Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
39 |
94.7 |
2129336 |
96.2% |
2048421 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
629,681 |
C→A |
71.2% |
L84I (CTA→ATA) |
USA300HOU_RS02990 → |
3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | 0 | C | A | 71.2%
| 79.8
/ 48.1
| 67 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/8); new base A (20/27); total (32/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 |
CGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGA > USA300TCH1516_ALE/629545‑629817
|
cGAAGGTTTAACATCATTGAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAgg < 1:56159/141‑1 (MQ=255)
ccAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCagaa < 1:522570/141‑1 (MQ=255)
agcagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCagaaga < 1:257826/141‑1 (MQ=255)
aaaatatGGCAAACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTTGCGCGGATGTAATTACAATACTAGTTGTTGCAGAAGACGCATCaa < 1:665057/138‑1 (MQ=255)
aaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCaa < 2:408197/141‑1 (MQ=255)
aaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCaa > 2:803988/1‑141 (MQ=255)
agggCAAAAAACATTAATAATGAAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTaaa < 2:599955/139‑1 (MQ=255)
ggCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc < 2:882566/141‑1 (MQ=255)
ggCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc < 2:190488/141‑1 (MQ=255)
ggCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc < 1:948485/141‑1 (MQ=255)
ggCAGACAAAATTAGGAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc < 1:153396/141‑1 (MQ=255)
cAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcag > 1:528978/1‑141 (MQ=255)
gACAACATGAGTAATGTAAAAGTATAAGCAGACATGAAAATTATAGATGAAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCt < 1:618178/141‑1 (MQ=255)
acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAACAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCAGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGAAGAAGAGGCATCAAATAAaacaacaaatg > 2:827793/1‑134 (MQ=255)
aTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa > 1:1061849/1‑141 (MQ=255)
aTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa < 2:255141/141‑1 (MQ=255)
ttAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGGAAGTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaag > 1:993694/1‑141 (MQ=255)
tAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 2:308233/141‑1 (MQ=255)
tAATGTAAAAGTATTAGCAAACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 2:308530/141‑1 (MQ=255)
gTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCAt > 1:35482/1‑141 (MQ=255)
tAAAAGTATTAGCAGACATCAAAGTGTTAGATTCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAGTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATa < 2:741053/141‑1 (MQ=255)
aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa < 1:705664/141‑1 (MQ=255)
aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa < 1:48759/141‑1 (MQ=255)
aaGTACTAGCAGACATGAAAATGATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa < 1:135752/141‑1 (MQ=255)
aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAACTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGATGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCAATTGAAGCAGCTAATaaaaa > 2:118180/1‑141 (MQ=255)
tAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAataata < 1:600846/141‑1 (MQ=255)
tAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCAAAGAAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaatagaa > 1:538710/1‑138 (MQ=255)
aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAAtaataa > 1:183545/1‑141 (MQ=255)
cAGACATAAAAAATAGAAATGCAGGTGAGTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAc < 2:264570/141‑1 (MQ=255)
gACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCCAGCAATTGAATGTGGCGCGGATGTGATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATCGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACaa > 1:624929/1‑141 (MQ=255)
gaTGAAAATTATAGATGCGGCTGATTATGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAtt < 2:1036207/140‑1 (MQ=255)
gAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGGTGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACt > 2:221251/1‑141 (MQ=255)
taGATGCAGTCGATTATGAAGTAAGCAAAGCAATTAAATTGGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAAAAATCAACAATGTCTAGTTGata < 2:535126/141‑1 (MQ=255)
taGATGCAGATGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGata < 1:183518/141‑1 (MQ=255)
aGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGatat > 1:941818/1‑141 (MQ=255)
gATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATg < 1:554241/141‑1 (MQ=255)
gATGAAGCTGAATATGAAGTTAGACAAGTAATTAAATGTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATg < 1:928012/141‑1 (MQ=255)
cAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGTGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAAAATTACTAGTTGATATGATTg > 2:165460/1‑141 (MQ=255)
gagtATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGtt < 2:873369/138‑1 (MQ=255)
gATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGtt > 1:910973/1‑141 (MQ=255)
aaTTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAAATTGGCGCGGAAGTAAGTACAATAATAGGTGGTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGtt < 2:599709/140‑1 (MQ=255)
tATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCaa > 1:275565/1‑141 (MQ=255)
tATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCaa > 1:275847/1‑141 (MQ=255)
tATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCaa > 1:425420/1‑141 (MQ=255)
aTGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAg > 1:1039244/1‑141 (MQ=255)
tGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGa < 1:188038/141‑1 (MQ=255)
gatAGCCAAGCAAGTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTa < 1:153867/139‑1 (MQ=255)
tAGGCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTAGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTTATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGa < 2:131208/141‑1 (MQ=255)
tAGCCAGGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGa < 2:876752/141‑1 (MQ=255)
aGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaa < 1:226440/141‑1 (MQ=255)
gCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaa > 1:419976/1‑141 (MQ=255)
ccAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaa > 1:542933/1‑141 (MQ=255)
ccAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAAAATTACTAGTTGATAGGATTGCTGTTCAAGATTTACaaaa > 2:279578/1‑141 (MQ=255)
ccAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaa > 1:424399/1‑141 (MQ=255)
cAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGCTATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaaa > 1:804206/1‑141 (MQ=255)
gCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGGTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTGGATATGATTGCTGTTGAAGATTTGAAAAAACga > 2:534102/1‑140 (MQ=255)
aaTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGc > 1:398778/1‑141 (MQ=255)
aaTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGc < 1:154709/141‑1 (MQ=255)
ttAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaa < 1:690688/141‑1 (MQ=255)
tAAATTTGGCGCGGATGTACTTACGGCATTTTTTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 1:254154/1‑141 (MQ=255)
tAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 2:892968/1‑141 (MQ=255)
aaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAGGATGCCACAATTAAAGCAGCTATTGAGGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATAGGATTGCTGTGCAAGAATTAGAAAAACGTGCaaaaa > 1:483275/1‑140 (MQ=255)
aaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaaaa > 1:497017/1‑140 (MQ=255)
ggCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTa > 1:948095/1‑141 (MQ=255)
gcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGAt > 2:708891/1‑141 (MQ=255)
cgATGTAATTACAATACGAGGTTTTGCAGAAGATGCAACAATTAAAGCAGCGATTGAAGAAGCTCATAAAAATAAGAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGATCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGa < 1:262843/140‑1 (MQ=255)
tAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGGTGAAATgg > 1:313269/1‑141 (MQ=255)
aataatAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGa < 1:174994/141‑1 (MQ=255)
|
CGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGA > USA300TCH1516_ALE/629545‑629817
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
