Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F169 I1 R1
|
62 |
44.4 |
970160 |
98.1% |
951726 |
147.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
51,334 |
(G)7→8 |
intergenic (‑132/‑7) |
USA300HOU_RS00210 ← / → USA300HOU_RS00215 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 51,327 | 1 | . | G | 97.8%
| 160.5
/ ‑1.7
| 46 | intergenic (‑125/‑14) | USA300HOU_RS00210/USA300HOU_RS00215 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (29/16); total (30/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
TGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑GGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGATTTAAATGAA > USA300TCH1516_ALE/51180‑51466
|
tgctgcTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGa > 4:371691/1‑148 (MQ=255)
tgctTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑ggg < 3:60543/148‑1 (MQ=255)
ttAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAAAAAAAAATGGGGA‑gggggg < 4:163450/148‑1 (MQ=255)
ttAGATTTCTTATTAATTTAAAAAATCCTCAAAAAATTTTTAAGGGGTCAATAAATATCAAAAAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAAAAAGCATAAATGAAGCATTATGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGGGA‑gggggg < 4:180840/148‑1 (MQ=255)
aGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑gggggggg < 3:60274/148‑2 (MQ=255)
tttCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGTAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑ggggggggtat > 3:201893/1‑144 (MQ=255)
tttCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑ggggggagtat > 4:356976/1‑143 (MQ=255)
tttatcaaTTTTAAAATACCTCCAAGAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAAACAAAAAAAAAAAAATGGGGA‑ggggggg < 2:13177/134‑1 (MQ=255)
ttATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTatatat > 3:89296/1‑148 (MQ=255)
tCATTTTAATATTCCTTCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGAt < 4:404274/148‑1 (MQ=255)
aTTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGtatata < 1:56846/141‑1 (MQ=255)
ttttAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTatatat > 1:24706/1‑141 (MQ=255)
ttttAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTTTATATTGATAcc > 4:19175/1‑148 (MQ=255)
ttttAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATAcc > 3:132458/1‑148 (MQ=255)
cAATAATTTTTAAGGAGTAAATAAATATCATATAGGTTAAACTAGCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAAGGAAGCATTATGATTAGAAAAAAAAAAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGaaa < 4:236207/148‑1 (MQ=255)
taatTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑GGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAattat > 3:250354/1‑148 (MQ=255)
atTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAattatt > 4:242749/1‑148 (MQ=255)
aatcactAACATATGAATTAAATAATCTTAACGTGAAAGCTAAAATAAGCAAAAATGAAGAATTATGATTAGACCTGAAACAAAAAATGAGGAGGGGGGGGTATATACTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGaag < 4:268378/148‑2 (MQ=255)
gTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTg > 3:249390/1‑148 (MQ=255)
ttAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGa > 3:272631/1‑148 (MQ=255)
ttAAACTAACTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGa < 4:8298/148‑1 (MQ=255)
tAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTCTGATTCTTCGCGGAAGGAAAAATGGGGAGGGGGGGGGATAAATTGATACATACGCTAGACGAACTTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATAATTTGaa > 4:408010/1‑148 (MQ=255)
tAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGaa > 3:61888/1‑148 (MQ=255)
tAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGAGTATACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGaa > 3:303742/1‑148 (MQ=255)
tAAACTATCATCAACGTATTGCTATAATAAGCCTAAATGAAGCGTTATGCTTAGACGCGGAACTAGAAATGGGGAGGGGGGGGAATATATTGATACCTACGCTAGCATAACTTATTGATGAGTATGTACCCTTAGCTGAATATTTgca > 4:408044/1‑146 (MQ=255)
cTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAAttt > 3:257145/1‑148 (MQ=255)
ttCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGt < 4:79932/148‑1 (MQ=255)
ttCAATTGATTGATATAATAAGCATAAAGGAAGCATTATGATTAAAAGAAGAAAAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGt < 4:381542/148‑1 (MQ=255)
ttgattgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAg > 3:20255/1‑148 (MQ=255)
ttgattgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGGATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGACTATTTGAAATTTGATGTAACAg > 4:307536/1‑148 (MQ=255)
tgattgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGt > 3:318777/1‑148 (MQ=255)
tgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAg > 3:234398/1‑148 (MQ=255)
tgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAg > 4:154521/1‑148 (MQ=255)
acTATAATAAGAATAAATGAAGCATTATGATTAGAAAAAAAAAAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAgg < 4:205350/147‑1 (MQ=255)
tataATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGtt > 3:295161/1‑148 (MQ=255)
tataATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGtt > 3:368999/1‑148 (MQ=255)
tataATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATGATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGCTGTAACAGTTGAGGtt > 3:369008/1‑148 (MQ=255)
ataataAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGttt < 4:28868/148‑1 (MQ=255)
ataataAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGttt < 4:28797/148‑1 (MQ=255)
taataaGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTa > 4:46456/1‑148 (MQ=255)
taataaGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGCATATATTGATACCTACGCGAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGAGTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTa > 4:178030/1‑148 (MQ=255)
ataaGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATAGTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAg > 2:459/1‑141 (MQ=255)
tGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATttgttg > 3:165833/1‑148 (MQ=255)
gAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTtgttgt < 3:277149/148‑1 (MQ=255)
aGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGtta < 3:154356/148‑1 (MQ=255)
aGCATTATAATTAGTCGCGAAAAAAAAAAGGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGtta < 3:175052/148‑1 (MQ=255)
tATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTaag < 3:242749/148‑1 (MQ=255)
tAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGttt > 3:43151/1‑148 (MQ=255)
tAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGttt > 3:78545/1‑148 (MQ=255)
aCGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTaagaa < 2:24706/141‑1 (MQ=255)
aCGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAg < 4:89296/148‑1 (MQ=255)
cgcgGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGc > 3:407583/1‑148 (MQ=255)
cgGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGGTTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGa > 4:105852/1‑148 (MQ=255)
aaTGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGATTTAAATGaa > 3:228989/1‑148 (MQ=255)
|
TGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑GGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGATTTAAATGAA > USA300TCH1516_ALE/51180‑51466
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
