Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F17 I0 R1
|
79 |
154.6 |
3079696 |
97.7% |
3008862 |
226.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,151,689 |
G→T |
31.7% |
intergenic (+43/+22) |
yegJ → / ← yegK |
uncharacterized protein/ser/thr phosphatase‑related protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,151,689 | 0 | G | T | 31.7%
| 39.7
/ 11.0
| 49 | intergenic (+43/+22) | yegJ/yegK | uncharacterized protein/ser/thr phosphatase‑related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/13); new base T (9/7); total (29/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 |
TATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTA > NC_000913/2151475‑2151921
|
tATTGTTAAAAACGGAGAATAGGGCAGGGAGTGAAAAAAAAAGAAAAAAGATATTTCAGTCTGGATTTATACGGGGGGGAAAAAAATTTG‑CGGTGTTTATACCATTGATCTTTTATTGGT‑CACTTATCAAAAAAAAGAAGCCGACGAGAAAAGAGAAAAATTGGTTCGCTAACCCGCCTTTATATTTATTGTTAAAACGGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAactc < 2:939130/238‑1 (MQ=255)
aTTGTTACAAACGTAGAATATGGCGAGGAGGGAAAAAAAAAAAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGAATAAAATTTA‑CGGCGGTTATCCCTTTGATCTTTTATTGGT‑CACCTATCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGTTAACCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACGGGC‑GGTTG‑AATTGTTTTTTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAactcac < 1:842872/239‑1 (MQ=255)
atatGGCCGGGGGTGAAAAAAAAAAAAAGAAGATATTCCAGACTGGATTTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGGGGTTATACAATTAATCTTTTATTGGT‑CACCTACCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGAAAAATTAGTTCCTTAATCAGCCTTTATATTTATTGTTAAACCGGGC‑GGTTA‑AATTTTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGcc < 1:1370609/237‑1 (MQ=255)
tGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGCGGTTATACCATTTATCCTTTTTTTGT‑CACCTATTCAAAAAAAGAAGACGACGAGCTAAGAGCAAAAATAGTTTGCTTATTAGACGTTATATTTATTTTTTAAAATAGC‑GGGTGTATTTTTTTTTTTTAA‑CACCCTTGAAAAAACACACTTTCCCCACAGCCCCAg > 1:404175/1‑238 (MQ=255)
cAGGAGTGGAAAAAAAAAAAGAAAGTTTTTTCAGCCGGGATGTATCCGCG‑GGGGAAAAAATTTACCGGGTGTTATCCCATTGTTCCTTTATGGGT‑CCCCTACCAAAAAGAAGAACCCAACGAGTTAAGAGAAAAATTGTTCCGCTAATAAGCGTTTATTTTTATTGTTTAAACGGGG‑GGTTA‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCaa < 1:501181/238‑1 (MQ=255)
aGTGGAAAAAAAAGAAAAAAGATTTTACACTCTGTATGTATACGCGGTGGAAAAAATTTTA‑CGGGGTTTATCCCATTGAT‑CTTTTTTGGTCCCCCTATCAAAAAAAAGAGGCCCGGGAGCAAAGAAAAAAATTTTTTCGTAAACCACCCTTTATATTTTTTTTTTAAACGGGG‑GGTGA‑AATTGTTTTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGtt < 2:1073912/238‑1 (MQ=255)
ttCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCtt < 1:797680/165‑1 (MQ=255)
gttGTATACGCGGGGGGAAAAAATTTC‑CGGGGTTTACACTGTTGATCTTTTTTGGGT‑AACATATCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGTAAAAATAAAAATTATTTCCATAAACATCTTTTATATTTATTTTTAAAACTGGG‑GGTTT‑AATTCTTTCCCTAAT‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGc < 1:1296637/236‑1 (MQ=255)
cgcgggGGGATAAAATTTA‑CGGGGTTTATCCCATTGATCTTTTATTGGT‑CACTTATCAAAAAGAAGAAGCCGACGATCTAAGAGAAAAATTATTTCGCAAATCAGCCGTTATATTTTTTGTTAAACCGGGG‑GGTTA‑ATTTGTTTTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACaaaa < 1:507052/239‑1 (MQ=255)
cgcgggGGAAAAAAATTTA‑CGGCGGTTATACCTTTTATCCTTTTTGGCT‑CCCCTCCCAAAAAAAAAAAGCCGCCGATCAAAGAGAAAAATTGGTTCGCTAATCAGCCTTTATATTTTTTTTTTAACCGGGG‑GGTTG‑ATTTTTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACaaaa < 1:1475065/239‑1 (MQ=255)
ttA‑CGGGGTTTATACATTTGATCTTTTATTGGT‑CCCCTATCAAAAAGAAAAAGCCGAAGAGCTAAGAGAAAAATTATTCCGCTAATCAGCGTTTATTTTTTTTTTTTAAACGGGC‑GTTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTc < 1:1417096/239‑1 (MQ=255)
ttA‑CGGGGGTTAAACAATTGATCTTTTTTTGGT‑CCCCTACCAAAAAAAAGAAGCCGACGAGAAAAGAAAAAAATTATTCCGTTAACCAGCTGTTATTTTTATTTTTAAAACGGGG‑GTTTG‑ATTTTTTGTTTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTc < 1:762124/239‑1 (MQ=255)
tacgggaggTTATAACTTTGATCTTTTATTGGT‑CCCCTAACAAAAAAAAAAACCCGACGAGTAAAGAAAAAAATTAGTTCGCTAACCAGCCTTTATTTTTTTTGTTAAACCGGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTCCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTc < 1:30365/232‑1 (MQ=255)
