Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
70,289 |
G→T |
intergenic (‑241/‑98) |
araB ← / → araC |
L‑ribulokinase/transcriptional regulator for ara operon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 70,289 | 0 | G | T | 99.4%
| 1173.6
/ NA
| 329 | intergenic (‑241/‑98) | araB/araC | L‑ribulokinase/transcriptional regulator for ara operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (135/192); minor base C (0/2); total (135/194) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
CGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTA > NC_000913/70199‑70378
|
cGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTtgg > 2:1321402/1‑93 (MQ=255)
gTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGt > 2:1099905/1‑93 (MQ=255)
tGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGtt > 2:7192221/1‑93 (MQ=255)
tGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGtt < 1:6726360/93‑1 (MQ=255)
gATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTa > 2:907012/1‑93 (MQ=255)
gATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTa < 1:4450849/93‑1 (MQ=255)
tataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCg > 1:1194332/1‑93 (MQ=255)
ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCga > 1:5212493/1‑93 (MQ=255)
taGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgag > 2:5580395/1‑93 (MQ=255)
taGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgag > 2:3792845/1‑93 (MQ=255)
taGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGCTAGCgag > 1:7388493/1‑93 (MQ=255)
taGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTATTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgag > 1:7654657/1‑93 (MQ=255)
gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaa > 1:3951041/1‑93 (MQ=255)
acacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaag > 2:1026975/1‑93 (MQ=255)
cacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaaga < 1:1097369/93‑1 (MQ=255)
acTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAagag > 1:244738/1‑93 (MQ=255)
ttttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGcc < 2:2964627/93‑1 (MQ=255)
ttttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGcc < 2:2484275/93‑1 (MQ=255)
ttttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGcc > 1:189331/1‑93 (MQ=255)
ttttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGcc < 1:6479885/93‑1 (MQ=255)
tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCa < 2:5684948/93‑1 (MQ=255)
tGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGt > 2:3937026/1‑93 (MQ=255)
tGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGt < 2:2370034/93‑1 (MQ=255)
gTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTa > 2:6316956/1‑93 (MQ=255)
aCGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaaaa > 2:3352013/1‑93 (MQ=255)
gcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGa < 2:5196924/93‑1 (MQ=255)
gcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGa < 2:626926/93‑1 (MQ=255)
gcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTGGTGACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGa < 2:413077/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACg > 1:7450918/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACg > 2:189477/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACg > 1:2565379/1‑93 (MQ=255)
tttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGc > 1:2415979/1‑93 (MQ=255)
tttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGc > 1:1616816/1‑93 (MQ=255)
ttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCa > 1:424133/1‑93 (MQ=255)
tttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAg < 2:6977850/93‑1 (MQ=255)
tttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAg < 2:2284909/93‑1 (MQ=255)
tGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTg > 2:6279469/1‑93 (MQ=255)
tGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTg > 2:578661/1‑93 (MQ=255)
tCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAc > 1:4183409/1‑93 (MQ=255)
tCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAc > 1:142962/1‑93 (MQ=255)
tCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAc < 2:5127077/93‑1 (MQ=255)
tCATGGCTTTGGTCCCGCTGTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAc < 2:2529861/93‑1 (MQ=255)
aTGGGTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACgg < 2:1465884/93‑1 (MQ=255)
tGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGc > 2:4649306/1‑93 (MQ=255)
tGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGc > 1:6054293/1‑93 (MQ=255)
gCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCaa < 1:5614081/93‑1 (MQ=255)
gCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCaa < 2:3158202/93‑1 (MQ=255)
tttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATg < 1:1569408/93‑1 (MQ=255)
tttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATg < 2:7233853/93‑1 (MQ=255)
tCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGa < 1:6407513/93‑1 (MQ=255)
cccGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGAt < 1:3237313/93‑1 (MQ=255)
ccGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATg > 2:4556027/1‑93 (MQ=255)
ccGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATg > 2:3024184/1‑93 (MQ=255)
cGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGc > 1:2745941/1‑93 (MQ=255)
gtttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCaa < 1:4152750/92‑1 (MQ=255)
cTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCaa > 2:3578401/1‑93 (MQ=255)
cTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCaa < 1:6167163/93‑1 (MQ=255)
tttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAat > 1:2187732/1‑93 (MQ=255)
tttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAat > 1:2098842/1‑93 (MQ=255)
ttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAata > 2:4135101/1‑93 (MQ=255)
ttACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATgg < 1:465453/93‑1 (MQ=255)
ttACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATgg < 2:1798976/93‑1 (MQ=255)
ttACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATgg < 2:3091233/93‑1 (MQ=255)
tACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGa < 2:7677045/93‑1 (MQ=255)
tACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGa > 1:5327783/1‑93 (MQ=255)
aGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACaa < 2:1615608/93‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTg < 1:3662674/93‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTg < 1:3375504/93‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTAAGATGCTGGGTGACGGGTTGGGTTAGCGAGAGGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGCCAATTg < 2:2894529/93‑1 (MQ=255)
cTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGtt > 2:1995590/1‑93 (MQ=255)
cTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGtt > 1:133267/1‑93 (MQ=255)
cTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGtt < 2:6710515/93‑1 (MQ=255)
ttttAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGttt > 1:4840430/1‑93 (MQ=255)
tttAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTttc < 1:6323788/93‑1 (MQ=255)
taataaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTttctt < 1:7742520/93‑1 (MQ=255)
aataaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTttcttc < 2:3491880/93‑1 (MQ=255)
taaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTtcttctt > 2:7843672/1‑92 (MQ=255)
taaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTtctc < 2:7740860/93‑1 (MQ=255)
taaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTtctc < 2:2143340/93‑1 (MQ=255)
taaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTtctc < 2:6490315/93‑1 (MQ=255)
taaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTtctc > 2:5020790/1‑93 (MQ=255)
taaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTtctc < 1:907012/93‑1 (MQ=255)
aaGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTctct > 2:43308/1‑93 (MQ=255)
aaGCGGAGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTctct < 2:7590315/93‑1 (MQ=255)
gCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGa < 1:5522844/93‑1 (MQ=255)
gCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGa > 1:5996360/1‑93 (MQ=255)
ggggTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAAt > 2:5366256/1‑93 (MQ=255)
ggggTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAAt < 2:2756677/93‑1 (MQ=255)
gggTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAAtg > 1:2703380/1‑93 (MQ=255)
gggTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAAtg < 1:5824192/93‑1 (MQ=255)
gTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAAtggt < 1:3077890/93‑1 (MQ=255)
tACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAAtggtgg > 2:3235726/1‑93 (MQ=255)
tACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAAtggtgg < 1:5676593/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTggg > 1:4935269/1‑93 (MQ=255)
ccGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGa > 1:7909732/1‑93 (MQ=255)
cGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAg < 2:6844441/93‑1 (MQ=255)
gTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTa > 2:4401760/1‑93 (MQ=255)
gTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTa < 1:7505068/93‑1 (MQ=255)
gTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTa > 2:1263429/1‑93 (MQ=255)
gTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTCTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTa > 2:36727/1‑93 (MQ=255)
|
CGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTA > NC_000913/70199‑70378
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATGAA > NC_000913/70196‑70382
|
TGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTT > SRR4302543.5478304/1‑94 (MQ=60)
TGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTT > SRR4302543.131484/1‑94 (MQ=60)
CCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGG > SRR4302543.1684502/1‑94 (MQ=60)
GTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTT > SRR4302543.2453299/1‑94 (MQ=60)
TGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTA < SRR4302543.6789913/94‑1 (MQ=60)
TGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTA > SRR4302543.2165405/1‑94 (MQ=60)
TGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTA < SRR4302543.5634781/94‑1 (MQ=60)
TGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTA < SRR4302543.5958629/94‑1 (MQ=60)
TGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTA < SRR4302543.7467984/94‑1 (MQ=60)
GATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAG < SRR4302543.3251733/94‑1 (MQ=60)
GATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAG < SRR4302543.3590460/94‑1 (MQ=60)
GATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAG < SRR4302543.149156/94‑1 (MQ=60)
GATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAG < SRR4302543.4491158/94‑1 (MQ=60)
ATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGC > SRR4302543.2763728/1‑94 (MQ=60)
ATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGC < SRR4302543.7752577/94‑1 (MQ=60)
ATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGC > SRR4302543.2053107/1‑94 (MQ=60)
TTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTGCCGGTTTGGTTAGCG < SRR4302543.5650768/94‑1 (MQ=60)
TTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCG < SRR4302543.6916961/94‑1 (MQ=60)
TTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCG > SRR4302543.1205101/1‑94 (MQ=60)
TTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCG > SRR4302543.6273104/1‑94 (MQ=60)
TATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGA < SRR4302543.4542467/94‑1 (MQ=60)
TATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGA > SRR4302543.5259456/1‑94 (MQ=60)
ATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGCTAGCGAG > SRR4302543.7459478/1‑94 (MQ=60)
ATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTATTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAG > SRR4302543.7727228/1‑94 (MQ=60)
AGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAA > SRR4302543.3985990/1‑94 (MQ=60)
ACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGA > SRR4302543.6479055/1‑94 (MQ=60)
CACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAG > SRR4302543.5703491/1‑94 (MQ=60)
CACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAG < SRR4302543.1107248/94‑1 (MQ=60)
CACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAG < SRR4302543.2839361/94‑1 (MQ=60)
CACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAG > SRR4302543.246863/1‑94 (MQ=60)
CACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAG < SRR4302543.7730435/94‑1 (MQ=60)
CACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAG < SRR4302543.6086065/94‑1 (MQ=60)
ACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGC > SRR4302543.2737540/1‑94 (MQ=60)
CTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCC > SRR4302543.3937465/1‑94 (MQ=60)
CTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCC > SRR4302543.190935/1‑94 (MQ=60)
TTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCA < SRR4302543.6540937/94‑1 (MQ=60)
GTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCA < SRR4302543.6540936/94‑1 (MQ=60)
TTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAA < SRR4302543.1428451/94‑1 (MQ=60)
ACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAG > SRR4302543.181842/1‑94 (MQ=60)
CGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGA < SRR4302543.745186/94‑1 (MQ=60)
CGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGA < SRR4302543.5866265/94‑1 (MQ=60)
CGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGA < SRR4302543.7502378/94‑1 (MQ=60)
tccactctaccaaaccggtaacCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGAC < SRR4302543.1197938/72‑1 (MQ=60)
CGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACG > SRR4302543.7522315/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACG > SRR4302543.2588814/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACG < SRR4302543.4208633/94‑1 (MQ=60)
CGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACG > SRR4302543.6104187/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACG < SRR4302543.7522436/94‑1 (MQ=60)
GTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGC > SRR4302543.3418113/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGC > SRR4302543.2035205/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGC > SRR4302543.1631228/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGC > SRR4302543.2437807/1‑94 (MQ=60)
TTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCA > SRR4302543.428102/1‑94 (MQ=60)
TTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCA < SRR4302543.5956809/94‑1 (MQ=60)
TTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCA < SRR4302543.2377706/94‑1 (MQ=60)
TTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGATTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAG > SRR4302543.4211160/1‑94 (MQ=60)
TTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGT < SRR4302543.2709493/94‑1 (MQ=60)
TTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGT < SRR4302543.5310537/94‑1 (MQ=60)
TTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTG < SRR4302543.6371276/94‑1 (MQ=60)
TTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTG < SRR4302543.157757/94‑1 (MQ=60)
TTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTG < SRR4302543.508098/94‑1 (MQ=60)
TGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGA < SRR4302543.7840772/94‑1 (MQ=60)
ttcatggctttgttttctCTTTGATACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTGACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAC < SRR4302543.2716697/76‑1 (MQ=60)
GTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGCGCCAGTAAAAGACGCAGTGAC > SRR4302543.1177463/1‑94 (MQ=60)
GTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAC < SRR4302543.3897019/94‑1 (MQ=60)
GTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAC > SRR4302543.144204/1‑94 (MQ=60)
GTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAC > SRR4302543.4221320/1‑94 (MQ=60)
GTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGAC < SRR4302543.7517290/94‑1 (MQ=60)
TCATGGCCGTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTCGGTTAGCGAGGAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACG < SRR4302543.3309397/94‑1 (MQ=60)
AATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGG < SRR4302543.4785418/94‑1 (MQ=60)
ATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGC > SRR4302543.6111608/1‑94 (MQ=60)
ATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGC > SRR4302543.4393388/1‑94 (MQ=60)
ATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGC < SRR4302543.399125/94‑1 (MQ=60)
GGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAA > SRR4302543.2553391/1‑94 (MQ=60)
GCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAAT < SRR4302543.5665241/94‑1 (MQ=60)
GCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAAT < SRR4302543.4252487/94‑1 (MQ=60)
GCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAAT < SRR4302543.948914/94‑1 (MQ=60)
CTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATG > SRR4302543.3345256/1‑94 (MQ=60)
TTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGT < SRR4302543.1583420/94‑1 (MQ=60)
TTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGT > SRR4302543.6348523/1‑94 (MQ=60)
TTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTC > SRR4302543.4421419/1‑94 (MQ=60)
GGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTG < SRR4302543.1615127/94‑1 (MQ=60)
TCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGAT < SRR4302543.1717543/94‑1 (MQ=60)
TCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGAT < SRR4302543.6467859/94‑1 (MQ=60)
TCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGAT < SRR4302543.6196076/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATG < SRR4302543.3266595/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATG < SRR4302543.4641679/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATG < SRR4302543.2489619/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGAAGTGACGGCAATGTCTGATG > SRR4302543.2292034/1‑94 (MQ=60)
CCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGC < SRR4302543.4926739/94‑1 (MQ=60)
CCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGC > SRR4302543.2770907/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCA < SRR4302543.1375506/94‑1 (MQ=60)
GTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAAT < SRR4302543.4190292/94‑1 (MQ=60)
CTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAAT > SRR4302543.2117611/1‑94 (MQ=60)
CTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAAT < SRR4302543.6225516/94‑1 (MQ=60)
CTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAAT > SRR4302543.2207360/1‑94 (MQ=60)
TTTTTACAGAATGTTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATAT < SRR4302543.1592650/94‑1 (MQ=60)
TTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATAT < SRR4302543.5907766/94‑1 (MQ=60)
TTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATAT < SRR4302543.7339148/94‑1 (MQ=60)
TGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGTTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATG < SRR4302543.5529535/94‑1 (MQ=60)
TGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATG > SRR4302543.3127836/1‑94 (MQ=60)
GTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGG < SRR4302543.1305374/94‑1 (MQ=60)
TTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGA > SRR4302543.5375956/1‑94 (MQ=60)
TTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGA < SRR4302543.469783/94‑1 (MQ=60)
TACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGAC < SRR4302543.496567/94‑1 (MQ=60)
ACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACA < SRR4302543.4507569/94‑1 (MQ=60)
AGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAAT < SRR4302543.2244074/94‑1 (MQ=60)
AGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAAT < SRR4302543.4199901/94‑1 (MQ=60)
GAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATT > SRR4302543.6387372/1‑94 (MQ=60)
AATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGGGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTG > SRR4302543.5602830/1‑94 (MQ=60)
ATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGG < SRR4302543.950146/94‑1 (MQ=60)
ATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGG < SRR4302543.6208210/94‑1 (MQ=60)
ATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGG > SRR4302543.813118/1‑94 (MQ=60)
ATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGG > SRR4302543.4823323/1‑94 (MQ=60)
ATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGG < SRR4302543.3190797/94‑1 (MQ=60)
ATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGG < SRR4302543.3405805/94‑1 (MQ=60)
ATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGG < SRR4302543.3694839/94‑1 (MQ=60)
GCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTT > SRR4302543.134454/1‑94 (MQ=60)
CTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTT > SRR4302543.4884571/1‑94 (MQ=60)
TTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTC > SRR4302543.3810280/1‑94 (MQ=60)
TTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCT < SRR4302543.2443034/94‑1 (MQ=60)
TTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCT < SRR4302543.6383259/94‑1 (MQ=60)
TTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCT > SRR4302543.5196881/1‑94 (MQ=60)
TTTAATAAGCGGGGGTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCT > SRR4302543.5196882/1‑94 (MQ=60)
TTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTT < SRR4302543.4143419/94‑1 (MQ=60)
TAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTC < SRR4302543.7815657/94‑1 (MQ=60)
AATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCT < SRR4302543.6461158/94‑1 (MQ=60)
AATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCT > SRR4302543.1310588/1‑94 (MQ=60)
AATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCT > SRR4302543.7812261/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTC > SRR4302543.1151599/1‑94 (MQ=60)
TAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCT < SRR4302543.7638945/94‑1 (MQ=60)
TAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCT < SRR4302543.914994/94‑1 (MQ=60)
TAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCT < SRR4302543.2190334/94‑1 (MQ=60)
AAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTG < SRR4302543.2680983/94‑1 (MQ=60)
AAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTG < SRR4302543.299172/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGA > SRR4302543.805079/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGA > SRR4302543.6051341/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGA < SRR4302543.6763598/94‑1 (MQ=60)
GCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAA < SRR4302543.5573014/94‑1 (MQ=60)
CGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAAT < SRR4302543.5269548/94‑1 (MQ=60)
GGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATG > SRR4302543.2727909/1‑94 (MQ=60)
GGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATG > SRR4302543.5424923/1‑94 (MQ=60)
GGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGG < SRR4302543.1380779/94‑1 (MQ=60)
GGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGG < SRR4302543.5877157/94‑1 (MQ=60)
GTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTG > SRR4302543.5859708/1‑94 (MQ=60)
GTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTG < SRR4302543.3105569/94‑1 (MQ=60)
TTATCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGCCGGCAATCTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGG < SRR4302543.7527165/94‑1 (MQ=60)
TACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGG < SRR4302543.5728409/94‑1 (MQ=60)
TACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGG > SRR4302543.4980218/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGA > SRR4302543.7984048/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGA < SRR4302543.427908/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTGTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGA < SRR4302543.7647976/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAG < SRR4302543.7873314/94‑1 (MQ=60)
GGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTA > SRR4302543.5700987/1‑94 (MQ=60)
GGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTA > SRR4302543.6721799/1‑94 (MQ=60)
GTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTAT < SRR4302543.6704052/94‑1 (MQ=60)
GTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTAT > SRR4302543.7917624/1‑94 (MQ=60)
GTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTAT > SRR4302543.2723139/1‑94 (MQ=60)
GTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTAT > SRR4302543.1440840/1‑94 (MQ=60)
GTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTAT < SRR4302543.7576810/94‑1 (MQ=60)
GTTTGATTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTAT < SRR4302543.1448792/94‑1 (MQ=60)
TTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATG < SRR4302543.657298/94‑1 (MQ=60)
TTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATG < SRR4302543.4582045/94‑1 (MQ=60)
TTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATGA > SRR4302543.2833929/1‑94 (MQ=60)
TGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACTCAGTGTCGGCAATGTCTGATGTAATATTGACATTTTGTGTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATGTA > SRR4302543.7059873/1‑94 (MQ=60)
TGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATGAA < SRR4302543.5343700/94‑1 (MQ=60)
|
TGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATGAA > NC_000913/70196‑70382
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
