Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I1 R1
|
28 |
89.4 |
2015306 |
95.8% |
1930663 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
396,540 |
G→A |
A208T (GCA→ACA) |
efeM → |
putative iron uptake system component EfeM |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 396,540 | 0 | G | A | 99.0%
| 326.7
/ NA
| 104 | A208T (GCA→ACA) | efeM | putative iron uptake system component EfeM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (58/44); minor base C (1/0); total (60/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGT > USA300TCH1516_ALE/396406‑396675
|
tAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaa < 2:343543/140‑1 (MQ=255)
gATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaa < 2:540888/140‑1 (MQ=255)
atCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAt < 2:829872/140‑1 (MQ=255)
tCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAtt < 2:120340/140‑1 (MQ=255)
cATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACATATTAAATGAAGTGGCAACTTATAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGAGAACGTTGAAGGCACAAAAAGAAtgt > 2:379110/1‑138 (MQ=255)
aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAGAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGAACACAACAAAtatg > 1:206957/1‑137 (MQ=255)
aCCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATg < 2:124499/140‑1 (MQ=255)
aCCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATg > 2:447346/1‑140 (MQ=255)
ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAACAATTTATGa > 1:545385/1‑140 (MQ=255)
ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATGTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa > 1:653786/1‑140 (MQ=255)
ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGCTGACCTATTAAATGAAGTAGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa > 2:361311/1‑140 (MQ=255)
cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTCAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGAc > 2:552599/1‑140 (MQ=255)
aaaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGATCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAAGTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 1:698328/140‑1 (MQ=255)
aaaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAAGTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 2:277140/140‑1 (MQ=255)
aaaaTTAATGCTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGGAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 1:49972/140‑1 (MQ=255)
aaaTTTATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACtt < 2:122257/140‑1 (MQ=255)
aaatAATATTACAAGGTGCTGGTGACCTATTAAATTAAGGTGCAACTTCGAAAATCACAGGTGAATAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa < 2:516302/137‑1 (MQ=255)
aaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa > 1:930274/1‑140 (MQ=255)
ttAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTAtt > 2:89846/1‑140 (MQ=255)
tgtgaaaaGGTTCTGTTGACCTATTAAATGGAGTTGCAACTTTTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAACGGTTAATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:436356/134‑1 (MQ=255)
tGTTACAAGGTTTTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 2:64911/140‑1 (MQ=255)
tGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:776935/140‑1 (MQ=255)
tGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:317655/140‑1 (MQ=255)
gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAc > 1:321433/1‑140 (MQ=255)
ttACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGACGTTGAAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGTCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAcc < 2:297291/140‑1 (MQ=255)
cAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACCAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAt > 1:698131/1‑140 (MQ=255)
ttCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAACATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTaa > 2:532405/1‑139 (MQ=255)
ttCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTag > 2:531834/1‑140 (MQ=255)
tGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATACACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAgaga > 1:615924/1‑140 (MQ=255)
gTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 1:966958/1‑140 (MQ=255)
gTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 2:885563/1‑140 (MQ=255)
gTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 2:781837/1‑140 (MQ=255)
gTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACAGACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 1:1581/1‑140 (MQ=255)
tGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGATaaaa > 2:450693/1‑140 (MQ=255)
tGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAAAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGACACACAACAAATTTATGACTTATTTAAACCTAATTTGGAGaaaa > 2:441252/1‑140 (MQ=255)
gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGACGCAAGTAATGCAGAGACAGATTTATATGGTGTTATATGTGGCGTAGGTTTTATTTAGATAATTGATGACGTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaa > 2:708453/1‑140 (MQ=255)
aCCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa > 1:909769/1‑140 (MQ=255)
aCCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATCTACATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATCTATGAATTATTTAAACCTCTTTTACAGaaacaa > 1:179021/1‑140 (MQ=255)
tAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑aaa < 2:909769/140‑1 (MQ=255)
gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAg > 1:584185/1‑140 (MQ=255)
gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAg < 1:405209/140‑1 (MQ=255)
gCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGtga > 1:47666/1‑140 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGtgatg < 1:366278/140‑1 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGtgatg < 1:89846/140‑1 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAAAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTAGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGtgatg < 1:829829/140‑1 (MQ=255)
aCTTCTAAAATCACAGGTGCCGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATATTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAGCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGtgatga > 1:652353/1‑140 (MQ=255)
tcaaaaaACACACGTGAAGAAGAAACATATTCACATACAGATTTATATGATGGTAAAGCGATCGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGatat < 1:704403/137‑1 (MQ=255)
