Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,043,272 |
A→G |
S130G (AGT→GGT) |
b1978 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,043,272 | 0 | A | G | 100.0%
| 600.0
/ NA
| 192 | S130G (AGT→GGT) | b1978 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (93/99); total (93/99) |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAAGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGT > NC_000913/2043182‑2043361
|
gCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGt > 2:1416038/1‑93 (MQ=255)
gCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGt < 1:1621619/93‑1 (MQ=255)
gTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGttt < 2:2203894/93‑1 (MQ=255)
gTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGttt > 2:4113919/1‑93 (MQ=255)
gTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGttt < 1:3977291/93‑1 (MQ=255)
gTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGttt < 2:5958842/93‑1 (MQ=255)
ttGGACGCGGCGCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGtttt < 1:2953772/93‑1 (MQ=255)
ggAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGGTTTGa > 2:1011626/1‑93 (MQ=255)
gAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGAt > 2:5546762/1‑93 (MQ=255)
aaTCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATa > 1:4960294/1‑93 (MQ=255)
aTCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATaa > 1:2096218/1‑93 (MQ=255)
aTCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATaa > 2:2370306/1‑93 (MQ=255)
ggCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGt < 2:6507401/93‑1 (MQ=255)
ggCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGt < 1:5941255/93‑1 (MQ=255)
gCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTc > 2:3132982/1‑93 (MQ=255)
cccAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTcc < 1:6437760/93‑1 (MQ=255)
ccAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCg > 2:2904194/1‑93 (MQ=255)
ccAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCg < 2:5251530/93‑1 (MQ=255)
cAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGc > 2:539937/1‑93 (MQ=255)
aaaGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGcc < 2:5421418/93‑1 (MQ=255)
aaGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCa > 1:4994114/1‑93 (MQ=255)
aGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTATGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAg < 2:3115088/93‑1 (MQ=255)
aGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAg < 1:1043112/93‑1 (MQ=255)
aGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAg < 1:5511261/93‑1 (MQ=255)
gTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGt < 2:2265438/93‑1 (MQ=255)
gTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGt > 1:6465829/1‑93 (MQ=255)
ttGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGtg < 2:6603917/93‑1 (MQ=255)
tGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGtga > 1:3246151/1‑93 (MQ=255)
gCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGtgat < 2:6438475/93‑1 (MQ=255)
ccGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGtgatg < 1:7062294/93‑1 (MQ=255)
cGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGTTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGtgatga < 1:6175602/93‑1 (MQ=255)
cGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGtgatga < 1:6600809/93‑1 (MQ=255)
cGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGtgatga < 1:712971/93‑1 (MQ=255)
gAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGaa > 1:4123337/1‑93 (MQ=255)
aaCGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAAc > 2:1861892/1‑93 (MQ=255)
aCGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCACACTCAACCAGTTTCGTACGCTTGCTCGAGGTTTTGATAAGGTCCGCCAGGGTGCTGCACt > 2:4951391/1‑93 (MQ=255)
aCGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACt > 1:2018660/1‑93 (MQ=255)
cGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTg < 1:4746977/93‑1 (MQ=255)
cGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTg < 1:5372243/93‑1 (MQ=255)
gTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTgg > 1:1558398/1‑93 (MQ=255)
gTTTCGGTATTTCGGCGGCTGAGCTACGAAAACTCAACCATTTTCGTACGTTTGCTCGTGGTTTTGTTAATGTCCGCCAGGGTGGTGAACTgg > 2:3618409/1‑93 (MQ=255)
tttCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGa < 2:4421663/93‑1 (MQ=255)
tttCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGa < 1:403523/93‑1 (MQ=255)
tttCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGa < 2:4594806/93‑1 (MQ=255)
tttCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGa > 1:3520482/1‑93 (MQ=255)
tttCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGa < 1:2804101/93‑1 (MQ=255)
gttCGGTATTTCGGTGACTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGa < 2:3951784/92‑1 (MQ=255)
gTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTTCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTcc > 2:4927306/1‑93 (MQ=255)
tATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTccc < 1:4175426/93‑1 (MQ=255)
tATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTccc > 2:6731169/1‑93 (MQ=255)
ttttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCg < 1:1103906/92‑1 (MQ=255)
aTTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCg > 2:7255051/1‑93 (MQ=255)
tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCgg > 1:753424/1‑93 (MQ=255)
cGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGcac < 2:250048/93‑1 (MQ=255)
ggTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGcaca > 1:1326332/1‑93 (MQ=255)
gTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACaa < 2:7449715/93‑1 (MQ=255)
tGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAg < 2:5333546/93‑1 (MQ=255)
aGTTACGCAAACTCAACCAGTTGCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGTTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTg < 2:6485825/93‑1 (MQ=255)
gTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑a > 1:4674484/1‑93 (MQ=255)
tACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑aaa > 1:2240454/1‑93 (MQ=255)
gCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑aaaaaa < 1:7596828/93‑1 (MQ=255)
gCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑aaaaaa > 1:6933359/1‑93 (MQ=255)
gCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑aaaaaa < 1:2785524/93‑1 (MQ=255)
cAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑aaaaaaa > 1:7784142/1‑93 (MQ=255)
cAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑aaaaaaa > 1:442227/1‑93 (MQ=255)
aaaaCTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGATTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCAAAAGTTAGTG‑aaaaaaa < 2:6559484/92‑1 (MQ=255)
aaaCTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑aaaaaaaa > 1:3946103/1‑93 (MQ=255)
aaCTCAACCAGGTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGCACTGGATTTCTCGGCACTAGTTAGTG‑AAAAAAAAt > 2:1783953/1‑93 (MQ=255)
aCTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGGTGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAAta > 1:7286061/1‑92 (MQ=255)
aCTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAAtt > 2:70864/1‑93 (MQ=255)
aCTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAAtt < 2:3704501/93‑1 (MQ=255)
aCTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAAtt < 2:7578641/93‑1 (MQ=255)
cTCAACCAGATTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTa > 1:3699844/1‑93 (MQ=255)
tCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTaa < 2:3563376/93‑1 (MQ=255)
tCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTaa > 2:4827979/1‑93 (MQ=255)
cAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAAc < 2:2567597/93‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAAcc < 1:168809/93‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAAcc > 1:4226890/1‑93 (MQ=255)
aCCAGTTTCGTATGTTTGCTCGGGGTTTTGATAAGGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGCCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAAccc < 2:6228581/93‑1 (MQ=255)
cAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAAcccag > 2:6682932/1‑91 (MQ=255)
aGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCccgc < 1:6710998/93‑1 (MQ=255)
tttCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCccgccg < 2:7807939/93‑1 (MQ=255)
ttCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAAATAAACCccgccc > 1:5444187/1‑92 (MQ=255)
ttCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCccgccgc > 1:3832229/1‑93 (MQ=255)
ttCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCccgccgc < 2:4547322/93‑1 (MQ=255)
tCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCccgccgcc > 2:3840134/1‑93 (MQ=255)
tgTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCccgccgccg < 1:3916814/92‑1 (MQ=255)
cGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCccgccgccg < 1:2713331/93‑1 (MQ=255)
gTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCgg < 1:5736536/93‑1 (MQ=255)
gTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCgg < 2:3499948/93‑1 (MQ=255)
tACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCggg > 1:4649023/1‑93 (MQ=255)
cGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGACGCCGGGTa > 1:1993496/1‑93 (MQ=255)
gTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCTCGCCGCCGGGTaa > 2:7839873/1‑93 (MQ=255)
gTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTaa < 1:6322180/93‑1 (MQ=255)
tttGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAAt > 1:7337905/1‑93 (MQ=255)
tttGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAAt > 2:2730729/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAg < 1:1787999/93‑1 (MQ=255)
gCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGc < 1:3577198/93‑1 (MQ=255)
tCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAg < 2:1544988/93‑1 (MQ=255)
cGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGt > 1:3240867/1‑93 (MQ=255)
|
GCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAAGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTG‑AAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGT > NC_000913/2043182‑2043361
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGAGCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAAGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGTGAC > NC_000913/2043179‑2043364
|
GGAGCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAG < SRR4302543.1278136/94‑1 (MQ=60)
AGCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGT > SRR4302543.2786407/1‑94 (MQ=60)
GCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTT < SRR4302543.1636071/94‑1 (MQ=60)
GTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTT < SRR4302543.4012558/94‑1 (MQ=60)
GTTAGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTT < SRR4302543.7517992/94‑1 (MQ=60)
TTGGACGCGGCGCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTG < SRR4302543.2980591/94‑1 (MQ=60)
GGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGAT > SRR4302543.6499050/1‑94 (MQ=60)
GAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATA > SRR4302543.5005446/1‑94 (MQ=60)
GAATCGCCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATA < SRR4302543.6487673/94‑1 (MQ=60)
AATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAA < SRR4302543.1054409/94‑1 (MQ=60)
AATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAA > SRR4302543.2114950/1‑94 (MQ=60)
GGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTC < SRR4302543.5995620/94‑1 (MQ=60)
CCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCG > SRR4302543.1925529/1‑94 (MQ=60)
CCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCG < SRR4302543.6498413/94‑1 (MQ=60)
CCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCG < SRR4302543.222994/94‑1 (MQ=60)
CCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGC > SRR4302543.3939425/1‑94 (MQ=60)
AAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCA > SRR4302543.5861447/1‑94 (MQ=60)
AAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCA > SRR4302543.5039576/1‑94 (MQ=60)
AAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCA > SRR4302543.3239236/1‑94 (MQ=60)
AAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTGCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAG < SRR4302543.7803123/94‑1 (MQ=60)
AGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGG < SRR4302543.5561303/94‑1 (MQ=60)
AGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGG < SRR4302543.5456896/94‑1 (MQ=60)
AGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGG < SRR4302543.1052415/94‑1 (MQ=60)
AGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGG > SRR4302543.732272/1‑94 (MQ=60)
AGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGG < SRR4302543.4249034/94‑1 (MQ=60)
CGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGT > SRR4302543.6526749/1‑94 (MQ=60)
GTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTG < SRR4302543.6987656/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGA > SRR4302543.3275505/1‑94 (MQ=60)
GCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATG < SRR4302543.7139894/94‑1 (MQ=60)
CCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGA < SRR4302543.7130846/94‑1 (MQ=60)
CCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGCTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGA > SRR4302543.5394140/1‑94 (MQ=60)
CCGAACGTTTCGGTATTTCCGTGCCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTGGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCcgtgagaaca > SRR4302543.4342998/1‑84 (MQ=60)
CGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGTTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAC > SRR4302543.5023136/1‑94 (MQ=60)
CGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGTTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAA < SRR4302543.6233999/94‑1 (MQ=60)
CGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAA < SRR4302543.6663009/94‑1 (MQ=60)
CGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAA > SRR4302543.4160510/1‑94 (MQ=60)
CGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAA < SRR4302543.719436/94‑1 (MQ=60)
CGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAA > SRR4302543.7396214/1‑94 (MQ=60)
CGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAA > SRR4302543.7472602/1‑94 (MQ=60)
AACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACT > SRR4302543.2036799/1‑94 (MQ=60)
AACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACT < SRR4302543.6738255/94‑1 (MQ=60)
AACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACT < SRR4302543.291078/94‑1 (MQ=60)
AACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACT < SRR4302543.3272293/94‑1 (MQ=60)
CGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGG < SRR4302543.5420895/94‑1 (MQ=60)
CGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGG > SRR4302543.1572323/1‑94 (MQ=60)
CGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGG > SRR4302543.1521554/1‑94 (MQ=60)
CGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGG < SRR4302543.4790363/94‑1 (MQ=60)
GTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGA > SRR4302543.3551898/1‑94 (MQ=60)
GTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGA > SRR4302543.4014309/1‑94 (MQ=60)
TTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGAT < SRR4302543.407246/94‑1 (MQ=60)
TTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGAT < SRR4302543.2829752/94‑1 (MQ=60)
TTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGAT < SRR4302543.4824756/94‑1 (MQ=60)
GTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCC < SRR4302543.4661780/94‑1 (MQ=60)
TATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCG > SRR4302543.4743827/1‑94 (MQ=60)
TATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCG < SRR4302543.4213251/94‑1 (MQ=60)
TTTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGG < SRR4302543.1113860/94‑1 (MQ=60)
ATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGG < SRR4302543.166571/94‑1 (MQ=60)
ATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGG > SRR4302543.2470381/1‑94 (MQ=60)
ATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGG > SRR4302543.760095/1‑94 (MQ=60)
CGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACA > SRR4302543.1338109/1‑94 (MQ=60)
CGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACA > SRR4302543.2828213/1‑94 (MQ=60)
GTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAG < SRR4302543.1628/94‑1 (MQ=60)
GGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTT > SRR4302543.3987230/1‑94 (MQ=60)
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TGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGG < SRR4302543.3951382/94‑1 (MQ=60)
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CGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGG < SRR4302543.3951384/94‑1 (MQ=60)
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GTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGG < SRR4302543.5788857/94‑1 (MQ=60)
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TCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGT > SRR4302543.3270180/1‑94 (MQ=60)
GAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGTGA > SRR4302543.5688943/1‑94 (MQ=60)
AGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGTGAC > SRR4302543.4162222/1‑94 (MQ=60)
AGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGTGAC < SRR4302543.1473149/94‑1 (MQ=60)
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|
GGAGCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAAGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGTGAC > NC_000913/2043179‑2043364
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
