Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I1 R1
|
31 |
90.0 |
1985866 |
95.2% |
1890544 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
707,909 |
A→T |
M1M (TTG→ATG) † |
znuC_1 ← |
High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,909 | 0 | A | T | 99.0%
| 293.1
/ ‑3.8
| 95 | M1M (TTG→ATG) † | znuC_1 | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (56/38); total (57/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.84e-01 |
CTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA > USA300TCH1516_ALE/707772‑708045
|
cTTGATAAGGGGAGATTTACCAGCCCGATTGGAGCCCATGATACCAATTATTTCGGCGCGTACTGGTGTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGGACATGCTTATGACCTAAAACCAGATTGAAATCTTTTGTTTCTAGCATACg > 2:654244/1‑141 (MQ=255)
cTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACg > 2:731963/1‑141 (MQ=255)
gAAGATTTACCAGCACCAGTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctc < 2:304213/141‑1 (MQ=255)
aggtttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATAATTTCGACGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACGTAAAAAGAGTTTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctcct > 2:323045/4‑141 (MQ=255)
aGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAACAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctcct > 1:424438/1‑141 (MQ=255)
aTTTACCAGCACCACTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACGTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTaa > 2:677725/1‑141 (MQ=255)
ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCGTAAtt > 2:718124/1‑141 (MQ=255)
ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt > 1:193531/1‑141 (MQ=255)
ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt > 2:637823/1‑141 (MQ=255)
aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaa > 2:502704/1‑141 (MQ=255)
aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCGTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaa > 2:448638/1‑141 (MQ=255)
ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATCAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaaa > 1:641198/1‑141 (MQ=255)
ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATATGTTTATACCTCCTAATTaaa > 2:228451/1‑141 (MQ=255)
ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTACTTaaa > 2:371823/1‑141 (MQ=255)
cACCATTCGGGCCCAAGAGACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt < 1:942786/141‑1 (MQ=255)
ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa < 1:400438/141‑1 (MQ=255)
ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa < 1:400439/141‑1 (MQ=255)
aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTCATTAAAAGTTTAgg > 1:332155/1‑141 (MQ=255)
aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg > 1:709091/1‑141 (MQ=255)
aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg > 2:745516/1‑141 (MQ=255)
gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTGAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTGCTAATTAAAAGTTTCGGCTaa > 1:98865/1‑141 (MQ=255)
gggCCAATGATGACAGTTTTTTCGCTGGGTATTGGGAACGATAAGGGGATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTTCAAATCGATTTAAAGCTTTTGTTTCTAACTTACGTTTATACCTCCTTATTTAGAGTTTAGGCTac < 2:177674/141‑2 (MQ=255)
ggCCAATGATACCAATTACTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc < 1:367648/141‑1 (MQ=255)
gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:698891/141‑1 (MQ=255)
gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:266002/141‑1 (MQ=255)
gCCCATGATACCAATTATTTAGAAGAGTTGTTTTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATCCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc > 1:236369/1‑141 (MQ=255)
cccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt < 2:807109/141‑1 (MQ=255)
ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGTCTAACCta < 2:747129/141‑1 (MQ=255)
ccATGATACACGTCATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGCAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta < 2:433377/141‑1 (MQ=255)
gATACCAATTATTTCGCCGCGTACAGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatta > 1:630256/1‑141 (MQ=255)
aTACCAATTTTTACGCCGAGTACTCGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAGGTACAGGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAACCTTTTGTGTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa < 1:573072/141‑1 (MQ=255)
aTACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa < 1:26475/141‑1 (MQ=255)
tcAATTTTTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACGTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg < 2:217543/140‑1 (MQ=255)
tttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataata < 2:313600/141‑1 (MQ=255)
tttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAAGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGGTTCTAACATACGTTTATCCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTatgata < 2:768759/141‑1 (MQ=255)
ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAtaataa < 1:951791/141‑1 (MQ=255)
tCGCCGCGTACTGGTGTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACGTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAACTCATTAATTGTATATTaaa > 2:128899/1‑141 (MQ=255)
tCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa > 2:840786/1‑141 (MQ=255)
tCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTAACTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa > 1:84770/1‑141 (MQ=255)
cgccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTCGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAAc > 1:686951/1‑141 (MQ=255)
gccgcGTACGGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTCATTAATTGTATAATAAAcg > 2:245571/1‑140 (MQ=255)
ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACCTACGTTTATACCTCCTAATTCAAAGTTTAAGATAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 2:236246/141‑1 (MQ=255)
ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 2:84395/141‑1 (MQ=255)
ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 1:98396/141‑1 (MQ=255)
ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg > 1:9543/1‑141 (MQ=255)
gcgTACTGGTATCTATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgag < 1:238389/141‑1 (MQ=255)
gcgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTATCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTATGCTAACATAATTAATTGTATAATAAACtaaa > 2:514114/1‑138 (MQ=255)
tGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt < 2:98072/141‑1 (MQ=255)
ggTATCGATAAGGAAATGTTTTGAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTACTTAATTGTATAATAACCTGAGACTAtta > 2:838090/1‑140 (MQ=255)
ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg > 1:451833/1‑141 (MQ=255)
aTGTTTTTAAGTACATTCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa < 2:727913/141‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa > 2:685920/1‑141 (MQ=255)
aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTATATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa > 2:409007/1‑141 (MQ=255)
gTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAtt > 2:142862/1‑141 (MQ=255)
gTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATACTGTCAAGTAAAtt > 1:93783/1‑141 (MQ=255)
aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGata > 2:62639/1‑141 (MQ=255)
aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGata > 1:844158/1‑141 (MQ=255)
aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataa > 1:858581/1‑141 (MQ=255)
agtcTTATGACCTAAAACCAAAATTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataata < 2:399176/138‑1 (MQ=255)
ttattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGa > 1:6974/1‑141 (MQ=255)
tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:829565/1‑141 (MQ=255)
tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:859063/1‑141 (MQ=255)
tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:990784/1‑141 (MQ=255)
tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:440149/1‑141 (MQ=255)
attaCCTAAAAACAGATTTAGATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGAAAAATAAACTGAGAATATTTAGCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACa > 2:541527/1‑141 (MQ=255)
attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACATCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGCATATTTATCATGTCAAGTAAATACGAGATATAATATAGACa > 2:186616/1‑141 (MQ=255)
ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTAATATAATATAGACaa < 2:112804/141‑1 (MQ=255)
tcaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACaa < 2:121553/139‑1 (MQ=255)
taCCTAATAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAat < 2:278629/141‑1 (MQ=255)
aCCTAAAAAAAGATTTAAATCTTTTGTTCCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatg > 2:907826/1‑141 (MQ=255)
ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAGCGTGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgt < 2:406909/141‑1 (MQ=255)
aaaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatg < 2:976212/141‑1 (MQ=255)
cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATTATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGCCAATGTATGTGAgg < 1:539511/141‑1 (MQ=255)
cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgg < 1:691939/141‑1 (MQ=255)
aGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAggg > 2:909371/1‑140 (MQ=255)
gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTg > 1:64921/1‑141 (MQ=255)
gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCGAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTg > 2:904025/1‑141 (MQ=255)
tttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGCTATAATATAGACAATGTGTGTGAGGTGag > 1:117759/1‑140 (MQ=255)
tttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAGTGTGTGTGAGTTGaa > 1:630042/1‑141 (MQ=255)
ttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTACTTAAGTGTATAGTGAACCGACAATACAGCGCAGGACATGCAATTTCGTGATATAATATAGACAATGTGTGTGAGGGGaaa > 2:449820/1‑141 (MQ=255)
tAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTGATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATACTATAGACAATGTATGTGAGTTGAAAg > 1:598288/1‑141 (MQ=255)
tAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg < 2:709091/141‑1 (MQ=255)
aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTa > 1:255298/1‑141 (MQ=255)
aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAAAATGTATGTGAGGTGAAAGTa > 1:185665/1‑141 (MQ=255)
aaTCTTTTGATTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTa > 1:725598/1‑141 (MQ=255)
cTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGt < 2:193531/141‑1 (MQ=255)
cTTTTGTTTCGAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAAGATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGt < 2:108018/141‑1 (MQ=255)
tttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTg < 2:469375/141‑1 (MQ=255)
tCTAACATACTTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaa < 2:986116/141‑1 (MQ=255)
tCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGTTGAACGTATGTTAACTgaa < 1:644827/141‑1 (MQ=255)
tAACATACGTTTCTACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTCTGTGAGGTGCAAGTATGTTAACTgaaga > 1:199953/1‑141 (MQ=255)
tAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCCAGTAAATTCGTGATATACTATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTCAATgaaga > 2:85007/1‑141 (MQ=255)
tAACATACGTTTATACCTCCGAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga > 1:602285/1‑141 (MQ=255)
tAACATACGTTTAGACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTGATTGTATAATAAACGGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATGCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga < 1:943876/141‑1 (MQ=255)
aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa > 2:312029/1‑141 (MQ=255)
|
CTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA > USA300TCH1516_ALE/707772‑708045
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
