Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
35 |
102.1 |
2392160 |
96.4% |
2306042 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
396,540 |
G→A |
A208T (GCA→ACA) |
efeM → |
putative iron uptake system component EfeM |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 396,540 | 0 | G | A | 100.0%
| 334.0
/ NA
| 101 | A208T (GCA→ACA) | efeM | putative iron uptake system component EfeM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (56/45); total (56/45) |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGA > USA300TCH1516_ALE/396404‑396673
|
aTTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGcacaca < 1:379703/141‑1 (MQ=255)
aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTACATGGAGTGACAACGTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaa < 1:34431/141‑1 (MQ=255)
gATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaaa > 1:135566/1‑141 (MQ=255)
gATATCATACCAAAATTAATATTACAAGGTTCTGTTGACCTATTGAATGAAGATGCAAATTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATCTGATTTTAAAGCGAACGTCGAAGGCACACaaaaa > 1:725708/1‑141 (MQ=255)
tatCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAt < 1:413297/141‑1 (MQ=255)
tatCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAt < 1:539072/141‑1 (MQ=255)
atCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAtt > 1:1061512/1‑141 (MQ=255)
cATACCAAAATTAAAGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTa > 1:626314/1‑141 (MQ=255)
aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATCTATATACAAAGGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAt > 1:91560/1‑141 (MQ=255)
aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAt < 2:360873/141‑1 (MQ=255)
aCCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa > 2:158862/1‑141 (MQ=255)
aCCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa > 2:598855/1‑141 (MQ=255)
ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGAc > 1:831724/1‑141 (MQ=255)
cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 1:215852/141‑1 (MQ=255)
cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 2:1085409/141‑1 (MQ=255)
aaaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACtt < 2:597497/141‑1 (MQ=255)
aaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa > 2:1059657/1‑141 (MQ=255)
aaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTAt < 1:278510/141‑1 (MQ=255)
aaTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaa > 2:25064/1‑141 (MQ=255)
aaTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaa < 2:825264/141‑1 (MQ=255)
aaTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGAAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaa < 1:252733/141‑1 (MQ=255)
aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa > 1:23716/1‑141 (MQ=255)
aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGACACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa > 2:1112510/1‑141 (MQ=255)
aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAAGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTCTTTaaa > 2:92555/1‑141 (MQ=255)
aTGGTACAAGGTTATGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 2:859811/141‑1 (MQ=255)
aCAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAt < 1:105202/141‑1 (MQ=255)
ggTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa < 2:679423/141‑1 (MQ=255)
ggTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATAGTTTTACTGTGATCTGTGAAGGCAAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa < 2:431529/141‑1 (MQ=255)
ttCTGTTGACCTATTAAATGAATTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTACTATaga < 2:614025/141‑1 (MQ=255)
ttCTGTAGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCGCAGGTGAAGAAGAAATTTATGCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTAAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTaga < 2:529278/141‑1 (MQ=255)
tCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTagag > 1:206908/1‑141 (MQ=255)
tGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 2:420923/1‑141 (MQ=255)
tGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaa < 1:157556/141‑1 (MQ=255)
tGAACTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaa < 1:643280/141‑1 (MQ=255)
ggccgtATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAACTCACAGGTTAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTCATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaa < 2:759336/136‑1 (MQ=255)
gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa > 1:989175/1‑141 (MQ=255)
aCCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAg < 1:570721/141‑1 (MQ=255)
ccTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGa > 1:189441/1‑141 (MQ=255)
ccTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGa > 1:577156/1‑141 (MQ=255)
ccTAATAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGTGAAAAAAGa > 2:828883/1‑141 (MQ=255)
ttAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATaaa > 2:676468/1‑141 (MQ=255)
tAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAATATaaaa < 2:662960/141‑1 (MQ=255)
aTGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAt < 1:1059657/141‑1 (MQ=255)
gAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTa < 1:320061/141‑1 (MQ=255)
gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGt > 2:351870/1‑141 (MQ=255)
gCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgag > 1:303097/1‑140 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGGGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTGGTGTAGAGGAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga > 1:922631/1‑141 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga > 2:906768/1‑141 (MQ=255)
cTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATACAAAAGTAAGTGATGata > 1:296434/1‑141 (MQ=255)
tCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATc > 2:354326/1‑141 (MQ=255)
tAAAATCAAAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAACCCTATTTTAGAGAAAAAAAAAAAAAAATTAAGTGATGATATCCa < 2:865020/141‑1 (MQ=255)
aaaaaGCACAGGTGAAGAATAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCa < 2:611477/140‑1 (MQ=255)
aaaaTCACCGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATCAAGTGATGATATCCaa < 1:593426/141‑1 (MQ=255)
aaaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTCTGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaa < 2:252977/141‑1 (MQ=255)
aaaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTAACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaa < 2:188602/141‑1 (MQ=255)
aaaaTCACAAGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGAGATTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaa < 1:305700/141‑1 (MQ=255)
aaaaTCAAAGGGTAAGAAGAAATTTATACAAATACAGATTTATAGGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaa < 2:312346/141‑1 (MQ=255)
caGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACt < 2:23716/141‑1 (MQ=255)
tGAAGAAGAAATTTATTCACGTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGGAGGTTGAAGGCAAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAACTATGTGAGAGAAAAAAGATAAAAAATTTAGTGATGATATCCGAATGAAcgtgga > 2:897450/1‑136 (MQ=255)
tGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAGGTGAGGATATCCAAATGAACTTctg > 1:593650/1‑139 (MQ=255)
agaaaaagaaATAAATTCACAGACAGATATATATAATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCAAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGa < 2:956548/140‑1 (MQ=255)
aagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATa > 2:605075/1‑141 (MQ=255)
aagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATa < 2:937162/141‑1 (MQ=255)
aagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGAGATGTTATCAAAATGAACTTCGATa > 2:599130/1‑141 (MQ=255)
gaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATATCAGTGATAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATaaa > 1:331925/1‑141 (MQ=255)
aagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAg < 1:144750/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGa > 1:794551/1‑141 (MQ=255)
aaaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGa > 1:945705/1‑141 (MQ=255)
aaaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGa > 2:779246/1‑141 (MQ=255)
aaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 1:1025561/141‑1 (MQ=255)
aaTTTATTCAAATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 2:575296/141‑1 (MQ=255)
ttATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCa > 1:400327/1‑141 (MQ=255)
aCAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGAt < 1:116612/141‑1 (MQ=255)
gATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATaaa < 1:931015/141‑1 (MQ=255)
aTTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAat > 1:187115/1‑141 (MQ=255)
tttAGATGATTTAAAAGCGGACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAGGAGTTATTTAAACCTAGTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTGCGAGAAAGTGAATCAATTATTGGATAAata < 2:24214/141‑1 (MQ=255)
tgtataTGATTTAAAAGCGAACGTAGAAGGCACAAAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAata < 2:1132074/139‑1 (MQ=255)
tatatataATTTTAAAGCGAACATTGAAGGAAAGAAAAAAATTTATGACTTATATAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAATTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAata < 2:654730/139‑1 (MQ=255)
atGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAAtatacaa > 2:151634/1‑138 (MQ=255)
atGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGAGTATCAATTATCGGCTAAATTGAAAg > 2:591614/1‑141 (MQ=255)
atGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAAATATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCAAAATGAACATCGATAAAGAGATTAAATTATTAgataaagataaaa > 2:1124948/1‑140 (MQ=255)
tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa > 1:349260/1‑141 (MQ=255)
ttttAAAGCGAACGTTGAAGGAAGCCAAAAAAGTTAAGGCTCCCGTGATCCTGGGTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaa < 1:270686/141‑1 (MQ=255)
tttAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaac < 1:911219/141‑1 (MQ=255)
tttAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaac > 1:661811/1‑141 (MQ=255)
aaaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaac < 2:91560/141‑1 (MQ=255)
aaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGCGAAAAAAGATAAAAGATTAAGTGATGATATCCAAATAAACTTCGATAAAGTAAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcg > 1:61671/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAACAGATAAAAAATTAAGTGACGATACTTTAAGGAACATCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcg > 1:1117460/1‑141 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATCAAAAATTAAGTGATGAAATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATGATTGGATAAATATAAAGATAACGAcgg > 2:19096/1‑141 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:962882/1‑141 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggc > 2:473738/1‑141 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgga > 2:1046903/1‑140 (MQ=255)
gCGAACGATGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATACAAAGATAACAAcggc > 1:746401/1‑141 (MQ=255)
gAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTATAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAACAATTGGAAAAATATAAAAAGAACAAcgacgg > 2:686367/1‑141 (MQ=255)
cGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa > 2:453856/1‑141 (MQ=255)
gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTAt > 1:316662/1‑141 (MQ=255)
ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATAATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 2:1124593/1‑141 (MQ=255)
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tGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGa > 1:367421/1‑141 (MQ=255)
tGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGCGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGa > 2:982309/1‑141 (MQ=255)
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ATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGA > USA300TCH1516_ALE/396404‑396673
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
