Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F1 I1 R1
|
71 |
51.6 |
2219666 |
95.9% |
2128659 |
118.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,428,109 |
C→T |
L206L (CTG→CTA) |
insH1 ← |
IS5 transposase and trans‑activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,428,109 | 0 | C | T | 100.0%
| 87.2
/ NA
| 31 | L206L (CTG→CTA) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (12/19); total (12/19) |
TCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGA > NC_000913/1427973‑1428232
|
tCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAg < 1:496726/139‑1 (MQ=255)
aaGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCt > 2:440474/1‑139 (MQ=255)
tttttACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGAtt < 1:417030/139‑1 (MQ=255)
ccTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTc < 1:391777/139‑1 (MQ=37)
aCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTg > 2:1078931/1‑139 (MQ=25)
tCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCcg < 1:417683/139‑1 (MQ=25)
cGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggt < 2:931361/139‑1 (MQ=25)
cGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggt < 2:412765/139‑1 (MQ=25)
gCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGAc < 2:1033119/139‑1 (MQ=21)
cAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTCAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCa < 1:440474/139‑1 (MQ=21)
cacaTCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCtg < 1:25110/139‑1 (MQ=21)
ccTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGc < 2:954744/112‑1 (MQ=25)
ccTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGc > 1:954744/1‑112 (MQ=37)
ccTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAg > 2:510387/1‑139 (MQ=21)
ggCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCa > 1:552823/1‑139 (MQ=21)
ctcctcGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCcg > 1:585825/1‑104 (MQ=38)
ctcctcGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCcg < 2:585825/104‑1 (MQ=25)
ctcctcGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTg < 1:801600/139‑1 (MQ=21)
cgcgCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc > 1:1040627/1‑139 (MQ=37)
ggCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGAtt > 1:1048369/1‑54 (MQ=255)
ggCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGAtt < 2:1048369/54‑1 (MQ=255)
aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTg < 2:1040627/139‑1 (MQ=17)
aaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGc < 1:1078931/139‑1 (MQ=17)
aaTTGCTCCTCTACGGGAAGGAGATTAGCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTGGGCGGCGGTGGTGACCGCGCTGTGGATCAGGCCACTATTGGCATCGACGTCAATGTGGGCATTCATGCCAAAGGGCCACTGATTGc < 1:1029263/139‑1 (MQ=11)
aTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggt > 1:898565/1‑61 (MQ=255)
aTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggt < 2:898565/61‑1 (MQ=255)
tcctcTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCtg < 2:1024108/69‑1 (MQ=255)
tcctcTCCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCtg > 1:1024108/1‑69 (MQ=25)
tcCATGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTc > 2:103098/1‑139 (MQ=18)
ctGAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGa < 1:1037379/138‑1 (MQ=17)
gAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGt > 1:752553/1‑64 (MQ=16)
gAAGCAGATTACCTAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGt < 2:752553/64‑1 (MQ=16)
|
TCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGA > NC_000913/1427973‑1428232
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
