Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F1 I1 R1
|
73 |
24.7 |
1166784 |
93.9% |
1095610 |
107.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,769,260 |
(A)6→5 |
intergenic (+4/‑85) |
yibW → / → yibV |
pseudogene, rhsA‑linked/pseudogene, putative cryptic Rhs immunity protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,769,255 | 0 | A | . | 100.0%
| 105.3
/ NA
| 25 | pseudogene (281/282 nt) | yibW | pseudogene, rhsA‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (14/11); total (14/11) |
TCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCACTAATATCAGCCAGTA > NC_000913/3769140‑3769387
|
tCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACa > 1:102422/1‑139 (MQ=255)
tCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACa > 1:581058/1‑139 (MQ=255)
aGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGc > 1:492416/1‑139 (MQ=255)
gTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAg > 2:454336/1‑139 (MQ=255)
gTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTGATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGc > 1:521519/1‑139 (MQ=255)
aTCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGa < 2:492416/139‑1 (MQ=255)
tGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCg > 1:231240/1‑110 (MQ=255)
tGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCg < 2:231240/110‑1 (MQ=255)
tGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCagag > 2:469592/1‑139 (MQ=255)
tGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCagag > 2:40027/1‑139 (MQ=255)
tGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCagag > 1:526776/1‑139 (MQ=255)
tatTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACaa < 2:526776/139‑1 (MQ=255)
gCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAAtatta > 2:569972/1‑139 (MQ=255)
aGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCAc < 1:469592/139‑1 (MQ=255)
aGCACATTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCAc < 2:521519/139‑1 (MQ=255)
cacaTTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACa > 2:206738/1‑119 (MQ=255)
cacaTTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACa < 1:206738/119‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGTCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCACTAata < 1:391392/139‑1 (MQ=255)
tAACAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCACTAATATc > 1:264055/1‑139 (MQ=255)
cAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCACTAATATCAGc < 1:467612/139‑1 (MQ=255)
cAGTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCACTAATATCAGc < 1:454336/139‑1 (MQ=255)
gTTACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCACTAATATCAGCCa < 1:500203/139‑1 (MQ=255)
ttACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGa > 2:239445/1‑106 (MQ=255)
ttACGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGa < 1:239445/106‑1 (MQ=255)
aCGGACT‑AAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCACTAATATCAGCCAGTa > 2:228847/1‑139 (MQ=255)
|
TCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAGTTACTGCAAGACAATTTCAGAGAGAGTTAGATTTGGCAGACAAAGCAATATTATGGGCACTAATATCAGCCAGTA > NC_000913/3769140‑3769387
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
