Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,114,328 |
A→T |
G262G (GGT→GGA) |
b2973 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,114,328 | 0 | A | T | 99.4%
| 1181.5
/ ‑2.2
| 334 | G262G (GGT→GGA) | b2973 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (168/163); total (169/165) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
ATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGACCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTC > NC_000913/3114238‑3114417
|
tAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCa > 2:2877471/1‑93 (MQ=255)
tAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCa < 1:989680/93‑1 (MQ=255)
aCGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCAAtt > 1:1137523/1‑93 (MQ=255)
cGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTg > 2:3111759/1‑93 (MQ=255)
gATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTgg < 1:1614252/93‑1 (MQ=255)
aTAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGt > 2:704650/1‑93 (MQ=255)
aTAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGt > 2:3805909/1‑93 (MQ=255)
tAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTc < 1:2515165/93‑1 (MQ=255)
tAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTc > 1:294753/1‑93 (MQ=255)
tAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGCCCATTGGTc > 1:6276344/1‑93 (MQ=255)
aGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCGTTGGTcc < 1:1091354/93‑1 (MQ=255)
aGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGACCATTGGTcc < 2:5495479/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCg > 2:897867/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCg < 2:2080766/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCg < 1:177253/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACAGACTTGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTAGTCCg < 1:7035109/93‑1 (MQ=255)
cGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGag > 1:6132570/1‑92 (MQ=255)
cGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGaa < 2:7605644/93‑1 (MQ=255)
gTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAg > 2:1204331/1‑93 (MQ=255)
tATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAga > 2:6779112/1‑92 (MQ=255)
tCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTag > 1:7112135/1‑93 (MQ=255)
cGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTaga < 1:1411160/93‑1 (MQ=255)
cGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTaga < 2:3552590/93‑1 (MQ=255)
cGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTaga < 2:7378486/93‑1 (MQ=255)
ttCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGc > 2:4820601/1‑93 (MQ=255)
tCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCt < 1:427082/93‑1 (MQ=255)
ccACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTc < 1:4961778/93‑1 (MQ=255)
ccACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTc < 2:4013283/93‑1 (MQ=255)
cacaGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCa < 2:3635821/93‑1 (MQ=255)
cacaGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCa < 2:2476100/93‑1 (MQ=255)
cacaGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCa < 1:6791230/93‑1 (MQ=255)
cacaGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCa < 1:6416244/93‑1 (MQ=255)
cacaGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCa > 2:4654745/1‑93 (MQ=255)
acaGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAt < 1:7655359/93‑1 (MQ=255)
gCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCt < 2:1044521/93‑1 (MQ=255)
gCCAGACAGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGcg > 2:7850693/1‑92 (MQ=255)
ccAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTg > 2:5757598/1‑93 (MQ=255)
cAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGa < 1:2783453/93‑1 (MQ=255)
cAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGa < 1:1984537/93‑1 (MQ=255)
aGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGAt > 2:3390372/1‑93 (MQ=255)
aGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGAt < 2:5469521/93‑1 (MQ=255)
gACCTACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGGCGCTCCCCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATa < 1:1007377/93‑1 (MQ=255)
gACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATa > 2:4130610/1‑93 (MQ=255)
aCCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATAc < 2:4886829/93‑1 (MQ=255)
gACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGa < 1:2160321/93‑1 (MQ=255)
aCATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGAc < 2:154128/93‑1 (MQ=255)
aCATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGAc > 2:4212203/1‑93 (MQ=255)
cATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCTTCCATTGGTCCGGAAGAAGAGCTCATGCTTATACAGAct > 2:2689205/1‑92 (MQ=255)
aTGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGc < 2:6405587/93‑1 (MQ=255)
aTGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGc > 1:833186/1‑93 (MQ=255)
aTGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGc > 1:5906585/1‑93 (MQ=255)
tGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCt > 1:2067802/1‑93 (MQ=255)
tGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCt < 1:4383326/93‑1 (MQ=255)
ttCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGa > 1:5555140/1‑93 (MQ=255)
tCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGaa < 2:1108478/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGaa < 1:3963957/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGaa > 1:6045414/1‑93 (MQ=255)
gTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGtt < 1:1890074/93‑1 (MQ=255)
taGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGt < 1:7564788/92‑1 (MQ=255)
cAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGt < 2:1960914/93‑1 (MQ=255)
cAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGt > 2:5109457/1‑93 (MQ=255)
gACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGc < 1:3444999/93‑1 (MQ=255)
gACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGc < 2:7541247/93‑1 (MQ=255)
gACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGc > 1:7876748/1‑93 (MQ=255)
gTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTa > 1:27425/1‑93 (MQ=255)
ttCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAGGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTaa > 2:3250879/1‑93 (MQ=255)
ttCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTaa > 2:6867669/1‑93 (MQ=255)
ttCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTaa > 1:5259483/1‑93 (MQ=255)
ccAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAAt > 1:6014456/1‑93 (MQ=255)
cAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATc < 1:740314/93‑1 (MQ=255)
aGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATcc > 2:4494160/1‑93 (MQ=255)
aGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATcc < 2:4970885/93‑1 (MQ=255)
tCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCa > 2:2248137/1‑93 (MQ=255)
gctgctCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTg > 2:6985889/1‑93 (MQ=255)
gctgctCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTg > 2:614943/1‑93 (MQ=255)
ctgctCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGc > 1:2443752/1‑93 (MQ=255)
ctgctCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGc < 1:5663453/93‑1 (MQ=255)
tCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCa > 1:3672285/1‑93 (MQ=255)
tCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCa < 2:646481/93‑1 (MQ=255)
cAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCAt > 2:142034/1‑93 (MQ=255)
cAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCAt < 2:3982011/93‑1 (MQ=255)
cAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCAt > 2:4322244/1‑93 (MQ=255)
gACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCg > 1:6712403/1‑93 (MQ=255)
gACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCg > 1:3169383/1‑93 (MQ=255)
gCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTTCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCtt < 1:5033194/93‑1 (MQ=255)
gCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCtt > 2:2362846/1‑93 (MQ=255)
ctctCCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATTTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCttt < 1:3814225/93‑1 (MQ=255)
cTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCttt < 2:6229650/93‑1 (MQ=255)
tCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCtttt < 2:1827423/93‑1 (MQ=255)
tCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCtttt < 2:1751994/93‑1 (MQ=255)
ccTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCa > 2:6626285/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCa > 1:1284329/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAg < 1:571439/93‑1 (MQ=255)
cTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAg > 1:4653849/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAg < 2:2743343/93‑1 (MQ=255)
tttGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAgt > 1:4131852/1‑93 (MQ=255)
tttGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAgt < 2:2223747/93‑1 (MQ=255)
tttGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAgt > 2:5275482/1‑93 (MQ=255)
tGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAgtgt > 1:6475602/1‑93 (MQ=255)
tGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAgtgt < 1:4736100/93‑1 (MQ=255)
|
ATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGACCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTC > NC_000913/3114238‑3114417
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTCATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGACCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGGCG > NC_000913/3114235‑3114421
|
TTCATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGC > SRR4302543.3289256/1‑94 (MQ=60)
TCATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTC < SRR4302543.900811/94‑1 (MQ=60)
CATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCC > SRR4302543.5211697/1‑94 (MQ=60)
CATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCC > SRR4302543.1942162/1‑94 (MQ=60)
CATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGGCC > SRR4302543.5704532/1‑94 (MQ=60)
CATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTCGTACTTACGTTGCATATCGACGCTGCTCAAACGCTCACCGTTGCGTCC > SRR4302543.1367430/1‑94 (MQ=60)
CATAACGAAAGCACGTATCGTTCCACAGCCAGGCCGACATGTTCTGGGACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCC < SRR4302543.721088/94‑1 (MQ=60)
TAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCAT < SRR4302543.998409/94‑1 (MQ=60)
TAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCAT < SRR4302543.1063969/94‑1 (MQ=60)
TAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCAT < SRR4302543.4402808/94‑1 (MQ=60)
AACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCAATT > SRR4302543.1147863/1‑94 (MQ=60)
GATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGT > SRR4302543.6739700/1‑94 (MQ=60)
GATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGT < SRR4302543.1628645/94‑1 (MQ=60)
ATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTC > SRR4302543.297393/1‑94 (MQ=60)
ATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTC < SRR4302543.7065925/94‑1 (MQ=60)
ATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGCCCATTGGTC > SRR4302543.6335513/1‑94 (MQ=60)
TAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACTGACATGTTCTGGTCCAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCC < SRR4302543.4844070/94‑1 (MQ=60)
TAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTTGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCC < SRR4302543.4895322/94‑1 (MQ=60)
TAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCC < SRR4302543.2538009/94‑1 (MQ=60)
AGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCGTTGGTCCG < SRR4302543.1101167/94‑1 (MQ=60)
AGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCG > SRR4302543.222556/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTCCAGACGTTACAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGG > SRR4302543.2804675/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGG > SRR4302543.2804674/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGG < SRR4302543.178768/94‑1 (MQ=60)
GCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACAGACTTGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTAGTCCGG < SRR4302543.7102836/94‑1 (MQ=60)
CTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGA > SRR4302543.2460950/1‑94 (MQ=60)
TCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAG > SRR4302543.6190656/1‑94 (MQ=60)
CGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAG > SRR4302543.1490191/1‑94 (MQ=60)
CGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAG > SRR4302543.1607404/1‑94 (MQ=60)
CGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGGACAGACGTTCCAGATCGACGCGGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAG < SRR4302543.3283574/94‑1 (MQ=60)
GTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGT > SRR4302543.7167153/1‑94 (MQ=60)
GTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGT > SRR4302543.6045235/1‑94 (MQ=60)
TATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTA > SRR4302543.1614562/1‑94 (MQ=60)
TATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTA > SRR4302543.6803990/1‑94 (MQ=60)
ATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAG > SRR4302543.822775/1‑94 (MQ=60)
ATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAG > SRR4302543.5802762/1‑94 (MQ=60)
ATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAG > SRR4302543.7181225/1‑94 (MQ=60)
ATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGGAG > SRR4302543.6089181/1‑94 (MQ=60)
CGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAG < SRR4302543.6232538/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAG > SRR4302543.7945931/1‑94 (MQ=60)
CGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAG < SRR4302543.1423916/94‑1 (MQ=60)
CTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGC < SRR4302543.4479289/94‑1 (MQ=60)
TTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCT > SRR4302543.7694397/1‑94 (MQ=60)
TTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCT < SRR4302543.25400/94‑1 (MQ=60)
TCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTC < SRR4302543.431087/94‑1 (MQ=60)
CCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCA < SRR4302543.2955433/94‑1 (MQ=60)
CCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCA > SRR4302543.342613/1‑94 (MQ=60)
CCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCA > SRR4302543.5904244/1‑94 (MQ=60)
CCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCA < SRR4302543.5006947/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT < SRR4302543.4489037/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT < SRR4302543.3963944/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT > SRR4302543.4265388/1‑94 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT < SRR4302543.1746412/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT < SRR4302543.6855360/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT < SRR4302543.7323174/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT < SRR4302543.673628/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT < SRR4302543.6476687/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCAGACCGACACGTGCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCAT < SRR4302543.294591/94‑1 (MQ=60)
ACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATG < SRR4302543.7727936/94‑1 (MQ=60)
AGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCT > SRR4302543.2985545/1‑94 (MQ=60)
AGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTAATGCT > SRR4302543.6128720/1‑94 (MQ=60)
GCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTG < SRR4302543.7736872/94‑1 (MQ=60)
CAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGAT < SRR4302543.2002336/94‑1 (MQ=60)
CAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGAT < SRR4302543.2808836/94‑1 (MQ=60)
GACCTACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGGCGCTCCCCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATAC < SRR4302543.1016288/94‑1 (MQ=60)
CCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAG > SRR4302543.2102747/1‑94 (MQ=60)
CGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGA > SRR4302543.5637294/1‑94 (MQ=60)
CGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGA > SRR4302543.184777/1‑94 (MQ=60)
GACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGAC > SRR4302543.7084416/1‑94 (MQ=60)
GACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGAC < SRR4302543.2179671/94‑1 (MQ=60)
GACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCACACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGAC > SRR4302543.7084570/1‑94 (MQ=60)
CACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGAC < SRR4302543.2380284/94‑1 (MQ=60)
ACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACG < SRR4302543.3870540/94‑1 (MQ=60)
CATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGC > SRR4302543.840536/1‑94 (MQ=60)
CATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGC > SRR4302543.7485700/1‑94 (MQ=60)
CATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGC > SRR4302543.5960492/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGCCGCT > SRR4302543.2122614/1‑94 (MQ=60)
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ATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCT > SRR4302543.2086289/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCT > SRR4302543.3604956/1‑94 (MQ=60)
TGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTG < SRR4302543.4423066/94‑1 (MQ=60)
GTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGA > SRR4302543.5605665/1‑94 (MQ=60)
TTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAA > SRR4302543.6102639/1‑94 (MQ=60)
TCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAAT < SRR4302543.3999065/94‑1 (MQ=60)
CTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATG > SRR4302543.4241779/1‑94 (MQ=60)
TGGGACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCGCCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGT < SRR4302543.5161171/94‑1 (MQ=60)
GTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTG < SRR4302543.1907067/94‑1 (MQ=60)
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ACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGT < SRR4302543.4160953/94‑1 (MQ=60)
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CAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTG < SRR4302543.128365/94‑1 (MQ=60)
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AGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGC > SRR4302543.1713795/1‑94 (MQ=60)
AGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGC > SRR4302543.7950891/1‑94 (MQ=60)
GACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCC < SRR4302543.3475846/94‑1 (MQ=60)
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CGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTA > SRR4302543.5507978/1‑94 (MQ=60)
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GTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAA > SRR4302543.5306917/1‑94 (MQ=60)
TCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAAT > SRR4302543.6070042/1‑94 (MQ=60)
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CAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCC > SRR4302543.7471916/1‑94 (MQ=60)
CAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCC < SRR4302543.5652401/94‑1 (MQ=60)
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CAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCC < SRR4302543.1413788/94‑1 (MQ=60)
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AGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCG > SRR4302543.1155204/1‑94 (MQ=60)
GATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGC > SRR4302543.1938688/1‑94 (MQ=60)
GATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGC < SRR4302543.801915/94‑1 (MQ=60)
GATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGC < SRR4302543.801917/94‑1 (MQ=60)
TCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAG < SRR4302543.5300827/94‑1 (MQ=60)
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CGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGC > SRR4302543.5055726/1‑94 (MQ=60)
ACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCT < SRR4302543.6470676/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTG < SRR4302543.3658511/94‑1 (MQ=60)
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CGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTG > SRR4302543.3900426/1‑94 (MQ=60)
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GCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGC > SRR4302543.2465782/1‑94 (MQ=60)
CTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCA > SRR4302543.6089876/1‑94 (MQ=60)
CTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCA > SRR4302543.968581/1‑94 (MQ=60)
CTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCA > SRR4302543.1132740/1‑94 (MQ=60)
CTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCA < SRR4302543.5715114/94‑1 (MQ=60)
CTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCA < SRR4302543.4461631/94‑1 (MQ=60)
CTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCA < SRR4302543.5715113/94‑1 (MQ=60)
CTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCA < SRR4302543.5050283/94‑1 (MQ=60)
TGCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCAC > SRR4302543.3823496/1‑94 (MQ=60)
GCTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACC > SRR4302543.2022463/1‑94 (MQ=60)
CTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCA > SRR4302543.3704524/1‑94 (MQ=60)
CTCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCA > SRR4302543.2076818/1‑94 (MQ=60)
TCAGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCAT > SRR4302543.934851/1‑94 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAGTGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG > SRR4302543.7673927/1‑94 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG > SRR4302543.2519181/1‑94 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG > SRR4302543.6530030/1‑94 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG > SRR4302543.6775819/1‑94 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG > SRR4302543.7673926/1‑94 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG > SRR4302543.7533747/1‑94 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG < SRR4302543.6373594/94‑1 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG > SRR4302543.3197924/1‑94 (MQ=60)
AGACGCTCACCTTTGCGACCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCG < SRR4302543.6440622/94‑1 (MQ=60)
CGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTT < SRR4302543.6503678/94‑1 (MQ=60)
CGCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTT > SRR4302543.4152715/1‑94 (MQ=60)
GCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTTCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTT < SRR4302543.5078979/94‑1 (MQ=60)
GCTCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTT > SRR4302543.1901552/1‑94 (MQ=60)
CTCTCCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATTTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTT < SRR4302543.3847849/94‑1 (MQ=60)
CTCACCTTGGCGTCGATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTT < SRR4302543.3762667/94‑1 (MQ=60)
TCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTG > SRR4302543.6153403/1‑94 (MQ=60)
TCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTG < SRR4302543.4753841/94‑1 (MQ=60)
TCACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTG < SRR4302543.331902/94‑1 (MQ=60)
CACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGC > SRR4302543.5984456/1‑94 (MQ=60)
ACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCA > SRR4302543.4809740/1‑94 (MQ=60)
ACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCA > SRR4302543.1295776/1‑94 (MQ=60)
ACCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCAGCAGCCTccacattagtttttgcg > SRR4302543.1295775/1‑77 (MQ=60)
CCTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAG > SRR4302543.4696226/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGT > SRR4302543.4419419/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGT > SRR4302543.68069/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGT > SRR4302543.4169122/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGT < SRR4302543.576668/94‑1 (MQ=60)
CTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGT > SRR4302543.5751250/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGT > SRR4302543.1796236/1‑94 (MQ=60)
TTGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGT > SRR4302543.6536614/1‑94 (MQ=60)
TGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTC > SRR4302543.4713442/1‑94 (MQ=60)
TGCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTC < SRR4302543.4779384/94‑1 (MQ=60)
GCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCG < SRR4302543.4179682/94‑1 (MQ=60)
GCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCG < SRR4302543.2013899/94‑1 (MQ=60)
GCGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCG < SRR4302543.2488787/94‑1 (MQ=60)
CGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGG < SRR4302543.4901832/94‑1 (MQ=60)
CGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGG < SRR4302543.4772297/94‑1 (MQ=60)
CGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGG < SRR4302543.877609/94‑1 (MQ=60)
CGTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGG < SRR4302543.6333896/94‑1 (MQ=60)
GTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGGC < SRR4302543.2448404/94‑1 (MQ=60)
GTCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGGC > SRR4302543.5372976/1‑94 (MQ=60)
TCCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGGCG < SRR4302543.7777216/94‑1 (MQ=60)
|
TTCATAACGATAGCTCGTATCGTTCCACAGCCAGACCGACATGTTCTGGTACAGACGTTCCAGATCGACGCTGCTCAGACGCTCACCTTTGCGACCATTGGTCCGGAAGTAGAGCTCATGCTGATACAGACGCTGAATGTTGGTGCCTAAATCCGCAGCCTGCACCATCGCTTTTGCAGTGTCGGCG > NC_000913/3114235‑3114421
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
