Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I1 R1
|
27 |
78.9 |
1851050 |
96.3% |
1782561 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
629,681 |
C→A |
L84I (CTA→ATA) |
USA300HOU_RS02990 → |
3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | 0 | C | A | 98.2%
| 164.1
/ ‑3.4
| 56 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (30/25); total (30/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.01e-01 |
GGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAT > USA300TCH1516_ALE/629549‑629818
|
ggTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGGTGTAATTACAATAATAGGTGtt > 1:170565/1‑141 (MQ=255)
tttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATCAGTAATGTAAAAGTATTAGTATACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCACGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGc < 2:503621/141‑1 (MQ=255)
tttACCAGAAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATCATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGc < 2:506970/141‑1 (MQ=255)
ttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCa > 1:339414/1‑141 (MQ=255)
ttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCa < 1:789575/141‑1 (MQ=255)
ccAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGACAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGATGCagaa > 2:449654/1‑141 (MQ=255)
cagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAATAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACGATAATAGGTGTTGCAGAAGATg > 1:638093/1‑141 (MQ=255)
cagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTGGCCAAGAAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTCAAATAATAGGTGTTGCAGAATATg > 1:439139/1‑141 (MQ=255)
cagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTCATTAACATAATAGGAGTTGCAGAAGATg > 2:83001/1‑141 (MQ=255)
aaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATCATAGGTGTTGCAAAAGATGCATCaa > 1:448644/1‑141 (MQ=255)
aaCATATGCCACACAACATTAGTACTGGAAAGGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATCAAGCAGATAGTGATGTTAGCCAAGCAAGTTAATTTGGCGCGGATGTGATTACAATAATAGGTGTTGCAGACGATGCATCaa > 2:352920/1‑141 (MQ=255)
gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagca < 1:250525/141‑1 (MQ=255)
caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga < 2:93874/141‑1 (MQ=255)
caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga > 1:833930/1‑141 (MQ=255)
aTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATCAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa < 1:516844/141‑1 (MQ=255)
aTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATAAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa < 1:516772/141‑1 (MQ=255)
ttAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaag < 2:173116/141‑1 (MQ=255)
tAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGGAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc > 1:837368/1‑141 (MQ=255)
aaTGTAAAATTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCt < 2:226103/141‑1 (MQ=255)
aaTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCt < 2:848608/141‑1 (MQ=255)
agaaaaaGAATTAACAAACAAGAAAAATATAGATGCAGCTAATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCa < 1:407376/138‑1 (MQ=255)
aGTATTAGCAGACATGAAACTTATAGATGCAGCTGAGTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTCAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATcaaaa > 2:379286/1‑141 (MQ=255)
aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaaa > 1:736945/1‑141 (MQ=255)
tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaata > 1:268827/1‑141 (MQ=255)
gCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGACGCTATTGAAGAAGATCATAAAAATAATaaa > 2:856929/1‑141 (MQ=255)
aCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAt < 1:761595/141‑1 (MQ=255)
aTGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAACTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTa < 2:791980/141‑1 (MQ=255)
aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTa > 2:152726/1‑141 (MQ=255)
aaaaTGATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTa > 2:466684/1‑141 (MQ=255)
aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGt > 1:744957/1‑141 (MQ=255)
aGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGatat > 1:876155/1‑141 (MQ=255)
aGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGctat > 1:879849/1‑141 (MQ=255)
aTGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAg > 1:522352/1‑141 (MQ=255)
ggtAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTa < 2:777615/139‑1 (MQ=255)
ttAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAg < 1:350634/141‑1 (MQ=255)
tAGCCAATCAATTAAATTTTGCGCGGTTGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGAGGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGa < 2:837368/141‑1 (MQ=255)
tAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGa < 2:744957/141‑1 (MQ=255)
tAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGAATGTAAGTACAATAATAGGGGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGa < 1:423385/141‑1 (MQ=255)
gCCAAGCAATTAAATTGGGCGGGAATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATAAAAGCAGCTATTGAAGAAACTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaa < 2:459866/141‑1 (MQ=255)
accAAGCAATTAAATTGGGAAAGGATGTCATAACAATAATAGGAGTTGCAGAAGATGTAACAATTAAAGTGGCTATTTAAGAATCTCATAAATATAATATACAATGACTATTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaa < 2:217130/140‑1 (MQ=255)
cAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaaa > 1:157640/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCa > 2:875732/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCa > 2:177411/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCa > 2:324034/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCGCATAAAAATAATCAACAATTACTAGTTGATATGAGTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAAGTACa > 2:478595/1‑141 (MQ=255)
tAAATTTGGCGCGGATGTAAATACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAACAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCCGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 1:557691/1‑141 (MQ=255)
tttGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGaa < 1:204017/141‑1 (MQ=255)
gcgcGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAg < 1:777796/141‑1 (MQ=255)
gcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGAt > 2:173101/1‑141 (MQ=255)
gATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGaa > 1:733762/1‑141 (MQ=255)
gATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGaa > 1:258699/1‑141 (MQ=255)
gATGTAATTACAATAATAGGGGTTGCAGAAGAAGCATCAATTAAAGAAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGaa < 2:702021/141‑1 (MQ=255)
gATGTAATTAAAATAAGAGGTGTAGCAGAAGAAGCAACAACTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAGTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGaa < 2:709243/141‑1 (MQ=255)
gTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg < 2:736945/141‑1 (MQ=255)
gTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:510257/1‑141 (MQ=255)
tAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg < 2:550250/141‑1 (MQ=255)
aataatAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGAGGAAATGGGTGCTGa > 2:77019/1‑141 (MQ=255)
ataataGTTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTATTTGATATGATTGCTGTGTAAGATTTAGAAAAACGTTCAAATGAACTAGATTAAATGGGTGCTGAt > 2:880814/1‑141 (MQ=255)
ataataGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATAGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 1:356997/141‑1 (MQ=255)
|
GGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAT > USA300TCH1516_ALE/629549‑629818
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
