Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F1 I1 R1
|
73 |
24.7 |
1166784 |
93.9% |
1095610 |
107.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,360 |
G→A |
P87S (CCC→TCC) |
gadW ← |
transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,360 | 0 | G | A | 100.0%
| 164.0
/ NA
| 47 | P87S (CCC→TCC) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (25/22); total (25/22) |
TAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTC > NC_000913/3664232‑3664470
|
tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATATACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACt > 1:161856/1‑137 (MQ=255)
tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACt < 2:161856/137‑1 (MQ=255)
aaGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGt < 2:178862/139‑1 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGa > 1:431559/1‑125 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGa < 2:431559/125‑1 (MQ=255)
aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACa > 1:85321/1‑139 (MQ=255)
ttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:85321/139‑1 (MQ=255)
aaaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:214491/139‑1 (MQ=255)
agagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTg > 2:219421/1‑139 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACt > 2:512286/1‑79 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACt < 1:512286/79‑1 (MQ=255)
ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAatat > 2:69035/1‑139 (MQ=255)
cAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:280325/92‑1 (MQ=255)
cAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:280325/1‑92 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:15894/1‑101 (MQ=255)
aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:15894/101‑1 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGaa > 2:442873/1‑128 (MQ=255)
tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGaa < 1:442873/128‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGt > 2:146171/1‑71 (MQ=255)
cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGt < 1:146171/71‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACCAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCt < 1:91935/101‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:277573/89‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:144840/1‑89 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:144840/89‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:277573/1‑89 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCt > 2:91935/1‑101 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt < 1:576884/131‑1 (MQ=255)
gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt > 2:576884/1‑131 (MQ=255)
ccccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt > 1:550295/1‑139 (MQ=255)
ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGc < 2:255610/139‑1 (MQ=255)
gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:502447/139‑1 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGtt > 2:360594/1‑55 (MQ=255)
aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGtt < 1:360594/55‑1 (MQ=255)
ttaaTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGATAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCa > 1:336767/4‑139 (MQ=255)
tCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCAt < 1:254389/139‑1 (MQ=255)
aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGGTCATCGATATc > 2:375625/1‑139 (MQ=255)
gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATcc > 2:197157/1‑139 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 1:442149/1‑50 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:442149/50‑1 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtc > 1:4995/1‑139 (MQ=255)
tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtc > 1:545170/1‑139 (MQ=255)
cAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTa < 2:453437/72‑1 (MQ=255)
cAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTa > 1:453437/1‑72 (MQ=255)
aTCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTa < 1:392124/67‑1 (MQ=255)
aTCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTCGCTGTGTAACCCTa > 2:392124/1‑67 (MQ=255)
cGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAAcc < 2:494185/50‑1 (MQ=255)
cGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAAcc > 1:494185/1‑50 (MQ=255)
|
TAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTC > NC_000913/3664232‑3664470
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