tttATACCTTTTATCCTTTTTTGGT‑CCCCTATCAAAAAAAAAAACCGAACGAGCTAAGAAAAAAATTTGTTCGTTAATCACCCTTTTTTTTTTTTTTTAAAACGGGG‑GTTTG‑AATTTTTGTTTCCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGtaat < 1:1409538/237‑1 (MQ=255)
aTTTATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGGTTT‑AATTTTGTTTTTCAA‑CCCCCTTA‑GGAAAACAACCTTCCCCCCACGCCCCGGGCCACCGTTTTTTCATATACCTTACCCCCGTTTCCCCCGCGGCTGGGCAAAAACTCT‑TTTAAAAATTCCgggataaaaat > 2:254185/1‑227 (MQ=255)
tGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑GATTTTTTTTTTCCA‑CCCGCATT‑AAAAAATCACTCTTCCCACAACGCCAGTGCCAACGGTTTATCATCATCCCAACCCCCGCTTACCGCCGGGCTGGGCAAAAACTTCTTTTACCATTTCAGGAATTAAATAGAgtt > 2:1125891/1‑239 (MQ=255)
tGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTTAA‑CCGCCATG‑AGAAAATAACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCCCCTTTACCCCCGGGCTGGGCAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGGAATAAATCGAgtta > 2:87208/1‑238 (MQ=255)
tGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCTA‑CCGCCAAG‑AGAAACTCACTCTCCCCACCGCGCCACTGCCCACGTTTTATCATCATCCCTACGCTCGTTTAACCCCGCGCTGGGCCACAACCTC‑TTTTACAATTAAGGTAATAAAACCAgttt > 2:1402626/1‑238 (MQ=255)
gATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTT‑AATTGTTTTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAATCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACCTTTTTTCATCATCCGTATGCCCCCTTACCGCCCGGCTGGACCAAAACTGC‑TTTTACAATTTAGGTCATAAATCGtgttgt > 1:842855/1‑239 (MQ=255)
gATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAACGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAgttgt > 1:1218018/1‑239 (MQ=255)
gATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAATCACTCTGCCCACAGCGCCACGGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGGCAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAgttgt > 1:620733/1‑239 (MQ=255)
aTCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCCA‑CCCCCCTG‑AGAAAATCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCCTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAAATGC‑TTTAACAATTCCGGTAATAAATCGAgttggt > 2:993269/1‑237 (MQ=255)
ccTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTTGTGTTTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAACCCCTCTGCCCACAGCGCCCGTGCCAACGGTTTATCATCATCCGGACGCTCGTTTACCCCCGGGCTGGGCCAAAACTGC‑TTTAACAAATCAAGGAATAAATCGAggtttt > 2:586337/1‑232 (MQ=255)
aTTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑CATTTTTTTCTTCAA‑CCGCCCTG‑AGAAACTCACTCTGCCCCCAGCGCCAGCGCCCACGCTTTATCATCCTCCGCACCCCCGTTTACCGCCCGGCTGGCCAAAAACTGC‑TCTAACAATTCACGCAATAAATCGCGTTCTTCCTGCgg > 2:710382/1‑238 (MQ=255)
gT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑GATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCCTT‑AGAAACTCACTCTGCCCAACGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCACCCTCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCTGGGAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGtt > 2:360203/1‑236 (MQ=255)
gT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTTTTTTTCA‑CCGCCGTA‑AGGAACTCACTCTTCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCAACCACCGTACCCTCGTTTTCCGCCGGGCCGGGCAAAAACCGC‑TTTATCAATTTAGGTCATAAAACGAGCTGTTCCTGCgattca > 2:64607/1‑234 (MQ=255)
caataaataaaaaaaaaaaaGCCGAGAAGAAAAGAAAAAAATTTGTTCGATAAGCATCTGTTATATTTATTGTATAAACGGGG‑GGTTA‑GATTTTTGTCAAAAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtgct < 2:620733/228‑1 (MQ=255)
aCCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCTA‑CCGCCATT‑AGAAACTCACTCTGCCCACAACGCCCATGCCAACGCTTTTTCATCATCCGTAAGCCCGTTTTCCGCCCGGCTGGGCCAAAACTTC‑TTTAACCATTTAGGTAATAAATCGAGTTGTTTCCTCGTtgctgc > 2:488447/1‑238 (MQ=255)
aCCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCCTG‑AGAAACTCACTCTGCCCCCCGCGCCAGTGCCCACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTTCCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtgctgc > 1:1334267/1‑238 (MQ=255)
aCCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAATCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGCCAACGGTTTTTCATTATCCGTAAGCCCGTTTACCCCCGGGCCGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGGAATAAATCCAGTTTTTCCTGCGtttgtgc > 1:274662/1‑233 (MQ=255)
cTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTTTCTTCAA‑CCCCCCTT‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTATCGCCCGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGGTGTTCCTGCGTTGCTgccg > 1:1198077/1‑238 (MQ=255)
cTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AAATGTTGTCTTCAA‑ACCCCATG‑AGAAAATCAATCTTCCCACAGCGCCAGTGGCAACGTTTTTTTATCATCAGTAACCCCCGTTAACGCCAGGGGGGGCAAAAACTGC‑TTTAACAATTTAGGAACTAAATCAGGTTGTTCCTGCGTTGCTgccg > 2:617755/1‑238 (MQ=255)
aTCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTT‑AAATGGTGTCTTCAA‑CCGCCCTG‑AGAAACTCACTCTTCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCCCGTTTACCGCCGGGCTGGGGAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCa > 1:1260394/1‑239 (MQ=255)
agCCGACGAGCAAGGGTAAAAATTAGTTCGAAAATCAGCCTTTATTTTTTTTGTTAAACCGGGC‑GTTTA‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGaaaaa < 1:1021560/239‑1 (MQ=255)
cgaGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTTCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCCTTGAAAAACGGGGt > 1:494350/1‑239 (MQ=255)
aaagaaaaaaaTTATTTCGCTAATCAGCCTTTTTATTTATTTTTAAAACTGGG‑GGTTA‑AATTTTTTTCTTAAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTaaaga < 1:1101029/232‑1 (MQ=255)
agCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGCGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAgg > 1:568244/1‑239 (MQ=255)
aggTTCGTTACACACCCGTTAT‑TTTATTTGTTAAAACGGG‑GGGTG‑AATTGTTGGCTTCAATCCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTGATCATCATCCGTACGCGCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTGGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATgag < 1:1101241/237‑1 (MQ=255)
gTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCCGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCCGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCCGGTAATAAATCGGGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTTAAAAACGGGGTAAAGAAAAGCACATgaggg > 1:723251/1‑238 (MQ=255)
tAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTTTTTTTTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAACCACTCTTCCCACAGCGCCCGTGCCAACGTTTTATCTTTATTCCGACGCCCGGTTATCACCGGGGTGGACAAAAAATGC‑CTTTACAATTCAGGTAATAAATCGGATTGTTTCCTCATCGCTGCCGCCCGTCCATTGAAAAAAGGGGTAAAGCAAGGCACATAAGGGGAATTa > 2:409412/1‑239 (MQ=255)
gCCTTTATATTTTTTTTATACACGGGG‑GGTTG‑ATTGTTTTTCCTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGc < 1:488447/239‑1 (MQ=255)
tattGTTTAAACTGGC‑GGTTT‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCCCAGCGCCCGTGCCAACGTTTTATCATCATCCCTACGCTCGTTTACCCCCCGGCTGGGCAAAAAATTC‑TTTTACAATTCAGGGAATAAATCGAGTTGTTTCTGCGTTGCCGCCCCCAGGCCATTTAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGCACCAGAAGGGGAATATTCAGCATATTTaaag > 2:1265149/1‑236 (MQ=255)
tattGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTTAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCCGGGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCCGTCCATTGAAAAACGGGGGAAAGAAAGGCACATGAGGAGGATTATCCAGCATATTTAACg > 1:1478506/1‑238 (MQ=255)
tGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTTTTTTCTTCAA‑ACGCCATG‑AGAAACCCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAAAGTTTTTTCCTCATTCCTACGCTCGTTTACCCCCCGGCTGGACAAAAAATGC‑TTTAATAATTCCGGTAATAAAATGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCAATGAAAAAAAGGGTAAAGAAAAGCACATTAGGAGAATTATCCAGGATATTTTACGACaa > 2:1177603/1‑238 (MQ=255)
tGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGGTTTATCATCATCCGGACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCCTTGAAAAACCGGGGAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTactttc > 1:1369070/1‑232 (MQ=255)
tAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCg > 1:1260263/1‑238 (MQ=255)
gggC‑GGTTA‑AATTGTTTTCTACAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGAt < 1:87208/238‑1 (MQ=255)
gC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCCGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGGACATtagga > 1:1372737/1‑202 (MQ=255)
ttttttgtTTCCAC‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTa < 1:818027/235‑1 (MQ=255)
aTTGTTGTCTCCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTa < 1:321336/239‑1 (MQ=255)
|
TATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTG‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTA > NC_000913/2151475‑2151921
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
