Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F70 I0 R1
|
119 |
101.6 |
3446078 |
97.9% |
3373710 |
141.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,560,985 |
C→A |
22.5% |
intergenic (+87/‑383) |
yffL → / → yffM |
CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,560,985 | 0 | C | A | 22.5%
| 108.3
/ 9.9
| 65 | intergenic (+87/‑383) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/24); new base A (11/5); total (36/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATCGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAA > NC_000913/2560837‑2561125
|
gATCGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTc < 8:191677/149‑1 (MQ=255)
ggCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATTAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaaa < 3:5433/149‑1 (MQ=255)
gCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTCGGTCAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTAAAAAg > 1:257371/1‑149 (MQ=255)
cAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGt > 8:251890/1‑149 (MQ=255)
cAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGtt > 7:331972/1‑149 (MQ=255)
cAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGtt > 7:326029/1‑149 (MQ=255)
aaaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGc < 7:212818/149‑1 (MQ=255)
gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 6:230846/149‑1 (MQ=255)
aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 1:177821/149‑1 (MQ=255)
aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGAGCTGGGGCAAAGGTTGCGGtg > 5:381443/1‑146 (MQ=255)
tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTAAAAAGTTGACTTTAAgg > 1:188193/1‑149 (MQ=255)
tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg > 8:221023/1‑149 (MQ=255)
cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGCGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATATTGATGTGTAAAAATATGCAGTTAAgt > 2:272947/1‑146 (MQ=255)
aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 6:411401/149‑1 (MQ=255)
aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg > 5:411401/1‑149 (MQ=255)
aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGCTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGCTTCAAAAGTTGACGTTAAGGTg > 6:116253/1‑148 (MQ=255)
cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGATGCCTTTAAggagtg > 8:85253/1‑144 (MQ=255)
aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCGGTGTAGTTGGGTCa > 7:204607/1‑148 (MQ=255)
tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTATGTTGGGTCAAATTTTGCCGTTAAGGTGGGGCaaa > 5:20800/1‑149 (MQ=255)
ccAGTTATTATTCAATCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATTAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCTGTTAAGGTGGGTCaaaa < 3:344547/148‑1 (MQ=255)
ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑g > 3:225628/1‑149 (MQ=255)
cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATGGTGGGTCAAAA‑Gt > 5:238110/1‑149 (MQ=255)
cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGTGTAAAAATTTGACGTTAAGTTGGCTAAAAT‑Gt > 5:25858/1‑149 (MQ=255)
gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTg < 7:221023/149‑1 (MQ=255)
attattCAATCCGTACAACATGAAATAACGGAATCCGTCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGcc < 4:225628/148‑1 (MQ=255)
attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGTTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCg > 5:52014/1‑149 (MQ=255)
attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 7:240296/132‑1 (MQ=255)
attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg > 8:240296/1‑132 (MQ=255)
aatCAAGATGTACATCTTGAAATAAAGGACTCTGTTCGGCAATGTTAAGTCATTTTCTTTTCCTTTATTCCATGTATTCAGGTGGGTAAAAAGTTGGCGTTATTGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGtt < 6:52014/146‑1 (MQ=12)
ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGACGtt > 7:312791/1‑147 (MQ=255)
tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTATGATGGGTAAAAATTTGAGGTTAAGTTAGGTACTAA‑GTTGccaatatt > 6:286746/1‑143 (MQ=255)
aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGCCGTGCAATGCTCACGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAgg < 5:116253/148‑1 (MQ=255)
tACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGACGTTAAGGTgtggc > 3:122355/1‑144 (MQ=255)
caacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTTAGGATGGTCTAAA‑GTTGCAGTGAATGTCGGTaaa > 3:244658/1‑148 (MQ=255)
caTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCAAAA‑TTTTAAGTAAATGAGGGTCaaaatt > 7:143089/1‑147 (MQ=255)
gAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGGGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGGGAAAA‑GTTGCAGTATAGGTGGGGCTAAATTTga > 6:194906/1‑148 (MQ=255)
gAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAATGGTGGGTAAAAATATGCCGTTAAGGTGGGGCAAAT‑TTTGAAGTTAACGTGTGAGAAAAGTTg > 1:164437/1‑148 (MQ=255)
aTAACGGAATCCGTCGGGCATTTATCCAGCCTTTTGTATGCCATAAATAAATGAATTCAGGGGGGAAAAAATATGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 8:76655/149‑1 (MQ=18)
atacgcagggCATTTTTGCAGCCTTTTCTATCCCATTATTAAATGAATTCAGGTGGGTTAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCATTAGATGCCTTTTAGGTGGGTCAAAA‑GTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGaa < 4:218419/141‑1 (MQ=19)
aTCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAt < 7:107424/149‑1 (MQ=255)
ggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 1:340850/102‑1 (MQ=255)
ggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa > 2:340850/1‑102 (MQ=255)
gCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAATTTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAA‑TTTGGAGTTAAGGTGTGTGTAATTTTGACGAGTAAGAATTCTACAAt > 7:429969/1‑148 (MQ=25)
aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGATGCCGTTAGTGGGTGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 7:197620/149‑1 (MQ=255)
tGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAATTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGAAGTTAAGGTGTGGCAAAATTTTACTAGTAAGAATTCTAATATTatt > 8:315579/1‑146 (MQ=25)
tGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 2:369083/97‑1 (MQ=255)
tGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa > 1:369083/1‑97 (MQ=255)
cagCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGTGTAAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCt < 3:47580/147‑1 (MQ=255)
gCCTTTTCATTGCCTAAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTgg < 3:218257/106‑1 (MQ=255)
tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGTGTCAAAT‑TTTGAAGTAAACGTGTCTCAAAATTTGACAACTAAAAATACTAGTATTGAGAATACTAGGctagtg > 8:109374/1‑143 (MQ=16)
ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTTTGGTGGGTAAAAATTTGCAGTTAAGGGGTGTGAAAATTTTGAGGTTAAGG‑GGGGGAAAATTTTAGGAGTAAAGATTGTAAAATTAAGAATTAAAGGGGATGGGAGttta > 2:201306/1‑148 (MQ=255)
aattcATGAATTCAGGTGGGCCCAAATTTGCCGTTATTGGTGGCTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTa < 8:312791/145‑1 (MQ=37)
tCCAGGAATTCCGGGGGGCCCAAAGAAGCCCTTAGGGGTGGGTCAAAAGCGGCCGTTCCGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGc < 7:251890/149‑1 (MQ=25)
aaTTCAGGTGGCTAAAAATTTGGGTTTCTGGGTGGGTCAAATCTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAT‑GTTTCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATAAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTccc < 8:317555/148‑1 (MQ=25)
gTCAAAAGATGCCCGTAGTGGTGCCTCCACAGCAGCCGTGACGG‑GGTCCCAAA‑TCTGCCCTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 7:23711/149‑1 (MQ=255)
tCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGGGGGTCAAAA‑GTTTGCGTGAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCTAGGAAGGAGTCTACAATTAATAATTATACGCGACGTGAGTGTTTTTGCGTAAcggtaggtgaaa > 8:428735/1‑143 (MQ=16)
tCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTTGGGAAAAA‑TTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAATGTTTGTGAGTAAGATTTGTACAATTAAGAATACTAGGCGACTGGAGTTTTGTAGCCTAGCGGTCGGTCa > 2:161769/1‑145 (MQ=25)
tCAAAAGCTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGGAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 7:85253/149‑1 (MQ=255)
gcAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGATGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 7:109374/148‑1 (MQ=255)
ccttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTAAAGGTGGGTCAAAA‑GGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 7:344057/138‑1 (MQ=255)
cGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTAAAAA‑GTTGCAGTTAAAGTGGGTCGAAAGTTGGAGAGTAAGCATTCTTCAATTTAGAATTCTAGGATACGGGACTTTTTTTGCCTCCCGGTCGGTAATagaga > 8:344057/1‑140 (MQ=25)
cGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc > 7:406915/1‑146 (MQ=255)
gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa > 4:219791/1‑147 (MQ=255)
gTTAGGGTTGGTTCAAACCCTGCCGTTAAGTTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 7:18984/149‑1 (MQ=38)
cttcgtggtgGGTAAATAGTTGCGGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 3:48564/145‑1 (MQ=38)
tggtggGTATATAGTAGCCGTTTAGTTGGGTCAATA‑GTTTCCTTTAAGGTGGGTCATAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCTTAGAGAGTCGCCTAGAGTTaa < 6:383304/149‑1 (MQ=255)
|
GATCGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA‑GTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAA > NC_000913/2560837‑2561125
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
