Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F1 I1 R1
|
82 |
28.6 |
1225488 |
97.4% |
1193625 |
116.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,366,245 |
G→A |
T106T (ACG→ACA) |
arnB → |
uridine 5'‑(beta‑1‑threo‑pentapyranosyl‑4‑ulose diphosphate) aminotransferase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,366,245 | 0 | G | A | 100.0%
| 99.2
/ NA
| 29 | T106T (ACG→ACA) | arnB | uridine 5'‑(beta‑1‑threo‑pentapyranosyl‑4‑ulose diphosphate) aminotransferase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (17/12); total (17/12) |
TCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTACGGCATCGCA > NC_000913/2366115‑2366377
|
tCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGt < 2:591840/139‑1 (MQ=255)
ttGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTa > 1:96024/1‑139 (MQ=255)
ttGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTc < 2:96024/139‑1 (MQ=255)
ggTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCAt > 2:415534/1‑139 (MQ=255)
ccTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGc > 2:439306/1‑100 (MQ=255)
ccTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGc < 1:439306/100‑1 (MQ=255)
ccTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGatat > 2:22694/1‑139 (MQ=255)
ccTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGatat > 2:101751/1‑139 (MQ=255)
ccTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGatat > 1:571850/1‑139 (MQ=255)
ttgttgGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTg > 2:353732/1‑139 (MQ=255)
gttgGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGAc < 1:353732/139‑1 (MQ=255)
tGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTa < 2:250794/59‑1 (MQ=255)
tGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTa > 1:250794/1‑59 (MQ=255)
tGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCcagca < 1:449455/124‑1 (MQ=255)
tGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCcagca > 2:449455/1‑124 (MQ=255)
tGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCAtt > 1:588665/1‑139 (MQ=255)
tGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCAtt > 1:463275/1‑139 (MQ=255)
tGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCAtt > 2:423179/1‑139 (MQ=255)
cAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTcg < 2:571850/139‑1 (MQ=255)
cGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTa > 1:573633/1‑69 (MQ=255)
cGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTa < 2:573633/69‑1 (MQ=255)
cGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACt < 2:269283/80‑1 (MQ=255)
cGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACt > 1:269283/1‑80 (MQ=255)
aTGGTGGATGTCGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCg < 1:233643/139‑1 (MQ=255)
cGACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTACGGc > 1:198352/1‑139 (MQ=255)
gACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTa > 2:245662/1‑134 (MQ=255)
gACCGCGATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTa < 1:245662/134‑1 (MQ=255)
gcgATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTACGGCATCGc > 2:398622/1‑139 (MQ=255)
cgATACACTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTACGGCATCGCa < 2:52916/139‑1 (MQ=255)
|
TCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTACGGCATCGCA > NC_000913/2366115‑2366377
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
