Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
98 |
90.7 |
2214160 |
82.3% |
1822253 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,876,559 |
G→T |
19.2% |
intergenic (‑230/‑22) |
cysD ← / → iap |
sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,876,559 | 0 | G | T | 19.2%
| 223.8
/ 7.7
| 94 | intergenic (‑230/‑22) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/61); new base T (18/2); total (31/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.25e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGCACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTAT > NC_000913/2876323‑2876790
|
tattcttAACCCTTCCTTTTCAATACCGTTTTTTTCATGGCATCATATGTTTCGACTATAGAGAGCCTAAGAGAACGAATGAAAATTCCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGTGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGACAGTTTCATAATATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:474834/233‑1 (MQ=255)
taTCCTTAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTGCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:316086/238‑1 (MQ=255)
ggtCCATAACCTTTCCGTTGCAATCCCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTCCGACTATATGGGGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCTAAAAGTTCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:321786/237‑1 (MQ=255)
gaaccATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:734804/236‑1 (MQ=255)
gaaccATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:2335/236‑1 (MQ=255)
gATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:290295/239‑1 (MQ=255)
gATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTGGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:133052/239‑1 (MQ=255)
gATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATGTTCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:131071/239‑1 (MQ=255)
aTCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCTCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑At < 2:461828/239‑1 (MQ=255)
tCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATg > 1:228185/1‑239 (MQ=255)
tCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑At < 1:829310/238‑1 (MQ=255)
tCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTGC‑TTg > 1:626295/1‑239 (MQ=255)
tCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTCAAGGCACAGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGACATTGTCTTACCCCAACGGCAGTTTCACACTATGGC‑GGCTAAAAAATTTgtacg > 1:474834/1‑235 (MQ=255)
ccATAACCGTTCCTTTGAAATACCGGTATTTTCGTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATgg < 2:669189/239‑1 (MQ=255)
tAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGG‑GGGAAAAAAAATTTC‑AAGGGAt > 2:256941/1‑239 (MQ=255)
tAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTTC‑ATGGGAt > 1:827295/1‑239 (MQ=255)
gTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGTATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAg < 2:43002/239‑1 (MQ=255)
ttCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAATCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAACATTTGAAATGGTTTTACCCAAGGGACGGTTTTAAAATTATGC‑GGTCAAAAAAATTAT‑ATGGGATTTAAgg > 2:326913/1‑239 (MQ=255)
ttCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCCGTTTCATACTATGGCGGGTAAAAAAATTT‑C‑ACGGTGTTTTAgg > 1:149373/1‑239 (MQ=255)
ttCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGGTAAAAAAATTTTC‑A‑GGTATTTTAga > 2:829310/1‑238 (MQ=255)
ttCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTACCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTTA‑ATGGACTTTAAgg > 1:803216/1‑239 (MQ=255)
ttCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAACGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTTT‑ATTGTAttttaag > 2:1030434/1‑235 (MQ=255)
ttCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGAAAAGCTAATATCAAAAAGGGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTCGGCAGATTTGAAATTGTTTTAAGGCAGCGGAAGTTTCATACTATGGG‑GGGCAAAAAAAATGCAAGGGTATTTaaa > 2:394212/1‑238 (MQ=255)
gttcTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGGTGTTTCGATTATAGGGGACGTAAGAAAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAgg < 2:394396/236‑1 (MQ=255)
ttcTTTTCAATTCCCGTATTTTTTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGGTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGa < 2:431932/237‑1 (MQ=255)
tCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAgg < 1:549872/238‑1 (MQ=255)
ccTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTGAAAAAAATTTC‑ATGGGATTTTAggg > 1:814389/1‑237 (MQ=255)
ccTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATGGTATTTTAGGa > 1:520983/1‑238 (MQ=255)
gCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACt < 1:326047/239‑1 (MQ=255)
gCAATACCGCTATTTTCTTGCCAACAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACt < 1:751405/239‑1 (MQ=255)
aaTACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTa < 1:712831/227‑1 (MQ=255)
cTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATGGTATTTTAGGGCTTCATATGTGTTc > 1:630634/1‑238 (MQ=255)
ttttCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGGATTTTAGGAATCCCCATGtttttcc > 1:1075675/1‑234 (MQ=255)
gCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑CTGGGATTTAAGGAATCACCAAGtttttcccctttccc > 1:730369/1‑227 (MQ=255)
gCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:114009/201‑1 (MQ=255)
gCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a > 1:114009/1‑201 (MQ=255)
tCAGGTTTTTCGACTATGGGGAGCGTAAGAGAAAGAAGGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTCTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCg < 2:395935/239‑1 (MQ=255)
tCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCg < 1:45485/239‑1 (MQ=255)
cTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:430438/184‑1 (MQ=255)
cTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:102167/184‑1 (MQ=255)
taGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCCTTTTGCCACCGTACCGCTGCCCC‑Ggc > 1:1073547/1‑238 (MQ=255)
aGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑Ggcgc < 1:856526/239‑1 (MQ=255)
gaggatAAGAAAACGAATGAAATTACCAATTAAAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCt < 2:987859/232‑1 (MQ=255)
cGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATTGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATCGGATTTAATGCCCCACTAATGTTTCCTCCTTTCGCCCCCCTACCGCCGCCCC‑TCCACTCGGCg > 1:955351/1‑239 (MQ=255)
cGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTTAAAAAATTTTC‑ATGGTATTTAAGGAGTCACTATGTTTTTCGCCTTGCGCCCCCCGACCGCGTCCCC‑GGGGCCCGGCg > 1:622911/1‑239 (MQ=255)
cGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGT‑ATGGGATTTAAAGGCTCCCTATGTTTTTCGCCTTGCGCCCCCGTACCGCCGCCCT‑GGCGCTCGGCg > 1:625590/1‑239 (MQ=255)
cGTAAAAGAACCAATGGAATTCCCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGc < 2:626295/238‑1 (MQ=255)
ttagagAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGGTTTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTGTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGCC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGCGt < 2:912800/236‑1 (MQ=255)
tAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTTGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGCGt < 1:567995/238‑1 (MQ=255)
tAAAAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCCAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGAGTTCGGGCGTTTAGGAAGATGTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGCGt < 2:768804/238‑1 (MQ=255)
aaaagaACGAATGAAATTACCAATTTGAATGAGAATTTCCGTAACGGAATAAAGATTTGGTAAAGCTAATAGCAAAAATTGCTTAAGGAACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGTAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCGCTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGCGTAt < 2:784241/236‑1 (MQ=255)
aaCGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGAc < 2:457246/180‑1 (MQ=255)
aaCGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGAATTTAAGGAc > 1:457246/1‑180 (MQ=255)
cGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑a > 2:586108/1‑164 (MQ=255)
cGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:586108/164‑1 (MQ=255)
cGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑At > 1:730096/1‑165 (MQ=255)
cGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑At < 2:730096/165‑1 (MQ=255)
cGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTGC‑ATGGGATTTAAGGACTCACTATGTTTTTCGCATTGGGCCACCGTACCGCTGCCCTGGGCGC‑CGGCGGATGCttttt > 1:160366/1‑237 (MQ=255)
agAATTAAATTACCAATTAGAATGAGTGGTTCCTTAAGGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGCGTATGCTTTAt < 2:886920/238‑1 (MQ=255)
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aaaaTTTGC‑ATGGTATTTAAGGAACCGCGTTGTTTGCCGACATGCCCCCCCGGCCCGCTGCCCG‑GGAGTGCCGCGTATGGTGTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGCACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATACGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTAt < 2:149373/239‑1 (MQ=255)
|
GATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGCACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTAT > NC_000913/2876323‑2876790
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
