Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I0 R1
|
76 |
110.5 |
2404748 |
96.5% |
2320581 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
707,909 |
A→T |
69.3% |
M1M (TTG→ATG) † |
znuC_1 ← |
High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,909 | 0 | A | T | 69.3%
| 171.7
/ 111.6
| 127 | M1M (TTG→ATG) † | znuC_1 | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/24); new base T (43/45); total (58/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.95e-01 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA > USA300TCH1516_ALE/707773‑708045
|
ttGATAAAGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTACTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGt < 1:989159/141‑1 (MQ=255)
gATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAATTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGttt < 1:797823/141‑1 (MQ=255)
aTAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATGATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTTCATGCTTATTACCTAAAAATAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTta > 2:655757/1‑141 (MQ=255)
tAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGCTACCAATGATGTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTtat < 1:220607/141‑1 (MQ=255)
tAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTAACTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTtat < 2:491516/141‑1 (MQ=255)
aaGGGAAGATTCACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTtata < 2:723995/141‑1 (MQ=255)
aaGGGAAGATGTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTTTTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTtata < 2:56386/141‑1 (MQ=255)
aGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACCGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTtatcc > 2:1169415/1‑139 (MQ=255)
ggAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTCATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcct < 1:1091156/141‑1 (MQ=255)
gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTa < 1:734836/141‑1 (MQ=255)
gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTa > 2:833123/1‑141 (MQ=255)
ttttACCAGCACCACTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTaa < 2:1120219/140‑1 (MQ=255)
aTTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCGTTTGTTTCTAACAAGCGGTTGTACCTCCTaa > 1:82166/1‑141 (MQ=255)
aTTTACCAGAACCATTCGTGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTAATGGTATCTATAAAGAAATGTTTTTAAGAACATAAAAAAAACAAAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTaa < 2:458525/141‑1 (MQ=255)
tttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTTTACCTCCTAAt > 1:906069/1‑141 (MQ=255)
tttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAAt < 2:1136571/141‑1 (MQ=255)
tttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAAt < 2:468440/141‑1 (MQ=255)
ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt > 1:1158851/1‑141 (MQ=255)
tACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTCTAACTCCTAATTa > 2:269054/1‑141 (MQ=255)
ccAGGACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTaaa < 2:298884/141‑1 (MQ=255)
cAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaaaa > 1:205919/1‑141 (MQ=255)
gCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGt < 1:340557/141‑1 (MQ=255)
cACCATTCGGGCCCATGATCCACTTTCTTGCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt > 1:880658/1‑141 (MQ=255)
aCCATTCGGGCCGATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACTTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACCTACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt > 1:617646/1‑141 (MQ=255)
ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa > 2:508559/1‑141 (MQ=255)
aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg < 1:931541/141‑1 (MQ=255)
ttCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGAACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAGTTAAAAGTTTAGGc > 1:856996/1‑141 (MQ=255)
tCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTAGCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt > 1:51151/1‑141 (MQ=255)
gggCCCATGATACCGATTAGTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGGACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATGCGTTTATACGTCCTAATTAACAGTTTAGGCTaa > 2:668057/1‑141 (MQ=255)
ggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc > 1:233126/1‑141 (MQ=255)
ggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc > 1:1119331/1‑141 (MQ=255)
gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 1:988515/141‑1 (MQ=255)
gCCCAGGATGCCGAGTAGTGCGGCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAAGGGTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:719381/141‑1 (MQ=255)
caaTGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta < 2:958328/139‑1 (MQ=255)
aTACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa > 1:1148843/1‑141 (MQ=255)
cAATTATTCCGCCGCGTACTGGTAGCGATAAGGAAATGTTTTTTCGTTCACGCGTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGt < 2:67897/141‑1 (MQ=255)
attattTCTGCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtat < 2:466988/141‑1 (MQ=255)
ttattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtata < 2:762722/141‑1 (MQ=255)
tattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGGTAACCTAATTAATTGTataa < 1:728584/141‑1 (MQ=255)
ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAtaataa > 2:1173504/1‑141 (MQ=255)
ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAtaataa > 2:1173635/1‑141 (MQ=255)
ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATAAGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAtaataa > 2:556635/1‑141 (MQ=255)
gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt < 2:446914/141‑1 (MQ=255)
ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg > 1:419250/1‑141 (MQ=255)
tACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAat < 2:419555/141‑1 (MQ=255)
aCTGGTTCCGATAAGTTAATTTTTTTAAGTACATGCTTATTACATTAAATCAGATTAAATTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCAAATCAAAGATTTAGACTAACCTAATTAATTGTATCATAAAGTGAGtata < 2:370751/141‑1 (MQ=255)
cTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAatat < 1:949030/141‑1 (MQ=255)
ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt > 1:451973/1‑141 (MQ=255)
ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt < 2:960743/141‑1 (MQ=255)
ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt > 1:333210/1‑141 (MQ=255)
ggTATCCATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGAAAAAAAAAAAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt < 2:960987/141‑1 (MQ=255)
tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTCCCTAAAAACAGATTTAAGTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGTTAACCTAATTAATTGTATGATCAACTGAGAATATTTAt < 1:668057/141‑1 (MQ=255)
aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATc < 2:1119331/141‑1 (MQ=255)
gATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATg < 2:687581/141‑1 (MQ=255)
aaGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCa < 2:291379/141‑1 (MQ=255)
ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAATACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTAATAATTAAAAGTTTATGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTTAAg < 2:877/141‑1 (MQ=255)
ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg < 1:35093/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTTTTGAAGTACATGCTTATTGCCTAAAAACAGATTTAAATTTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATGATAAACGGAGAATAATTATCATGGCAAGTa < 2:906069/141‑1 (MQ=255)
aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 2:880658/141‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATACACGGAGAATATTTATCATTTCAAGTaaa > 1:211348/1‑141 (MQ=255)
aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa < 2:1022251/141‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa > 2:1076169/1‑141 (MQ=255)
tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTCAGGATAACCTAATTAATTGTATACTAAACTGAGTATATGTATCAAGACAAGTAAAttatt > 2:1086535/1‑138 (MQ=255)
tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTGATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACGGGGAATATTTATCATTTCAAGTAATTTTGt > 2:719160/1‑141 (MQ=255)
tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGt > 1:394725/1‑141 (MQ=255)
tttAAGTACAGGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTGGt > 2:734325/1‑141 (MQ=255)
ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg < 1:703445/141‑1 (MQ=255)
aaGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGat < 2:222872/141‑1 (MQ=255)
tGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataatat < 1:906019/141‑1 (MQ=255)
tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:288890/1‑141 (MQ=255)
ttaCCTAAAAACGGAGTTACATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTTTAATAAACTGAAAATATTTATCATGTCAAGTAAATACGATAATTAATGTAGACaa > 2:437116/1‑141 (MQ=255)
ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACaa < 1:1076169/141‑1 (MQ=255)
ttaACTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGGGATATAATATAGACaa > 2:1036480/1‑141 (MQ=255)
ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgt > 2:762528/1‑141 (MQ=255)
cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAATCAATTCTTGATGTAATATAGACAattta > 1:268958/1‑141 (MQ=255)
cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGCAATGAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta > 1:285443/1‑141 (MQ=255)
aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatgt > 1:892869/1‑141 (MQ=255)
aaaCAGATTTAAATCTTTTGTTGCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAAAATGTAtgtg < 2:206916/141‑1 (MQ=255)
aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTGTAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGa > 2:940350/1‑141 (MQ=255)
aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGa > 2:977372/1‑141 (MQ=255)
aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGa > 1:107378/1‑141 (MQ=255)
aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAAAGTATgaga > 1:193307/1‑141 (MQ=255)
aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTCATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTAGTGATATAATATAGACAAAGGAtgtgg > 1:249966/1‑140 (MQ=255)
cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgg < 1:918845/141‑1 (MQ=255)
ttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAGTAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGaaa < 2:1199864/141‑1 (MQ=255)
ttAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGaaa < 2:419250/141‑1 (MQ=255)
aaaTCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGt > 2:584138/1‑141 (MQ=255)
aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTa > 2:17862/1‑141 (MQ=255)
aTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTAAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGAGGGGGGAAAGTAt > 1:611675/1‑141 (MQ=255)
tCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATCAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTACTTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATCCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg < 1:9619/141‑1 (MQ=255)
tCTTTTGGTTCTAACCAGCTTTTATAACTCCTAACTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg < 1:960990/141‑1 (MQ=255)
ttttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCATGATATAATATAGACAATGTATGTCAGGTGAAAGTATGTTAACt < 1:655757/140‑1 (MQ=255)
gTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGTGGTGAAAGTATGTTAACt > 2:921146/1‑141 (MQ=255)
gTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt > 1:1031223/1‑141 (MQ=255)
tttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTg > 1:1154831/1‑141 (MQ=255)
ttCTAGCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 2:501978/141‑1 (MQ=255)
ttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 2:767061/141‑1 (MQ=255)
ttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 2:501971/141‑1 (MQ=255)
tCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATTAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGCGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaa < 2:856996/141‑1 (MQ=255)
aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa < 1:833123/141‑1 (MQ=255)
|
TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA > USA300TCH1516_ALE/707773‑708045
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
