Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,077,514 |
Δ1 bp |
intergenic (‑165/+149) |
cmtB ← / ← tktA |
PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,077,513 | 0 | C | . | 100.0%
| 775.5
/ NA
| 169 | intergenic (‑164/+150) | cmtB/tktA | PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (112/57); total (112/57) |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCG > NC_000913/3077421‑3077600
|
gCAATTGAGCAGGGAAGCCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAc < 2:1523791/93‑1 (MQ=255)
aaTTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgc > 2:3248173/1‑91 (MQ=255)
aTTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgca < 2:781841/93‑4 (MQ=255)
aTTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgca > 1:5000689/1‑90 (MQ=255)
ttGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgcat > 1:7045540/1‑89 (MQ=255)
tGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCata < 2:5194387/93‑1 (MQ=255)
aGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATc > 2:3452071/1‑93 (MQ=255)
aaCCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCa < 1:7784593/93‑1 (MQ=255)
ccGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCata > 1:6700505/1‑93 (MQ=255)
ccGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCata < 2:3098843/93‑1 (MQ=255)
ccGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCata < 1:7637983/93‑1 (MQ=255)
ccGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATATCAATA‑CGCATATCGTGATGCata < 1:1112420/93‑1 (MQ=255)
cGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCatat < 1:6330898/93‑1 (MQ=255)
gtTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACa < 2:7547432/93‑1 (MQ=255)
ttttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACAt < 2:5534179/93‑1 (MQ=255)
tttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATa > 1:5633258/1‑93 (MQ=255)
tttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATa < 2:5365144/93‑1 (MQ=255)
tGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAAt > 2:2319513/1‑93 (MQ=255)
gAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAAtt < 1:2601039/93‑1 (MQ=255)
gAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAAtt < 2:5887954/93‑1 (MQ=255)
aaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGat < 2:4295054/93‑1 (MQ=255)
aCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGata > 1:205682/1‑93 (MQ=255)
aCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGata > 2:5205404/1‑93 (MQ=255)
aGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatt < 2:2826292/93‑1 (MQ=255)
aGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatt < 2:238562/93‑1 (MQ=255)
aGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatt < 1:1037303/93‑1 (MQ=255)
aGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatt > 1:34602/1‑93 (MQ=255)
gTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattt > 2:3936326/1‑93 (MQ=255)
gTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattt > 2:6352177/1‑93 (MQ=255)
tGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatttt > 2:3025991/1‑92 (MQ=255)
tGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattta < 2:3554784/93‑1 (MQ=255)
tGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattta > 2:7460091/1‑93 (MQ=255)
tGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattta < 1:654482/93‑1 (MQ=255)
aaTTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatttatt > 1:6736244/1‑93 (MQ=255)
ttattaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGc > 1:2885240/1‑93 (MQ=255)
tattaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCa > 2:7642124/1‑93 (MQ=255)
tattaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCa > 1:7185532/1‑93 (MQ=255)
ttaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCata < 2:6878867/93‑1 (MQ=255)
ttaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCata > 1:2226218/1‑93 (MQ=255)
taATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCatat > 1:1338250/1‑93 (MQ=255)
aaTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCAtata < 1:241076/93‑1 (MQ=255)
aaTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCAtata < 1:4630196/93‑1 (MQ=255)
aTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaa > 1:1177161/1‑93 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa > 2:2213628/1‑93 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa < 2:3724475/93‑1 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa < 2:2626280/93‑1 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa < 2:6722741/93‑1 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa < 1:1543362/93‑1 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa > 1:2197370/1‑93 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGCGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa > 2:7070948/1‑93 (MQ=255)
ttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAat < 2:1174622/93‑1 (MQ=255)
tCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAatt > 1:2308317/1‑92 (MQ=255)
tCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAata > 2:2902074/1‑93 (MQ=255)
tCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAata < 1:5409576/93‑1 (MQ=255)
tCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAata > 1:4848366/1‑93 (MQ=255)
tCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAata < 1:4931572/93‑1 (MQ=255)
ttATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATGTAAATAtt > 1:3046355/1‑93 (MQ=255)
ttATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAtt > 2:209034/1‑93 (MQ=255)
ttATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAtt < 2:672601/93‑1 (MQ=255)
tatataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAttt < 2:48320/93‑1 (MQ=255)
atataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtg < 1:879481/93‑1 (MQ=255)
tataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtgt > 1:7397844/1‑93 (MQ=255)
aaCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGAt < 2:4690219/93‑1 (MQ=255)
aCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATc > 1:4996270/1‑93 (MQ=255)
aCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATc > 1:5145418/1‑93 (MQ=255)
aCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATc > 2:574419/1‑93 (MQ=255)
cATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCt < 2:7333131/93‑1 (MQ=255)
aTTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTa > 1:1786540/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTa > 1:5434999/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTac > 2:3534250/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTac > 2:1944000/1‑93 (MQ=255)
gAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTacaa > 2:1701629/1‑93 (MQ=255)
aGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTacaac > 1:2538653/1‑93 (MQ=255)
aGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTacaac > 1:458697/1‑93 (MQ=255)
ttATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAacac > 1:1417658/1‑93 (MQ=255)
ttATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAacac > 2:4727275/1‑93 (MQ=255)
ttATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAacac > 2:3813372/1‑93 (MQ=255)
ataGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGc > 2:4104950/1‑93 (MQ=255)
ataGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGc > 2:4965083/1‑93 (MQ=255)
taGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGcc < 2:7578068/93‑1 (MQ=255)
taGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGcc > 1:4924376/1‑93 (MQ=255)
taGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGcc > 2:5895519/1‑93 (MQ=255)
gATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCtt > 1:5804590/1‑93 (MQ=255)
gATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCtt < 1:6427060/93‑1 (MQ=255)
tataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAt > 2:7091684/1‑93 (MQ=255)
tataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAt > 1:4157528/1‑93 (MQ=255)
tataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAt > 1:6207215/1‑93 (MQ=255)
tataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAt > 1:2901081/1‑93 (MQ=255)
taACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCt > 2:3451251/1‑93 (MQ=255)
aacaacAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTa > 2:6639207/1‑93 (MQ=255)
aacaacAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTa > 2:4898187/1‑93 (MQ=255)
aacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTg > 1:5946699/1‑93 (MQ=255)
aacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTg > 2:6940858/1‑93 (MQ=255)
aaaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCtt < 1:4068455/93‑1 (MQ=255)
aaaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCtt > 1:4215053/1‑93 (MQ=255)
aaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTg > 1:385598/1‑93 (MQ=255)
aaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTg > 1:5342228/1‑93 (MQ=255)
tGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTc > 2:3709315/1‑93 (MQ=255)
gTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTcc > 2:3364677/1‑93 (MQ=255)
tCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCg > 1:4345671/1‑93 (MQ=255)
|
GCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCG > NC_000913/3077421‑3077600
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACG > NC_000913/3077421‑3077606
|
GCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACG < SRR4302543.4918294/94‑1 (MQ=60)
AATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCA > SRR4302543.5046204/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCAT > SRR4302543.7113761/1‑94 (MQ=60)
AACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCAT < SRR4302543.7857982/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATA > SRR4302543.6763736/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATAT < SRR4302543.2541480/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATAT < SRR4302543.7710447/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATATCAATA‑CGCATATCGTGATGCATAT < SRR4302543.1122473/94‑1 (MQ=60)
CGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATT < SRR4302543.6390438/94‑1 (MQ=60)
TGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACA < SRR4302543.5613053/94‑1 (MQ=60)
TTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATA > SRR4302543.5684600/1‑94 (MQ=60)
GAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTG < SRR4302543.2624661/94‑1 (MQ=60)
AACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATA > SRR4302543.207424/1‑94 (MQ=60)
CAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATT > SRR4302543.34917/1‑94 (MQ=60)
AGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTT < SRR4302543.1046526/94‑1 (MQ=60)
TGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTAT < SRR4302543.660475/94‑1 (MQ=60)
GAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATT > SRR4302543.7846804/1‑94 (MQ=60)
GAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATT < SRR4302543.7891479/94‑1 (MQ=60)
GAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATT > SRR4302543.6799874/1‑94 (MQ=60)
AATTATTAATTTCTTAGATAACTTTGAGTGATAGATATAACAACAAATGTCAAGA‑CGCATATCGTGATGCTTATTACATAtttaaaattaatgc > SRR4302543.7062473/1‑80 (MQ=58)
ATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGC > SRR4302543.2911496/1‑94 (MQ=60)
TTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCA > SRR4302543.7255245/1‑94 (MQ=60)
ATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATA > SRR4302543.2246313/1‑94 (MQ=60)
TTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATAT > SRR4302543.1350191/1‑94 (MQ=60)
TTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATAT > SRR4302543.1350190/1‑94 (MQ=60)
TAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATA > SRR4302543.2098754/1‑94 (MQ=60)
AATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAA < SRR4302543.4672279/94‑1 (MQ=60)
AATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAA > SRR4302543.1187818/1‑94 (MQ=60)
AATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAA < SRR4302543.243164/94‑1 (MQ=60)
ATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAA > SRR4302543.2217124/1‑94 (MQ=60)
ATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAA > SRR4302543.4156377/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAAT < SRR4302543.1557182/94‑1 (MQ=60)
TTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATT > SRR4302543.2329335/1‑94 (MQ=60)
TTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATA > SRR4302543.4892580/1‑94 (MQ=60)
TCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAT < SRR4302543.5458760/94‑1 (MQ=60)
TCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAT < SRR4302543.4976490/94‑1 (MQ=60)
TCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAT < SRR4302543.4976491/94‑1 (MQ=60)
CTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATGTAAATATT > SRR4302543.3073815/1‑94 (MQ=60)
CTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATT > SRR4302543.75026/1‑94 (MQ=60)
CTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATT > SRR4302543.230254/1‑94 (MQ=60)
TTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTT > SRR4302543.2933436/1‑94 (MQ=60)
ATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGT > SRR4302543.7468881/1‑94 (MQ=60)
ATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGT < SRR4302543.887291/94‑1 (MQ=60)
TATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTG < SRR4302543.3741306/94‑1 (MQ=60)
TAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGAT < SRR4302543.1172877/94‑1 (MQ=60)
AACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATC > SRR4302543.5191931/1‑94 (MQ=60)
AACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATC > SRR4302543.5041746/1‑94 (MQ=60)
AACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATC > SRR4302543.4631782/1‑94 (MQ=60)
CATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTA > SRR4302543.45765/1‑94 (MQ=60)
CATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTA > SRR4302543.1802518/1‑94 (MQ=60)
CATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTA > SRR4302543.5484369/1‑94 (MQ=60)
TTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACA > SRR4302543.5254361/1‑94 (MQ=60)
TGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAC > SRR4302543.6450212/1‑94 (MQ=60)
GAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAAC > SRR4302543.2561790/1‑94 (MQ=60)
GAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAAC > SRR4302543.462955/1‑94 (MQ=60)
GTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACAC > SRR4302543.1430489/1‑94 (MQ=60)
GTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACAC > SRR4302543.1741567/1‑94 (MQ=60)
GTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACAC > SRR4302543.1430488/1‑94 (MQ=60)
GTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGCGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACAC > SRR4302543.6269783/1‑94 (MQ=60)
ATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTCGATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTAGAACACGCC > SRR4302543.4969239/1‑94 (MQ=60)
ATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCC > SRR4302543.4969238/1‑94 (MQ=60)
ATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCC > SRR4302543.596808/1‑94 (MQ=60)
AGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTT > SRR4302543.5857380/1‑94 (MQ=60)
GATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTA < SRR4302543.6487621/94‑1 (MQ=60)
GATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTA < SRR4302543.6487620/94‑1 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302543.5147738/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302543.4195127/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302543.2798332/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302543.5819258/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302543.2927458/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302543.6265823/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302543.2927459/1‑94 (MQ=60)
TATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATC > SRR4302543.4312829/1‑94 (MQ=60)
ATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCT < SRR4302543.2397858/94‑1 (MQ=60)
CAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTG > SRR4302543.6001126/1‑94 (MQ=60)
CAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTT > SRR4302543.4253275/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG > SRR4302543.5390557/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG > SRR4302543.7146305/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG > SRR4302543.6767690/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG > SRR4302543.389161/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG > SRR4302543.3913667/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG > SRR4302543.5390558/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG < SRR4302543.4104892/94‑1 (MQ=60)
GTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCG > SRR4302543.4385076/1‑94 (MQ=60)
GTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCG > SRR4302543.1840450/1‑94 (MQ=60)
CAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCA > SRR4302543.5729681/1‑94 (MQ=60)
CAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCA > SRR4302543.2488569/1‑94 (MQ=60)
AATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAA > SRR4302543.2229816/1‑94 (MQ=60)
ATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAA > SRR4302543.666826/1‑94 (MQ=60)
taCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAAC < SRR4302543.2249478/92‑1 (MQ=60)
ACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACG > SRR4302543.1098971/1‑94 (MQ=60)
ACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACG < SRR4302543.6205519/94‑1 (MQ=60)
ACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACG > SRR4302543.3422844/1‑94 (MQ=60)
|
GCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACG > NC_000913/3077421‑3077606
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |