Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
39 |
94.7 |
2129336 |
96.2% |
2048421 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
76,969 |
G→A |
66.0% |
intergenic (+509/‑107) |
USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 |
hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 66.0%
| 55.3
/ 45.2
| 59 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/13); new base A (19/20); total (26/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
CTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTC > USA300TCH1516_ALE/76832‑77101
|
ctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGATATAAACTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGt < 1:827670/141‑1 (MQ=255)
gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAAtt < 1:542206/141‑1 (MQ=255)
gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAAtt < 1:904349/141‑1 (MQ=255)
aaTCTACGGATTTTCGCCATGCCACTAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAtt < 2:471338/140‑1 (MQ=255)
aTCTACGGATTTTCGCCAGGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAttt < 2:469152/141‑1 (MQ=255)
cTACGGACTTTCGCCATGCCACGAAACTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTCTATTTTTTTACTTTGCAACAGACCCCATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtat < 1:640759/141‑1 (MQ=17)
aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtataa > 2:742861/1‑140 (MQ=255)
atttCGCCATGCAAAGAAACTAGCATCATGATAGCAAGTGAAACGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTGGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTAt < 1:816721/140‑1 (MQ=18)
gCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTGATTTATATAGTATTAcgc > 2:828702/1‑139 (MQ=255)
cccGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt < 1:556308/139‑1 (MQ=255)
aCGAAATGAGCATCATGCTAGCAAGGTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTAATGCAAACAtt > 2:513655/1‑141 (MQ=255)
aaatAGCATCATGCTAGTAAGTGAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCGATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAATCCTTTATTGTGACTGCAAACATTGAtt < 2:488417/138‑1 (MQ=17)
aaTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGGACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATGTAGTATTACTGCAAACAttagtt > 1:558909/1‑137 (MQ=255)
aaTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAtt > 1:157314/1‑141 (MQ=255)
ttAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAGTTATTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTg > 1:827840/1‑141 (MQ=255)
ttAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTGTTTACTTTGCAACAGAACCTAGA‑AAAAACATGGGCTTCAAGGGTTAATTTATATAGGAGTACTGCAAGCATTGATTTg > 2:756574/1‑141 (MQ=21)
tAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTgg > 1:813797/1‑141 (MQ=255)
tAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTgg > 2:171552/1‑141 (MQ=255)
tAGCAGCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTTCAACAGAACCTCTA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTgg > 2:39607/1‑141 (MQ=255)
aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTAAA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAACCATCGTCTTggg > 2:191917/1‑141 (MQ=21)
atcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCa < 1:93551/141‑1 (MQ=255)
atcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCa < 1:1020080/141‑1 (MQ=255)
tcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaa < 1:58383/141‑1 (MQ=255)
gctggCAAGTTAACCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAt < 2:763618/137‑1 (MQ=255)
aGCGAACACTGACATGATAAATTAGTCGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGTTCAAAAATTAGGGGTATTaa < 1:641603/141‑1 (MQ=255)
gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaa < 2:813797/141‑1 (MQ=255)
acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAGTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaaa > 1:24827/1‑141 (MQ=255)
aCATGATCAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTTCTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAGTTAGGGGTATTAAAAAaatgaatg > 1:666015/1‑141 (MQ=255)
aCAAGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaatg < 2:79057/141‑1 (MQ=255)
cATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTCCTTGATTTAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAatgaatga > 1:1042657/1‑141 (MQ=38)
aaaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTGTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa < 2:762346/141‑1 (MQ=255)
ttAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtt > 1:878161/1‑141 (MQ=255)
gTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAG‑ACTGGTATTATAACATGGGCTTGAAATGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTa > 1:509738/1‑141 (MQ=255)
gTGGTTAGCTATATTTTTTTAATTTGGTTCATAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAACCATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTa > 1:513828/1‑141 (MQ=255)
cTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 1:350376/141‑1 (MQ=255)
cTATATTTTTTTACCTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 1:486855/141‑1 (MQ=255)
tataTTTTTTTTTTTTTTTTCAAAACCTAGA‑AAGAACATGGGCTTAAAAGGTTAGTTTAGAGAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCGAAAATTAGGGTTATTTAAAAAATTAATTAATCAAAATTTTATAAAGATGa > 2:212157/1‑141 (MQ=255)
tttttttACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTgg > 1:674894/1‑141 (MQ=255)
ttttACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGCCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgaga < 1:1461/141‑1 (MQ=255)
ttACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAACACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATAGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATCAATGAAAAATAAATTTATCAATCAGATTGGAGAgg > 1:813859/1‑141 (MQ=255)
tACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 2:1027427/141‑1 (MQ=255)
tACTTGGCAACAGCACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 1:756574/141‑1 (MQ=255)
acgttGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGACTTAAAAGGATAATTTCTGGAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 1:294541/138‑1 (MQ=255)
cTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGGTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAACCATCTTCTTGCTAAGCTGATTGGAGAGGTTa < 2:752751/141‑1 (MQ=255)
cAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt > 1:127423/1‑141 (MQ=255)
aGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt > 1:389933/1‑141 (MQ=255)
aCCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtata < 2:523959/141‑1 (MQ=255)
tata‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaa > 1:940841/1‑141 (MQ=255)
ata‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa < 2:215552/141‑1 (MQ=255)
ata‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa < 1:15822/141‑1 (MQ=255)
ta‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGATGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 2:178922/1‑141 (MQ=255)
aaaaaCAGGTGCTTAAAAGGTTAATTTATATATGATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt < 1:517504/141‑1 (MQ=255)
gggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCTTTATATAAAATTTATTGAGt < 1:641280/141‑1 (MQ=255)
gggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt < 1:1059260/141‑1 (MQ=255)
ggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:526514/141‑1 (MQ=255)
ggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:864648/141‑1 (MQ=255)
ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc > 1:198841/1‑141 (MQ=255)
ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:331869/141‑1 (MQ=255)
ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTGGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCACGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGGGTc > 2:995380/1‑141 (MQ=255)
|
CTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTC > USA300TCH1516_ALE/76832‑77101
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
