Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
177 |
96.4 |
2178490 |
87.4% |
1904000 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,876,559 |
G→T |
20.5% |
intergenic (‑230/‑22) |
cysD ← / → iap |
sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,876,559 | 0 | G | T | 20.5%
| 163.2
/ 4.2
| 70 | intergenic (‑230/‑22) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/41); new base T (14/2); total (27/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTATCGCAGT > NC_000913/2876322‑2876796
|
tGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGGCATCAGAAGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGc < 1:320082/239‑1 (MQ=255)
tGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGc < 1:879711/239‑1 (MQ=255)
tatcccataCCCTTCCTTTGGAATTCCCCTTATTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGTGCGTAAGAGAAAGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTCCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTGC‑a < 2:1027369/231‑1 (MQ=255)
taTCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:1079632/238‑1 (MQ=255)
gATCCATAACCGTTCCTTTGCAATTCCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:239489/239‑1 (MQ=255)
gATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:302078/239‑1 (MQ=255)
aTCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTGTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACAAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑At < 1:401126/239‑1 (MQ=255)
tCCATAACCGTTCCTTTGCAATGCCGCTTTTTTCTTGGCAACAGATGTTTCGACTATAGGGGGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATg < 2:152663/239‑1 (MQ=255)
tCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGTCGTTTAGGAAAATTTGAAATTGTTTTAGGGCAGCGGCAGGTTCAAACTATGGG‑GGTAAAAAAAAATGC‑agg > 2:401126/1‑237 (MQ=255)
tCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATg > 1:131087/1‑239 (MQ=255)
ccATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATgg < 2:131087/239‑1 (MQ=255)
tAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGGCTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:299029/233‑1 (MQ=255)
tAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGTGAGCGTAAGAGAACAAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCCGTTTCATACTATGGC‑GGGAAAAAAAATTTT‑ATggaaa > 2:434135/1‑236 (MQ=255)
tAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑a > 1:299029/1‑233 (MQ=255)
ttCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAGATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGGAAAAAAAATTTTC‑AGGGATTTTAAg > 2:407566/1‑239 (MQ=255)
ttCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGGAAAAAAAATTTTT‑AGGGTATTTaga > 2:580272/1‑237 (MQ=255)
tCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGGGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGAAGTGGCGGTTTAATATTATCGG‑GGTTAAAAAAATTGT‑ATggggttttagaa > 2:635290/1‑229 (MQ=255)
tGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGGAAAAACAATTTC‑AGGGAAttttgggggtc > 1:323547/1‑229 (MQ=255)
gCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAACAAAATTTTC‑ATGGGTTTTAAGGACC‑CA‑CCTTGtttt > 1:351503/1‑238 (MQ=255)
cTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTGC‑ATGGGATTTAATGTGT‑CA‑CTATGTGTTct > 1:290206/1‑238 (MQ=255)
tcctGCCAATAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTg < 1:407566/236‑1 (MQ=255)
tCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTg < 1:770629/239‑1 (MQ=255)
gCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a > 1:280623/1‑201 (MQ=255)
gCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:280623/201‑1 (MQ=255)
atgaagtGTTTCGACTTGAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCAcc < 1:717300/233‑1 (MQ=255)
aTCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAACTTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGGAAAAAAAATTGC‑ATGGGATTTAAGGACT‑CC‑CCTTGTTTTTCGCA‑TTGGGCCAc > 1:151044/1‑238 (MQ=255)
ttCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTg < 1:531395/239‑1 (MQ=255)
gAGGGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCt < 1:434135/237‑1 (MQ=255)
cGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTTAAAAAAATTTC‑ATGGGATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTTCGCA‑TTTGGCCACCCCACCCCTCCCCCGGGGCCCgcgg > 2:214100/1‑236 (MQ=255)
cGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTGC‑ATGGGATTTTAGGACT‑TC‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCCCCGTACCCCTGCCCTGgccgccggcg > 1:204685/1‑231 (MQ=255)
cGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGGAAAAAAATTTTCAATGGT‑TTTAAAGAGA‑CA‑CTATGGTTTCCGCA‑TTTTGCCACCGTGCCCCTGCTCTGGCGCTCggag > 1:1036374/1‑237 (MQ=255)
gTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATGGGTTTTTAGGAAC‑AA‑CTATTTTTTCCCCACTTGC‑CCCCCCTTCCGGTTCCCTGCCGCTctctgt > 1:366388/1‑234 (MQ=255)
tAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGt < 1:739030/238‑1 (MQ=255)
tAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGt < 1:279952/238‑1 (MQ=255)
tAAGAGAACAAATGAAATTCCCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGt < 1:467878/238‑1 (MQ=255)
cGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTT‑ATGGGATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTTCGCA‑TTTGCCCACCCTACCCCTGCCCTGGCGCCCGGGGT‑TGGCttttt > 1:297289/1‑237 (MQ=255)
cGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTTCGCC‑TTGCGACACCGTACCGCTGCCCTGGGGCCCGGCGT‑ATGGttttt > 1:1061269/1‑237 (MQ=255)
cGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTTCCCA‑TTTCGCCACCGTACCCCTGCCCTGGGGCCCGCCGG‑TTGCTTTAt > 1:1016333/1‑239 (MQ=255)
aCCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTGC‑ATGGGATTTAAGAGCC‑CA‑CTTTGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCCTACCGCTGCACTTGCGGCCTGCGT‑CTGGTTTGTTTTCCCCCTa > 1:808818/1‑238 (MQ=255)
ccAATTAAAATTGTTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTGAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTaca < 2:808818/239‑1 (MQ=255)
cAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTacac < 2:263377/239‑1 (MQ=255)
ttAGAATGAGCAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGAAAGATTTGAAATTGTTTTACAGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGGTCAAAAACTTTG‑‑ATGGTCTTTTAGGAAC‑CACCTATTTTTGCGACA‑GTGGCCCACC‑AACCGCCGCCCCTGCGCCCCGCGTGGTGCTTTATTccccccaccccac > 2:597701/1‑231 (MQ=255)
aTGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCg < 1:706719/237‑1 (MQ=255)
tagtTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTTC‑ATGGTATTTCAGGAGT‑CC‑ATATGTTTTCTGCA‑ATGCGGCCCCGTAACGCTTCCCTGGGCCCCGGCCT‑TGTCTTTATTTTCCCCCTCCAccccccccccccac > 2:30152/1‑229 (MQ=255)
ttCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGGATTTAAGGACT‑CC‑CTATGTTTTTCGCA‑TTTGGCCACCGTACCGCTGCCCTGGGGCTCGGGGT‑ATGCTTTTTTTTCCCCCTAAACGCCTCGGCAccccaa > 1:232661/1‑234 (MQ=255)
tCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATg < 1:1002367/136‑1 (MQ=255)
ttGGCAAAGTTAAATTCAAAAAGTTCTTAAGGCCCCGGATTTCGGGCTTTTAGGAAAATTTGAAATTGTTTTAGCGGGACGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTCCCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACt < 2:522653/239‑1 (MQ=255)
ttGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCCCCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACt < 1:233499/239‑1 (MQ=255)
tGGAAAAGGTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTCCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTc < 1:214100/239‑1 (MQ=255)
aaGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑a < 1:580272/239‑1 (MQ=255)
cTAAAAGCAAAAAGGGCGTAAGGCCACGGATGTCGGGCGTTAAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGGAGCGGCAGTTTCATACTAGGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTGAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTACTAATACTc < 1:370393/231‑1 (MQ=255)
aaTATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACa < 1:380493/239‑1 (MQ=255)
tatCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTTCGCA‑TTTCGCCACCCTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGG‑ATGCTTTTTTTTTCCCGTACACGCCTCGTCACCCAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑CCGCCata > 1:849853/1‑239 (MQ=255)
tGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTa < 1:200562/193‑1 (MQ=255)
aCCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTTC‑ATGGGATTTAAGGGAT‑CA‑CTATTTTTTTCGCC‑TTTCGCCACCGTACCCCTTGCCCGGCCCTCGGCCT‑ATGCTTTTTTTTCCCCCCACCCCCCCCCTCCACTCAACCCGGCGGTTTTTGTAAATCACAGGCAACGACAATTTTCCCCTTTTTTTCCggg > 2:950173/1‑239 (MQ=255)
cGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCCAAACCCGGCGATTTTGCTAATTCTCAGGC‑ACGACATATTTCCACTTTCTTTCCTGGAc > 1:82389/1‑238 (MQ=255)
tCGGGCTTTTAGGAAGATTTGAAATTGGTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTGAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGAc < 1:1064868/239‑1 (MQ=255)
ttAGGAAGGTTTGAATTTGTTTTTCTCCAGCGGAAGTTTCATTCTAGGCC‑AGTAAAAAAATTTTC‑CTCGTATCTAAGGACT‑CA‑CTACGTTTTCCCCA‑TGGCCCAACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCTTACACGCCTCGTCTCCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTc < 2:150675/239‑1 (MQ=255)
ttAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTc < 1:558572/239‑1 (MQ=255)
ggAAGTTTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGGAGTTTCATACTAGGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTg < 1:255390/239‑1 (MQ=255)
agttttGAATTTGTTTTAGCGCATGGGCCGTTTCATGTTATGGC‑GTAAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCa < 2:1005384/235‑1 (MQ=255)
aGATTTTAAATTGTTTGAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATGTGC‑ATGTTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCa < 1:491863/238‑1 (MQ=255)
ttttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑a < 1:727776/177‑1 (MQ=255)
ttctttttttGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACC‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCCCCCCCGTCCCGCTGCCCTGGCGCCCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCa < 2:849853/227‑1 (MQ=255)
gC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑GA‑CTATGGTTTCCGAA‑TTGCGCCCCCGATCCGCTGCCCTGGCGCTAGGCGT‑AAGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTTCTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCaaa < 1:94520/239‑1 (MQ=255)
c‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACC‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCaaa < 1:252318/238‑1 (MQ=255)
gggtaaaaaaTTTTC‑ATGGTTTTTAAGGGCTCCA‑CTTTTTTTTCCGCT‑TGGCGCCACCGTCCCGTTCCCCTGCCGTCCGGGTT‑ATGCTTTTTTCCCCCGGTACACGCCTCGTCACCGAACCCTGGCGATTTTCATAATACACAGGC‑ACGAAATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACCCCTGCAGAAATGTTATCTCCCGATTATATCCGCCAACAGTTGCAGaaaa < 2:351503/234‑1 (MQ=255)
aattttGC‑CTTGTATTTAAGGACT‑CC‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCCCCCCCGTACCTGTGCCCGGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTATc < 2:290206/236‑1 (MQ=255)
attttGC‑ATGGTTTTTAGGGTCT‑CC‑CTTTGTTTTCCGCA‑TTGCCCCCCCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGTTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTATCg < 2:232661/237‑1 (MQ=255)
tGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCCGCAAATGGGGTaaccaagg > 2:897739/1‑232 (MQ=255)
|
TGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTATCGCAGT > NC_000913/2876322‑2876796
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
