Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I0 R1
|
54 |
57.6 |
1336546 |
96.4% |
1288430 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
629,681 |
C→A |
100% |
L84I (CTA→ATA) |
USA300HOU_RS02990 → |
3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | 0 | C | A | 100.0%
| 177.1
/ NA
| 55 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (25/30); total (25/30) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTG > USA300TCH1516_ALE/629552‑629816
|
ttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCa < 2:603269/141‑1 (MQ=255)
tACCAGCATTTAAACATATGGCAGACAACAGTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 2:171958/141‑1 (MQ=255)
tACCAGCAGTGAAACATATGGCAGCCAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 1:221875/141‑1 (MQ=255)
aCCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCaga < 2:600251/141‑1 (MQ=255)
ccAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGAAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCagaa > 1:232383/1‑141 (MQ=255)
ccAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGGAAAACTATTAGCAGGCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGCTGTAATTACAATAATAGGTGTTGCagaa > 2:101955/1‑141 (MQ=255)
cagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATg > 1:260615/1‑141 (MQ=255)
gTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCa < 1:360295/141‑1 (MQ=255)
tAAACATATGGCAGACAACATTAGAAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATc < 1:217448/141‑1 (MQ=255)
aaaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGTGGTAATTACAATAATAGGAGTTGAAGAAGATGCATCa > 2:247686/1‑141 (MQ=255)
acaacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCACTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAACAATAGGTGTTGCGGAAGATGCATCAATTAAagcaagat > 1:152195/1‑137 (MQ=255)
acaaaaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGTAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTa < 1:99408/141‑1 (MQ=255)
acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTCGCCAAGAAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg > 2:624477/1‑141 (MQ=255)
acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:147544/141‑1 (MQ=255)
caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga > 2:139576/1‑141 (MQ=255)
aTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa > 1:666983/1‑141 (MQ=255)
aaTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCt < 1:279799/141‑1 (MQ=255)
aaaGTAATAGCAGACATGAAAATTATAGACGCAGCCGATTCTGAAGTCAGCCAAGCGATTAAATGTGGCGCGGATGTAATTACAATAAGAGGCGTGGCAGAAGAGGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa < 2:487546/141‑1 (MQ=255)
aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa > 2:461048/1‑141 (MQ=255)
ggaTTAGAAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGGTAGCAAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat < 1:83693/139‑1 (MQ=255)
atATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat < 2:201858/140‑1 (MQ=255)
ttAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataat > 1:62668/1‑141 (MQ=255)
gCAGACATGAAAATTAGAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATaaa < 1:149943/141‑1 (MQ=255)
cAGACATGAAAATTATAGATGGAGATGGTTATGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCCTAAAAATAATAAAc < 2:308404/141‑1 (MQ=255)
cAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAc > 2:582487/1‑141 (MQ=255)
aaGACATAAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAc < 2:616579/140‑1 (MQ=255)
aaGACAGGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGCAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGCTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAc < 2:371256/140‑1 (MQ=255)
aaCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACaa < 1:335018/140‑1 (MQ=255)
aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGt > 2:371209/1‑141 (MQ=255)
aactGCAACTGATTATGAAGTTAGCCAAGTAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATATGTGATGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGatat < 2:359807/138‑1 (MQ=255)
cAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGCAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAATAGTTGGAATGATTg > 1:631500/1‑141 (MQ=255)
gCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCt > 1:42030/1‑141 (MQ=255)
gCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGAGATGATTGCt > 1:265294/1‑141 (MQ=255)
cTGATTAAGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTg < 2:542515/141‑1 (MQ=255)
aTGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAg < 2:204395/141‑1 (MQ=255)
aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGAtt > 1:209178/1‑141 (MQ=255)
aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGACTGCTGTTCAAGAtt > 2:459168/1‑141 (MQ=255)
gTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTa < 2:522826/141‑1 (MQ=255)
ttAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAg < 1:461048/141‑1 (MQ=255)
ccAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaa > 2:520510/1‑141 (MQ=255)
aatcAATTAAATTTGGCACAGATGTAATTACAATAATACGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAc < 2:309864/138‑1 (MQ=255)
gCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGt > 1:293407/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCa > 1:86218/1‑141 (MQ=255)
ttAAATATGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGGTCATAAAAAAAATAAACAATTACTCGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaa < 2:608419/141‑1 (MQ=255)
tAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa < 1:338478/141‑1 (MQ=255)
tAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa < 1:473329/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaaa < 2:424604/141‑1 (MQ=255)
gcgcGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTaa > 2:68845/1‑140 (MQ=255)
gcgcGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAAATAg > 1:228386/1‑141 (MQ=255)
cgcgGAAGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAGTCAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTCATATGATTGCTGTACAAGAGTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGa > 2:337467/1‑141 (MQ=255)
cgaggATGTAATTACAAGAATAGGTGTTGCAGAAGATGCAGCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATGACTAGTTGAGATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGa < 2:152195/138‑1 (MQ=255)
aTGTAAGTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTATTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGaaa < 1:443944/141‑1 (MQ=255)
aTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGt > 1:281539/1‑141 (MQ=255)
aTTACAAGAATAGGTGTTGCAGAAGACGCGTCAATTAAAGCAGCTGTCGAAGAAGCTAATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCGAGATTTAGAAAAACGTGCAACAGAACTAGATGAAATGGGt > 2:404257/1‑141 (MQ=255)
cAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTg < 1:139576/141‑1 (MQ=255)
aaataatAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTg < 2:55334/140‑1 (MQ=255)
|
TTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTG > USA300TCH1516_ALE/629552‑629816
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
