Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
35 |
102.1 |
2392160 |
96.4% |
2306042 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
607,884 |
G→A |
R209* (CGA→TGA) |
dck ← |
Deoxyadenosine/deoxycytidine kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 607,884 | 0 | G | A | 99.0%
| 327.6
/ NA
| 102 | R209* (CGA→TGA) | dck | Deoxyadenosine/deoxycytidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (63/38); minor base C (1/0); total (64/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAG > USA300TCH1516_ALE/607747‑608020
|
tataTGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGc < 2:1120207/141‑1 (MQ=255)
atatGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCa > 1:83805/1‑141 (MQ=255)
ttggAATTAATTTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAtt < 1:352284/138‑1 (MQ=255)
ttggAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAtt < 2:118892/138‑1 (MQ=255)
tgtgAATTAATGTATTCGATAGAATTGATCAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAtt < 1:919384/141‑1 (MQ=255)
gggAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATCATCTCTATGGCTTCTACCATGTATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAttt < 2:1143968/139‑1 (MQ=255)
tgAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCCATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAtttt > 2:1178389/1‑141 (MQ=255)
gAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTg > 2:63193/1‑141 (MQ=255)
tAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTa > 2:1034221/1‑141 (MQ=255)
aTGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTAtt > 2:640949/1‑140 (MQ=255)
aTGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATAGTGTATCTACTAGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATc > 2:986511/1‑141 (MQ=255)
tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATATGCTATGTCTTTAGTCTTTTATAGTGTATCTAATTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTtctct > 2:489781/1‑140 (MQ=255)
tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTTAAGCAATTTTGTTTTTCa > 2:462247/1‑141 (MQ=255)
tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 1:755523/1‑141 (MQ=255)
tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTGGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 1:921467/1‑141 (MQ=255)
tgaTTCTATAGAATTGATGAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt < 1:548103/139‑1 (MQ=255)
aTTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAg > 2:41434/1‑141 (MQ=255)
tAGAATTGATAAAATAATCGATGATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTTTATTTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa < 2:1060623/141‑1 (MQ=255)
tAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa < 1:605133/141‑1 (MQ=255)
aaTTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAg > 1:481757/1‑141 (MQ=255)
atagagaaaaTAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGCGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGa < 2:949541/135‑1 (MQ=255)
aTTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGa > 1:217815/1‑141 (MQ=255)
ttGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGAt < 1:173342/141‑1 (MQ=255)
tGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGAtt < 2:943851/141‑1 (MQ=255)
gtaTAAAATAATCGATTATATCAATGAAATACAAATTGAATTTAAACATATACGCTAGGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTACCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGAtt < 1:86740/139‑1 (MQ=255)
gaaaaaaTAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTc < 2:125602/138‑1 (MQ=255)
gATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTc < 1:955123/141‑1 (MQ=255)
aTAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCg < 2:928114/141‑1 (MQ=255)
aaaaTAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATCAATATTTACGGTATGTCTTTAGTGTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCggg < 1:808871/141‑1 (MQ=255)
ataatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTc < 1:254548/141‑1 (MQ=255)
tCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTa > 2:955477/1‑141 (MQ=255)
acGATAATATCCATGGAATTTACATTGAATATAGACATATACGCTATGTCTGTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTa < 2:212207/140‑1 (MQ=255)
tgATAAAATCAATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTAt < 2:1173120/140‑1 (MQ=255)
gATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATg > 1:777795/1‑141 (MQ=255)
ttatatCTATGGAATATACATTGAATAGAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGa < 1:454370/139‑1 (MQ=255)
taataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGa < 1:1049907/141‑1 (MQ=255)
taataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGa > 1:261267/1‑141 (MQ=255)
taataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTATTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGa > 1:872230/1‑141 (MQ=255)
aaagtCTATGGAACATACTGTGAATATAAACATATTCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGat < 2:796430/137‑1 (MQ=255)
atCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATc < 2:83805/141‑1 (MQ=255)
tccaTGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCa < 1:1163055/138‑1 (MQ=255)
ggAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTc < 1:697854/141‑1 (MQ=255)
tataCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATATACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTa > 1:520367/1‑141 (MQ=255)
ataCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTaa < 1:63193/141‑1 (MQ=255)
taCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAat > 2:189567/1‑141 (MQ=255)
cATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAatat < 1:522607/141‑1 (MQ=255)
ttGAATATAAACATATACGCTATGTTTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTg < 1:1154502/141‑1 (MQ=255)
ttGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTg > 1:37484/1‑141 (MQ=255)
ttGAATATAAACATATACGCTAAGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGAGTTAAAGATTCGGGGGCCTTATGGATCTCAGATTCATTAATATTg > 2:201350/1‑141 (MQ=255)
tGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGa > 1:804148/1‑141 (MQ=255)
aaCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGGTATCATATTCATTAATATTGATACGTAcg > 1:2530/1‑140 (MQ=255)
aaCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACa > 1:506144/1‑141 (MQ=255)
taCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAATATTCGCGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTggc > 2:127783/1‑140 (MQ=255)
taCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACacatggg > 2:587345/1‑135 (MQ=255)
taCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGa > 1:328808/1‑141 (MQ=255)
cGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAGTTCCAGCACTTTTGTTTATCCTAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATCTTGATACGTACCACTAGACa > 2:91437/1‑141 (MQ=255)
tATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTTGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGc < 2:533353/141‑1 (MQ=255)
tATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGc < 1:557959/141‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTATTCTTTTATCGTGTATCTACTTTTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCa < 1:489781/141‑1 (MQ=255)
tCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTa > 2:887988/1‑141 (MQ=255)
cTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTaa > 2:199240/1‑141 (MQ=255)
cttAGTCTTTTATCGTGTATCTCCTTGTCGCTCTCCCTGAATACTTCAAGCAATTTGGTTTATCATAGGCTTTAAAGACTCGGGCTCCTTCCGGATACCACCCTCATCAGTATTCATCCGTACAACTGGACCTGcctcacc > 2:677938/2‑135 (MQ=255)
tAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCCTTAAAGc > 1:265884/1‑141 (MQ=255)
gTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTa > 1:988557/1‑141 (MQ=255)
gTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTa > 2:73517/1‑141 (MQ=255)
gTCTTTTATCGAGTATGTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTGATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCtc > 2:436902/1‑140 (MQ=255)
tCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAACCTCAGCTGTTATAGAACCAAGATTTTCGGGGTCCTTATGGATGTCCTATTCGTTAATATTGAGACGTACACCTGGACGTGGATTAGAGCTAt > 1:1176497/1‑141 (MQ=255)
ttttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTa > 2:182003/1‑141 (MQ=255)
tttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTaa < 2:882331/141‑1 (MQ=255)
tttAACGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTaa < 2:599548/141‑1 (MQ=255)
tatATTGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTaa < 2:26769/139‑1 (MQ=255)
tCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCa > 1:117896/1‑141 (MQ=255)
tCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCa > 1:622506/1‑141 (MQ=255)
cGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCaa > 1:596448/1‑141 (MQ=255)
gtgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATTATATTATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCact > 1:464802/1‑139 (MQ=255)
gtgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAAt > 1:896838/1‑141 (MQ=255)
gtgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGAGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAAt > 1:695810/1‑141 (MQ=255)
gtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATCTCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGACCATGCATTAAAACTATTAATCCAATCg > 2:918532/1‑141 (MQ=255)
gtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTCACGCTATTAATCTAATCg > 2:399445/1‑141 (MQ=255)
gtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCg > 2:1175170/1‑141 (MQ=255)
gtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTAGGGGTCCTTATGGATATCATATTCGTTAATATTGATACATGCAACTGGAAATGAATTAAAGCTATTAATCCAATca > 2:25890/1‑140 (MQ=255)
tATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGt > 1:278179/1‑141 (MQ=255)
tATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGt < 1:633327/141‑1 (MQ=255)
tACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCCTATTCATTAATATTGATACGTACAAATGGAAATGCATTCAAGCTATTAATCCACTCGTCATa > 2:34051/1‑141 (MQ=255)
tACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATa > 1:1121729/1‑141 (MQ=255)
tACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATa > 1:1175067/1‑141 (MQ=255)
tCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCGTAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGttt > 2:197909/1‑141 (MQ=255)
tCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCACTCGTCATAGCGttt > 2:558769/1‑141 (MQ=255)
tCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGttt > 1:141643/1‑141 (MQ=255)
tCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGttt > 2:558564/1‑141 (MQ=255)
tCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGttt > 2:198019/1‑141 (MQ=255)
gATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTaa > 1:1090845/1‑141 (MQ=255)
gATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCAATAAAGCTGTTAATCCAATCGACATAGCGTTTaa > 2:670796/1‑141 (MQ=255)
tatGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAAt > 1:750963/1‑141 (MQ=255)
tGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAg < 1:904881/141‑1 (MQ=255)
tGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTAACAGAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGGTACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAg > 2:791069/1‑141 (MQ=255)
ttttGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGc < 2:403106/140‑1 (MQ=255)
tttGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCt > 2:967573/1‑141 (MQ=255)
gAATAATTCAAGCAATTTTGTTTAAAACATTAGTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTATTATTGATACGTACACCTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCtttt > 1:1183118/1‑141 (MQ=255)
atTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAg < 2:240859/141‑1 (MQ=255)
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TATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAG > USA300TCH1516_ALE/607747‑608020
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
