/139‑1 (MQ=255)
ggCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCttt > 2:877622/1‑75 (MQ=255)
ggCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCttt < 1:877622/75‑1 (MQ=255)
ggCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTAt < 2:434554/100‑1 (MQ=255)
ggCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTAt > 1:434554/1‑100 (MQ=255)
ggCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTcc < 1:938536/113‑1 (MQ=255)
ggCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTcc > 2:938536/1‑113 (MQ=255)
gCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACaa > 2:613476/1‑139 (MQ=255)
aGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAAtt > 1:387601/1‑139 (MQ=255)
aaCGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCg < 2:843630/139‑1 (MQ=255)
aaCGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCg < 1:524180/139‑1 (MQ=255)
cGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCa < 1:613476/139‑1 (MQ=255)
gagaATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCag < 2:468616/139‑1 (MQ=255)
gagaATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCag < 2:499698/139‑1 (MQ=255)
agaATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCttt > 2:1422696/1‑63 (MQ=255)
agaATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCttt < 1:1422696/63‑1 (MQ=255)
agaATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCaga > 2:1211712/1‑139 (MQ=255)
aTGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCaactaa > 2:604346/1‑70 (MQ=255)
aTGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCaactaa < 1:604346/70‑1 (MQ=255)
tttAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTc > 2:150253/1‑139 (MQ=255)
ttAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCa < 2:541561/139‑1 (MQ=255)
tAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAgctg > 2:1595031/1‑134 (MQ=255)
tAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAgctg < 1:1595031/134‑1 (MQ=255)
tAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTg > 2:26118/1‑139 (MQ=255)
aaaaGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGaa > 1:728417/1‑139 (MQ=255)
cAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc < 2:209626/35‑1 (MQ=255)
cAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc > 1:209626/1‑35 (MQ=255)
aGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACAt < 1:1471063/139‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaCCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCaactaa < 1:377200/46‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaCCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCaactaa > 2:377200/1‑46 (MQ=255)
aaaaaaaaCCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGtga > 2:503996/1‑85 (MQ=255)
aaaaaaaaCCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGtga < 1:503996/85‑1 (MQ=255)
gTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTccgacc < 1:1211712/139‑1 (MQ=255)
tACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCt < 2:387601/139‑1 (MQ=255)
tACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCt < 2:1434053/139‑1 (MQ=255)
tatGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGa < 1:406567/139‑1 (MQ=255)
|
TTAAGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGA > NC_000913/2283961‑2284231
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
