Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F58 I0 R1
|
46 |
56.2 |
1222162 |
96.0% |
1173275 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
584,121 |
G→T |
76.8% |
intergenic (+205/‑67) |
rplA → / → rplJ |
50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | 0 | G | T | 76.8%
| 94.3
/ 34.0
| 60 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base T (22/24); total (29/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.42e-01 |
AAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTT > USA300TCH1516_ALE/583982‑584256
|
aaGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGt < 2:525482/141‑1 (MQ=255)
aaGTAATTTCCAAGTTATATTACGTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGt < 2:13027/141‑1 (MQ=255)
gTAATTTCTAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTgg < 1:182752/141‑1 (MQ=255)
ttCCAAGTTTTATTTCTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGa < 2:256261/141‑1 (MQ=255)
ttCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGa < 2:520260/141‑1 (MQ=255)
tCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGaa > 2:335975/1‑141 (MQ=255)
ccAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGAAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGaaa > 2:155614/1‑141 (MQ=255)
cAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAg < 2:184958/141‑1 (MQ=255)
gTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGc > 1:99504/1‑141 (MQ=255)
gTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGc > 1:328445/1‑141 (MQ=255)
tataTTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGCTGCTGTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCt‑t > 1:568342/1‑141 (MQ=255)
atatTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTCGGTAGAAAGTGCtct < 2:559250/141‑3 (MQ=255)
ttGTGATTATTTTACCTAAGCCAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTTCCGAGGCTAAAATTGACTTGCACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAAt < 1:1671/141‑1 (MQ=255)
ttGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAAt < 1:503715/141‑1 (MQ=255)
ttGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAAt < 1:1655/141‑1 (MQ=255)
ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATTATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAg < 2:589690/141‑1 (MQ=255)
ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAg > 1:461521/1‑141 (MQ=255)
ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAg > 1:411319/1‑141 (MQ=255)
tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGc > 1:96787/1‑141 (MQ=255)
tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTACT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGc > 1:350734/1‑141 (MQ=255)
aGGAGTTATTTATAACCTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaa > 1:304174/1‑141 (MQ=255)
ggAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaaa < 1:375747/141‑1 (MQ=255)
ggAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaaa > 1:358903/1‑141 (MQ=255)
aGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTACTTTTAAAAAAGGCACCAAAAATTTAAATg > 1:44494/1‑141 (MQ=255)
tataACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGgtgt < 1:392944/141‑1 (MQ=255)
ataACTTAAAATTTCTCCTGCCGAGGCTAAAATCGTCCTGAACGTGTTCAACTATGATCTTTCAAGGACAGGTATGCTG‑GTCTCG‑AGTTGTTCTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTc < 1:143565/141‑1 (MQ=255)
taACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCt < 1:520076/141‑1 (MQ=255)
aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACCTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCt < 1:424269/141‑1 (MQ=255)
aTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCAATGATCTTTCCAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAACGCT‑TTTTTTATTAATGTTAAAAAAATCACGAAAAATATAAATGGCGGGGTCTGAATGTCTg > 2:198917/1‑141 (MQ=255)
aTCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTAt > 1:513557/1‑141 (MQ=255)
aTCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTAt > 1:432382/1‑141 (MQ=255)
ccTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGAACTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTAAAAAATAAAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCa < 1:89074/141‑1 (MQ=255)
tGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCAtt > 2:26514/1‑141 (MQ=255)
ccGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAACGCAAAAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGa > 1:567989/1‑141 (MQ=255)
cggggCTTAAATTCTCGTGAACGCGTTGATCTATGGTCGTCCAAGGAG‑TTTGTGCCTGTTGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATGTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGaa < 2:419974/138‑1 (MQ=255)
cGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGAGCTATGATCTTTCAATCAC‑ATTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTGATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGaa < 2:96371/141‑1 (MQ=255)
aGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGc > 1:431516/1‑141 (MQ=255)
cTAAAATTGACTTGAACGTGCTGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTaa > 1:371270/1‑141 (MQ=255)
cTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCGTGATGTCTGCTATCGTTGAAGCTaa > 1:77025/1‑141 (MQ=255)
aaaaTTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTaaaa < 2:411319/141‑1 (MQ=255)
gACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTTTTTTTTTTATAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAATAAAGCACCAAAAATTTAAATGGCGGTGTCTGTATGTCTGATATCAATGAAGCTAAAAaacaac > 2:472586/1‑141 (MQ=255)
tGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGt < 1:565681/141‑1 (MQ=255)
tGAACGTGATGATCCATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGt < 1:565682/141‑1 (MQ=255)
gAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTACATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAGAAAACAACTAGtg > 1:57009/1‑140 (MQ=255)
cGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGATAAAAAACAACTAGTtgat < 2:234076/141‑1 (MQ=255)
gTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatg > 2:604236/1‑141 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAACAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatga < 1:491685/141‑1 (MQ=255)
tatgatctatgatctTTTACGGGT‑GTAGTGTCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGGTGaa < 2:426804/140‑1 (MQ=255)
gatgatCTATGATCTTTGAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAATTTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGaa < 1:235736/141‑1 (MQ=255)
atgatctatgatctTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGaaa > 2:497581/1‑141 (MQ=255)
tatgatctTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGAAACAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTg > 2:217955/1‑141 (MQ=255)
atctTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGt < 1:335975/141‑1 (MQ=255)
atctTTCAAGCAC‑TGTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAACTTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCGATCATGGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGt < 1:360098/141‑1 (MQ=255)
aaGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCa < 1:364752/141‑1 (MQ=255)
aaGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTTTTATTTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCACTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTCTCa > 2:230652/1‑141 (MQ=255)
aGCAC‑TTTTTGCCTTTGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaa < 1:15666/141‑1 (MQ=255)
aGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaa < 1:540996/141‑1 (MQ=255)
c‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTTTTTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTc > 2:470571/1‑141 (MQ=255)
ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGTTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCTGtt > 1:321087/1‑141 (MQ=255)
ttGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATTGAGATGGCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAACAACACGTAGTTGTTTAAACTGCTGAGGTACGATCTAAtttattt > 2:103668/1‑136 (MQ=255)
|
AAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTT > USA300TCH1516_ALE/583982‑584256
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
