Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F36 I0 R1
|
141 |
81.4 |
2739672 |
97.2% |
2662961 |
142.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
756,633 |
C→A |
100% |
P243T (CCG→ACG) |
sdhA → |
succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 756,633 | 0 | C | A | 100.0%
| 259.1
/ NA
| 75 | P243T (CCG→ACG) | sdhA | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (39/36); total (39/36) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGC > NC_000913/756489‑756775
|
gCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGAc < 5:191896/149‑1 (MQ=255)
ccGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCg > 4:167297/1‑149 (MQ=255)
gcgcTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGc < 7:337704/149‑1 (MQ=255)
tACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTg > 3:307490/1‑149 (MQ=255)
ggCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCgg < 3:328851/149‑1 (MQ=255)
gCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCgg < 7:177882/148‑1 (MQ=255)
gCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTg > 5:79623/1‑149 (MQ=255)
gCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTg < 2:342204/149‑1 (MQ=255)
gCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGACCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTg > 5:257977/1‑149 (MQ=255)
cAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCAcc < 7:107710/149‑1 (MQ=255)
aGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCg < 3:289958/149‑1 (MQ=255)
gggCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCg > 1:275427/1‑148 (MQ=255)
ggCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGaa < 8:132278/149‑1 (MQ=255)
gCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAg > 2:79301/1‑149 (MQ=255)
gCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAg < 8:192166/149‑1 (MQ=255)
cGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGCCGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGCCCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAgg > 4:83873/1‑149 (MQ=255)
aTTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCATACTGGTCACCGAAGGTTg > 4:51008/1‑149 (MQ=255)
tttATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCCGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGc > 1:81321/1‑149 (MQ=255)
attATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTTCCGGTGCAGGAGTACTGGTCACCGAAGGTTGc > 8:296999/2‑149 (MQ=255)
ttATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGcc > 3:313732/1‑149 (MQ=255)
tCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCgt < 6:79623/148‑1 (MQ=255)
aGTCCACCACCAACGCGCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATTGAATTGTGGCATTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCttggt < 7:296999/149‑1 (MQ=255)
aGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGtt < 3:195070/141‑1 (MQ=255)
aGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGtt < 3:199395/141‑1 (MQ=255)
aGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGtt > 4:199395/1‑141 (MQ=255)
aGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGtt > 4:195070/1‑141 (MQ=255)
gtgcaccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCg < 7:307627/101‑1 (MQ=255)
gtgcaccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCg > 8:307627/4‑104 (MQ=255)
gTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCgtggt > 8:94875/1‑148 (MQ=255)
ccaccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCgtggtg > 3:53105/1‑147 (MQ=255)
caccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAg > 7:146002/1‑149 (MQ=255)
ccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGc < 3:167297/149‑1 (MQ=255)
caccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCg < 7:94875/149‑1 (MQ=255)
accaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCgg < 1:79301/149‑1 (MQ=255)
ccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGTCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGt < 4:313732/149‑1 (MQ=255)
aaCGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTAATGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTa > 2:273227/1‑149 (MQ=255)
aCGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTAt < 4:53105/149‑1 (MQ=255)
gCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATct > 1:220724/1‑149 (MQ=255)
ccACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgc > 8:138056/1‑149 (MQ=255)
cacaTTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGGACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgct < 3:69110/149‑1 (MQ=255)
acaTTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgctg < 4:307490/149‑1 (MQ=255)
aTTAACACCGGCGACGGAGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaa < 7:19863/149‑1 (MQ=255)
cacCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaacaaac < 2:275427/149‑1 (MQ=255)
cacCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaacaaa > 6:175232/1‑148 (MQ=255)
ccGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACAt > 4:305780/1‑149 (MQ=255)
ggCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATgg < 7:138056/149‑1 (MQ=255)
ggCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATgg < 6:325385/149‑1 (MQ=255)
ggCGACGGTGTCGGCATGGATATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGGGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATgg < 7:138622/149‑1 (MQ=255)
cGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAAc > 4:84506/1‑149 (MQ=255)
tgtCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGtt > 2:253153/1‑149 (MQ=255)
tCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGtttt < 6:58870/149‑1 (MQ=255)
ggCATGGCTATCCGTTCCGGCGTACCGTTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCTGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTTTCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTa < 5:291747/148‑1 (MQ=255)
cATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATg > 4:15686/1‑148 (MQ=255)
aTGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGa < 2:220724/149‑1 (MQ=255)
tGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAg > 8:227212/1‑149 (MQ=255)
gCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCATACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCg < 3:51008/149‑1 (MQ=255)
aTCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATg < 3:253106/141‑1 (MQ=255)
aTCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATg > 4:253106/1‑141 (MQ=255)
gTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGGACTGGTCACCGAAGGTTGCCGGGGTGCAGGCGGTTTTCTGCTGAACCAACATGGCGAACGGTTTATGGCGCGTTATgcg > 2:187591/1‑149 (MQ=255)
tACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGc > 2:95024/1‑148 (MQ=255)
cGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCaaa < 4:36717/149‑1 (MQ=255)
cAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCt > 5:92284/1‑149 (MQ=255)
atGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCggg > 2:200743/1‑149 (MQ=255)
tGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCCGGCGGGc > 7:333643/1‑149 (MQ=255)
ggAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAAc > 4:92754/1‑130 (MQ=255)
ggAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAAc < 3:92754/130‑1 (MQ=255)
aaaTGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGCCCTGGCGGGCCGt > 5:19425/1‑149 (MQ=255)
aaaTGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGt > 1:16656/1‑149 (MQ=255)
aaTGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGt < 3:84506/148‑1 (MQ=255)
gtgGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACg > 8:104300/1‑149 (MQ=255)
tgGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGt > 2:279015/1‑149 (MQ=255)
aGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGTTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGtt < 6:257977/149‑1 (MQ=255)
aGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGtt > 7:195538/1‑149 (MQ=255)
aGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGtt > 1:20924/1‑149 (MQ=255)
ttCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCTGTGACGTGGTTgc < 5:175232/149‑1 (MQ=255)
cacaCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGtt > 6:107866/1‑103 (MQ=255)
cacaCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGtt < 5:107866/103‑1 (MQ=255)
|
GCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGC > NC_000913/756489‑756775
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCC > NC_000913/756485‑756782
|
CAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACG > NB501016:230:HFVJLAFXY:2:11109:25300:6633/1‑151 (MQ=60)
AGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACC < NB501016:230:HFVJLAFXY:3:21405:8891:8867/151‑1 (MQ=60)
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TCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGA > NB501016:230:HFVJLAFXY:2:11201:11826:1476/1‑149 (MQ=60)
CCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGG > NB501016:230:HFVJLAFXY:4:11606:1613:3693/1‑151 (MQ=60)
ACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCG < NB501016:230:HFVJLAFXY:2:21101:5189:8147/151‑1 (MQ=60)
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CGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTG > NB501016:230:HFVJLAFXY:1:21109:22889:9571/1‑151 (MQ=60)
CCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGGACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTG < NB501016:230:HFVJLAFXY:2:11204:15647:12767/151‑1 (MQ=60)
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GGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACACGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCATACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGT < NB501016:230:HFVJLAFXY:2:11112:19809:11308/151‑1 (MQ=60)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
