Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F169 I0 R1
|
75 |
34.0 |
794130 |
95.7% |
759982 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
76,969 |
G→A |
100% |
intergenic (+509/‑107) |
USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 |
hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 100.0%
| 91.0
/ ‑6.5
| 32 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (19/12); minor base T (0/1); total (19/13) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAA > USA300TCH1516_ALE/76856‑77089
|
tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa > 1:193445/1‑141 (MQ=255)
tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa > 1:193461/1‑141 (MQ=255)
ccACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGACAACACTGACCTGGTTAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACa < 1:268310/141‑1 (MQ=21)
cACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAAGTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt > 1:33858/1‑141 (MQ=255)
cGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTCATTTATATAGTATTACTGCAAACATTg > 1:117944/1‑141 (MQ=255)
aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTggg > 1:278679/1‑141 (MQ=255)
acgCTAGCCAATCAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTTTAT‑GTGTTTACTTTGCAACAGAATCTATAAACAACATGGGTTTTAATGGTTTATTTAGTTAGTATTACCTCAAACATTGATTTGGGTCaaaa < 2:88509/139‑1 (MQ=18)
tGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGAAATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaaaaa < 2:48018/141‑1 (MQ=255)
gCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATCAATTAGTGATTAGCTACAG‑TGTTTTACGCGGCGACGCAGCCTATAGAGAACATTTTCGTAAAAGGTTAAGTGATATATTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAt < 2:390794/141‑1 (MQ=12)
aGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATGGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAg > 1:368884/1‑141 (MQ=255)
aGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAg > 1:49416/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTAGTGCAAACATTCATTTCGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:185399/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:147598/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:302435/1‑141 (MQ=255)
gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaa > 1:209897/1‑141 (MQ=255)
aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaa < 2:190859/141‑1 (MQ=255)
aaaTTAGTGGTTAGCTATATCTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCAt < 1:347734/141‑1 (MQ=255)
aaaTTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAGAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa > 1:368486/1‑141 (MQ=255)
aTTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAt > 1:209270/1‑141 (MQ=255)
ggTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATc < 2:193445/141‑1 (MQ=255)
aaataaatataA‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATc < 2:193461/134‑1 (MQ=255)
tataT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGATTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTGTTGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGa < 2:272964/141‑1 (MQ=255)
ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:22326/141‑1 (MQ=255)
taaaccAGAAGCTAGAAAGAACATGGGCTTAAAAGGTTGTTTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATATGGGCCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTGAGCAAGCGAATTGACGGGGTTaaaa > 2:203225/6‑141 (MQ=255)
tGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaaaa > 2:297944/1‑141 (MQ=255)
aaCAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTACAAGGTTAATCTATATAGTATTACTGCCAACATTGATCTGGGACCAAAATTAGGGGGCTTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATAAAGCTGATTGGAGAGGCAaaaaaca > 2:64308/1‑138 (MQ=255)
gAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATta > 1:228578/1‑141 (MQ=255)
aCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtata > 1:319451/1‑141 (MQ=255)
ccTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat > 2:103650/1‑141 (MQ=255)
ccTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat < 2:333172/141‑1 (MQ=255)
gtataAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTTCTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatata < 2:273677/140‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaaaTAGGCATAAAAGGATAATATAAATAATAATAATACAAACATTGATTTGGTTCAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa < 2:259151/139‑1 (MQ=255)
|
TGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAA > USA300TCH1516_ALE/76856‑77089
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
