Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I1 R1
|
28 |
89.4 |
2015306 |
95.8% |
1930663 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
629,681 |
C→A |
L84I (CTA→ATA) |
USA300HOU_RS02990 → |
3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | 0 | C | A | 98.7%
| 234.0
/ NA
| 74 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (42/31); total (43/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGG > USA300TCH1516_ALE/629544‑629810
|
aCGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAataata > 1:237620/1‑140 (MQ=255)
ttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGc > 1:89064/1‑140 (MQ=255)
tACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCa > 2:585452/1‑140 (MQ=255)
acaagcagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 1:278727/137‑1 (MQ=255)
aaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCa > 1:434538/1‑140 (MQ=255)
aCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCaa < 1:998999/140‑1 (MQ=255)
cATACGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAt < 1:162904/140‑1 (MQ=255)
tatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTa > 2:616818/1‑140 (MQ=255)
tGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTaaa < 1:700537/140‑1 (MQ=255)
gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAACACCAGTCTC‑GATAAAAGCACAATCAAAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc > 1:725960/1‑140 (MQ=255)
gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc > 1:101647/1‑140 (MQ=255)
aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGACGATGCATCAATTAAAGCAGCAAt > 2:686855/1‑140 (MQ=255)
aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAGTTAAAGCAGCTAt > 1:474709/1‑140 (MQ=255)
aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 2:175342/140‑1 (MQ=255)
aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 2:630272/140‑1 (MQ=255)
aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt > 2:687351/1‑140 (MQ=255)
caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 2:183864/140‑1 (MQ=255)
caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:203766/140‑1 (MQ=255)
aaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:820381/139‑1 (MQ=255)
ttAGTAATGTAAAAGTATGAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa < 1:42585/140‑1 (MQ=255)
aGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCGAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaaga > 1:564725/1‑140 (MQ=255)
aGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATCATAGATGCAGATGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTtaaga < 1:683450/140‑1 (MQ=255)
tAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATCGATGTAGCTGATTCTGAAGTTAACCAATCAAGTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCAt > 2:709273/1‑140 (MQ=255)
aaaaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATa < 1:98067/140‑1 (MQ=255)
aaGTATTAGCAGACATGAAAGTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGAAATTAA‑ATTTGGCGCGGAGGTAATTACAATAACAGGTGTTGCAGAAGATGCCTCAATTAAAGCAGCTATTAAAGAAGCTCATaaa > 1:629200/1‑140 (MQ=255)
aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGCTGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAACAATAAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa > 1:265771/1‑140 (MQ=255)
aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa < 2:756748/140‑1 (MQ=255)
aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGGCAAGAAGATAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTATGTGCTGCAGAAGATGCAGCAATTAAAGAAGCTGTTGAAGAAGCTGATaaaa > 2:787141/1‑140 (MQ=255)
aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa < 1:656570/140‑1 (MQ=255)
aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCACCGCATTATAGATATATTCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAACGCAGCTATTGAAGACGCTCATaaca < 2:207508/140‑3 (MQ=255)
tAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGAAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataaa > 2:398191/1‑139 (MQ=255)
aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAataata < 2:847763/140‑1 (MQ=255)
gCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGTTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAAAAGCTCATAAAAGtaataa > 2:346485/1‑140 (MQ=255)
aGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGACGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAAAAATAAAc > 2:802979/1‑140 (MQ=255)
cATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAt < 2:122285/140‑1 (MQ=255)
aTGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAtt < 1:967221/140‑1 (MQ=255)
aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACt > 2:12380/1‑140 (MQ=255)
aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAAAAAACAAATACt > 2:127208/1‑140 (MQ=255)
aaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAATa > 1:156808/1‑140 (MQ=255)
aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAg > 2:494693/1‑140 (MQ=255)
aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAg > 1:18506/1‑140 (MQ=255)
tataGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCATCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTg < 2:810420/140‑1 (MQ=255)
tGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGa < 2:978572/140‑1 (MQ=255)
cTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCt < 1:951203/140‑1 (MQ=255)
gATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGt > 1:26319/1‑140 (MQ=255)
gATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGt > 2:593381/1‑140 (MQ=255)
tATGAAGTTAGCCAAGAAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGAATCAATTAAAGCAGCTATTGCAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCGGttga > 2:203271/1‑138 (MQ=255)
gAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGa > 2:584472/1‑140 (MQ=255)
aaGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGAt < 2:434538/140‑1 (MQ=255)
aGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAc > 2:362970/1‑140 (MQ=255)
aGCAATAAA‑ATTTGGCGCGGATATAATTACTATAATAGGTGTTGCAGAAGAAGCATCAATTAAAGCAGCTTTTGAAGAAGATCATAAAACTAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAc > 2:132452/1‑140 (MQ=255)
gCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGCTTTAGAAAAACg > 1:388199/1‑140 (MQ=255)
gCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGACTTAGAAAAACg > 2:865911/1‑140 (MQ=255)
gCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGATAATAAAAAAAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACg > 2:707591/1‑140 (MQ=255)
gCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATATAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACg > 1:339687/1‑140 (MQ=255)
cAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCTTAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGt < 1:604047/140‑1 (MQ=255)
cAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAAGTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGt < 2:516285/140‑1 (MQ=255)
cAATTAA‑AGTTGGCGCGGATGTAATAAAAATAAAAGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAATAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGt < 1:36493/140‑1 (MQ=255)
aaTTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTg < 1:849609/140‑1 (MQ=255)
aTTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCGGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGc < 2:177229/140‑1 (MQ=255)
aTTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGc > 1:900810/1‑140 (MQ=255)
ttAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCa > 1:594017/1‑140 (MQ=255)
tAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGtcgaa > 2:77335/1‑136 (MQ=255)
aa‑aTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 1:789201/1‑140 (MQ=255)
aa‑aTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 1:197174/1‑140 (MQ=255)
tttGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAAGTGCAAAAGa > 2:658891/1‑140 (MQ=255)
tGGCGCGTAAGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAAc < 1:18958/140‑1 (MQ=255)
ggCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCATGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACt < 2:623546/140‑1 (MQ=255)
gacgccGATGTAATTACAATAATAGCTGTTACAGAAGATGCATCTATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAAGAAACAATTACAAGGTGATAGGATTGGTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGacat > 2:82084/3‑137 (MQ=255)
gcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGa > 1:109037/1‑140 (MQ=255)
gATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAAATGCAAAATAACTAGATGa > 1:879375/1‑140 (MQ=255)
taataaCAATAATAGGTGTTGAAGAGGATGAATCAATTAAAGAAGATATTGAAGAAGCACATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGAAAAAAAAAAAAAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg < 2:716716/140‑1 (MQ=255)
aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg > 1:438447/1‑140 (MQ=255)
aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg > 1:11772/1‑140 (MQ=255)
aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg < 2:89064/140‑1 (MQ=255)
|
ACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGG > USA300TCH1516_ALE/629544‑629810
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
