Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F58 I1 R1
|
20 |
133.9 |
3041128 |
64.0% |
1946321 |
150.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
584,121 |
G→T |
intergenic (+205/‑67) |
rplA → / → rplJ |
50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | 0 | G | T | 97.2%
| 231.6
/ ‑1.0
| 72 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (49/21); total (50/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 |
ATTGACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTCAACAGTA > USA300TCH1516_ALE/583973‑584265
|
atTGACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTg > 2:83513/1‑151 (MQ=255)
tGACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTggg > 1:601644/1‑151 (MQ=255)
gACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGt < 2:642298/151‑1 (MQ=255)
cAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACGTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGTCTATAATTGACTTTAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTCCTTGGGTAg > 4:261070/1‑151 (MQ=255)
aTAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGaa > 4:207592/1‑151 (MQ=255)
aGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGt < 2:965124/151‑1 (MQ=255)
aGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGAAGGATTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGTCGAGGCTAAAATTGACATAAACGTGATAATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTACCTTGGGTAGAAAGt > 4:57419/1‑151 (MQ=255)
aaTTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCt < 2:432115/151‑1 (MQ=255)
tttCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCttt > 3:77805/1‑151 (MQ=255)
tataTTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTaa > 1:815794/1‑151 (MQ=255)
tACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTa > 2:23877/1‑151 (MQ=255)
aTTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTaaaaaa > 4:87185/1‑151 (MQ=255)
aTTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTaaaaaa > 4:87134/1‑151 (MQ=255)
aTTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTaaaaaa > 1:993432/1‑151 (MQ=255)
gtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTAGAACTTAAAATTTTGCCTGCCTAGGCTAAAATTTACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAGGGGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGc > 2:635927/1‑151 (MQ=255)
ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTA‑AAATTAATAAAAAAAGCActttctac < 1:468520/151‑8 (MQ=38)
tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAAtt > 3:77292/1‑151 (MQ=255)
aCCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAAttt > 1:751415/1‑151 (MQ=255)
cTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaa > 4:49124/1‑151 (MQ=255)
tAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaaa > 3:288048/1‑151 (MQ=255)
aGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGAAAAAAAAATTTAAATg < 4:127016/151‑1 (MQ=255)
aGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAgg < 1:302345/151‑1 (MQ=255)
gTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAATCATCAATTATTTAAATGGAGGTGTCTGa > 2:466054/1‑151 (MQ=255)
tatttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTGCTTTTTTTATTCATT‑TTAATAAATGCACCAAAAATTTAAATGGTGGTGTCTGCAt > 2:211796/1‑151 (MQ=255)
tatttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAAt > 1:853071/1‑151 (MQ=255)
tttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGt > 2:613999/1‑151 (MQ=255)
taACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTCTTTTTTTTTAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAATAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGCCTGTCTGc > 2:394297/1‑151 (MQ=255)
aCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTa > 2:217920/1‑151 (MQ=255)
cTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTAt > 2:710087/1‑151 (MQ=255)
ttAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATc < 4:77805/151‑1 (MQ=255)
ttAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATc > 4:454208/1‑151 (MQ=255)
ttAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATc < 1:905288/151‑1 (MQ=255)
aaaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCAtt < 1:23877/151‑1 (MQ=255)
aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTGGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTACAAAAAGCACCAAAAATTCAAATTGAGGGGTCTGAATGTCTGCTATCAttt > 2:621747/1‑150 (MQ=255)
aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGTAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTg > 2:344821/1‑151 (MQ=255)
aTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGa > 1:353050/1‑151 (MQ=255)
tttATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGaa > 2:380343/1‑151 (MQ=255)
ttATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAg > 3:210194/1‑151 (MQ=255)
tGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑aaaa > 2:585815/1‑151 (MQ=255)
gCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTTTTTTTT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGTAGTTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑aaaaa > 2:363101/1‑151 (MQ=255)
cGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAaac > 3:78098/1‑151 (MQ=255)
gAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAaaca < 2:993432/151‑1 (MQ=255)
gAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAaaca < 3:87134/151‑1 (MQ=255)
gAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAaaca < 3:87185/151‑1 (MQ=255)
ggCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAaacaac < 2:663756/151‑1 (MQ=255)
ggCTAAAATGGAATTGAACGTGATGATATATGATCTTTCAAGCAATTTTTGCATTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAATTGGAGGTGTCTGATTTTCTTCTATCATTAAAGCT‑AAAAaacaac < 2:96465/151‑1 (MQ=255)
cTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAAACAACt > 1:212863/1‑151 (MQ=255)
tAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAg > 1:868162/1‑151 (MQ=255)
gACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAATAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTtgatga < 3:48710/151‑1 (MQ=255)
cTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGaaa > 1:613158/1‑151 (MQ=255)
aaCGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGc < 2:650608/151‑1 (MQ=255)
aCGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTTTTTTGTTTGAAAGAGCGTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGTAGTCTGAATGTCTGCTATAATTGAAGTT‑AAAAAACAACTAGTTGTTGTAATTGCt > 4:139192/1‑151 (MQ=255)
aCGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTTTTTTTT‑TTTAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGTAGTTTTCTGGATGTCTGCTCTCATTGTTGCT‑CTAACACAATTAGTTGATGAAATTGCt > 4:235636/1‑151 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTTATT‑TTAAAAAAAGCACAAAAAATATAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAg > 4:395522/1‑151 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAg < 3:257171/151‑1 (MQ=255)
gatctatgatctTTCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTCCTGAGGTAc > 4:173598/1‑151 (MQ=255)
ctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTATTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACAAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAAATAGATGATGAAATTGCTGAGGTACTAt > 1:496676/1‑151 (MQ=255)
tatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATc > 1:608753/1‑151 (MQ=255)
tgatctTTCAAGCACTTTTTGCTTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTTTTTATT‑TTTAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTTAATGTCTGCTATCATTTAAGCT‑AAAAATCAACTATTTGTTGAAATTGCTTAGGTACTATCaa > 4:176236/1‑151 (MQ=255)
gatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCaaaaa < 1:1020356/70‑1 (MQ=255)
gatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCaaaaa > 2:1020356/1‑70 (MQ=255)
atctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAAt < 3:280849/151‑1 (MQ=255)
tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTATTT‑TTATAAAAAGCACTAAAATTTTAAATTGTGGTGTTTGAATGTCTGCTATCATTTAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATTAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCa > 2:282695/1‑151 (MQ=255)
tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGc < 2:208630/132‑1 (MQ=255)
tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGc > 1:208630/1‑132 (MQ=255)
tCAAGCACTTGTGGCCTTTGGTAGAAAGTGCTTTTTTTGTTGATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGATGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGATGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGATACTATCAAATTCaat > 4:86112/1‑149 (MQ=255)
cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 1:393810/1‑151 (MQ=255)
cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt < 2:815794/151‑1 (MQ=255)
aaGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑CTAAAAAAAGCACCAAAAATTTCACTGTAGGTGTCTGAATCTCTGCTATCATTCAAGCT‑AAAAACCAACTACTTGATGAAATTGCTCAGGTACTATCAACTTCAGttt > 4:339499/1‑151 (MQ=255)
aGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTc > 1:746255/1‑151 (MQ=255)
aCTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTCAAc > 1:889380/1‑151 (MQ=255)
tttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTCAACAGTa < 1:411156/151‑1 (MQ=255)
|
ATTGACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTCAACAGTA > USA300TCH1516_ALE/583973‑584265
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