cTAAAATCACGTCGGAATAAGAACTTTATCCACATACAGATTTATAAAATTTTAAAGCCACCGTGAAAGGCAACCCAAAACTTAATAACTTACTTAATTCTATATAAGAAAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATc < 2:806438/140‑1 (MQ=255)
cTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTGACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATCAAGTGATGATATc > 2:383591/1‑140 (MQ=255)
aaaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCa > 2:595276/1‑140 (MQ=255)
aaTGACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 2:327774/140‑1 (MQ=255)
tCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATg < 2:152457/140‑1 (MQ=255)
aGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATCTGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACt < 1:557047/140‑1 (MQ=255)
aGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACt < 1:150244/140‑1 (MQ=255)
ggTGAAGAAGAAGTTTATTCATATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGGAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACtt > 1:520939/1‑140 (MQ=255)
gatGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTAAATGCTTTTAAAGCGAAAGTTGAAGTAGCACACAAAATTAAAGAATTATTAAAACCTATTTAAGAGGAAAAAGAT‑AAAGAATCAAATGATGATATCCAAATGAACtc > 2:158434/3‑139 (MQ=255)
gTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTc < 1:152687/140‑1 (MQ=255)
gTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTCAAAGCGAACGTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTc < 2:809807/140‑1 (MQ=255)
gTGAAGAAGAAATTTATACACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTc < 2:280977/140‑1 (MQ=255)
aagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGAt < 1:863273/140‑1 (MQ=255)
aagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAACAT‑AAAAAATTAAGGGATGATATCCAAATGAACTTCGAt < 1:644111/140‑1 (MQ=255)
tATTCACATACAGAGTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCa > 1:524201/1‑140 (MQ=255)
tCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATCAAGTGAATCAatt > 1:540318/1‑140 (MQ=255)
tCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGCATCAatt > 1:540181/1‑140 (MQ=255)
tCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAAtagatt > 1:178735/1‑135 (MQ=255)
cacaTACAGGTTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAatta < 1:850750/140‑1 (MQ=255)
acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACGAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGAGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAATGAATCAattat > 2:547712/1‑140 (MQ=255)
acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAattat < 2:615924/140‑1 (MQ=255)
acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAattat < 1:447346/140‑1 (MQ=255)
tACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTgg < 1:633355/140‑1 (MQ=255)
tACAGATGTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTgg < 1:821497/140‑1 (MQ=255)
atatataTGATATTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAAAAAAAAAAA‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATaaa < 2:563831/137‑1 (MQ=255)
tatGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATaa > 2:231497/1‑140 (MQ=255)
aTTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGAt < 2:888962/140‑1 (MQ=255)
aaGCGAACGTTGAAGGCCAACAACAAAATTATGACTTATTTAAACCTAATTTAAAGAAAGAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGAAAAAGTGAATCAATTATTGGAGAAATGTAAAGAGaacaac > 1:211142/1‑140 (MQ=255)
aaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGCCTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaac < 2:321433/140‑1 (MQ=255)
aaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaac < 1:856012/140‑1 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGAATTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcg > 2:918207/1‑140 (MQ=255)
aGCGAACGTCACAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATCTTAGGGAAAAAAGGT‑AAAAACTTAAGTGATGATATCCAACTGAACTTACATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcg > 2:231694/1‑140 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGGAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGAATAAATATAAAGATAACAAcgg > 1:669003/1‑140 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAAAATAAAGATAACAAggg > 2:90381/1‑140 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGACAAAGTGAATCAATTACTGGACAAATATAAAGATAACAAcga > 2:409125/1‑139 (MQ=255)
gCGAACGTTAAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATAATTGGATACATATAAAGATaacaaca > 2:646822/1‑139 (MQ=255)
ccaaagTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAATTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggc < 2:245254/135‑1 (MQ=255)
gAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcg > 1:242869/1‑140 (MQ=255)
gAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcg > 1:131783/1‑140 (MQ=255)
gAACGTTAAACGCAAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcg < 1:853014/140‑1 (MQ=255)
aaCGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcgg > 1:488018/1‑140 (MQ=255)
gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTCATCCTATTTTTGAGAACGCTGTT‑AAACCATTACGTCATGTCATTCAAACGAAGTTGGGGAAAGTACACCAACGATCGTAAAAAGAAAAAGATAACAACGCCGGTTa > 2:335259/1‑140 (MQ=255)
gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa > 1:419789/1‑140 (MQ=255)
gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa > 2:47995/1‑140 (MQ=255)
ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAATAACGGCGGTTAt > 1:351042/1‑140 (MQ=255)
ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTAt > 1:923717/1‑140 (MQ=255)
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tGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAGAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 1:664006/1‑140 (MQ=255)
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aGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAGAGAT‑AAAAAATTAAATGATAATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCTGTTATGAGt > 2:635205/1‑140 (MQ=255)
aGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:595276/140‑1 (MQ=255)
aGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATAAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGCCGGTTATGAgc > 2:635502/1‑139 (MQ=255)
|
TAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGT > USA300TCH1516_ALE/396406‑396675
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
