Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,117,133 |
A→G |
intergenic (‑5/+480) |
b2974 ← / ← yghK |
putative endoglucanase/putative permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,117,133 | 0 | A | G | 100.0%
| 452.1
/ NA
| 142 | intergenic (‑5/+480) | b2974/yghK | putative endoglucanase/putative permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (68/74); total (68/74) |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATAACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCTTAA > NC_000913/3117043‑3117222
|
gAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGAc < 2:2959113/93‑1 (MQ=255)
aaCCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTATTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACg > 1:7313035/1‑93 (MQ=255)
accaccGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGc < 2:3437926/93‑1 (MQ=255)
ccaccGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCa > 1:3823229/1‑93 (MQ=255)
caccGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCaa < 2:2045715/93‑1 (MQ=255)
ccGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGt < 2:847456/93‑1 (MQ=255)
ccGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGt < 2:2960010/93‑1 (MQ=255)
ccGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGt < 2:3965886/93‑1 (MQ=255)
ccGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGt < 2:5640410/93‑1 (MQ=255)
gCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGa > 1:3155734/1‑93 (MQ=255)
tCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACaaa > 2:3622488/1‑93 (MQ=255)
acaACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAAc > 2:3070185/1‑93 (MQ=255)
acaACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAAc > 1:4073781/1‑93 (MQ=255)
caACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACa < 2:5098445/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACaa < 2:4807323/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACaa < 2:7337817/93‑1 (MQ=255)
aCCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAAt > 1:5082376/1‑93 (MQ=255)
cGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGt < 1:7308749/93‑1 (MQ=255)
ggCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGtt < 1:6440566/93‑1 (MQ=255)
ggCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGtt > 1:7262376/1‑93 (MQ=255)
gCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTa > 2:3053342/1‑93 (MQ=255)
cTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTaa < 1:1705966/93‑1 (MQ=255)
tAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTaaa < 1:9700/93‑1 (MQ=255)
aaCAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTaaaa < 2:3280787/93‑1 (MQ=255)
aCAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTaaaaa < 1:1488047/93‑1 (MQ=255)
aCAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTaaaaa > 2:4270615/1‑93 (MQ=255)
ttGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGt < 2:6366661/93‑1 (MQ=255)
gtGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGt < 1:4077931/92‑1 (MQ=255)
gcgcTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTaa < 1:406026/93‑1 (MQ=255)
gcgcTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTaa < 1:2857151/93‑1 (MQ=255)
cgcTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAAc < 1:4356123/93‑1 (MQ=255)
cgcTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAAc < 2:1549011/93‑1 (MQ=255)
cgcTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAAc > 1:2424523/1‑93 (MQ=255)
gcTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACt < 1:6093709/93‑1 (MQ=255)
cTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTg < 2:3233665/93‑1 (MQ=255)
cAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTggg < 2:83078/93‑1 (MQ=255)
aaaaTAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGga < 1:3807498/93‑1 (MQ=255)
aaTAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGgaga > 1:4151102/1‑93 (MQ=255)
tAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGaaa > 2:2105032/1‑93 (MQ=255)
tAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGaaa < 1:7545863/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATa < 2:5193758/93‑1 (MQ=255)
cGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGt < 1:4736525/93‑1 (MQ=255)
cGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGt > 1:7200007/1‑93 (MQ=255)
gCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGtt > 2:510483/1‑93 (MQ=255)
tAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGtttt > 1:3479832/1‑93 (MQ=255)
aaaaGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGATAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTa < 2:6047663/93‑1 (MQ=255)
aaaGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTAt > 2:4959768/1‑93 (MQ=255)
aaaGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTAt < 1:7069762/93‑1 (MQ=255)
aaaGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTAt < 1:5347115/93‑1 (MQ=255)
aaGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATg < 1:2113622/93‑1 (MQ=255)
gCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCt < 1:4457849/93‑1 (MQ=255)
gCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCt < 2:1646798/93‑1 (MQ=255)
ctaTTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCtt < 1:1153157/91‑1 (MQ=255)
aTTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTa < 2:652342/93‑1 (MQ=255)
tCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGGAATAGTTTTATGCTTTAtct > 1:3743472/1‑93 (MQ=255)
cTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTAtctt < 2:6385649/93‑1 (MQ=255)
cTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTCACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTAtctt > 1:332362/1‑93 (MQ=255)
ttATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTAtcttc > 2:1985805/1‑93 (MQ=255)
ttATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTAtcttc > 1:2037038/1‑93 (MQ=255)
ttATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTAtcttc > 1:7908403/1‑93 (MQ=255)
ttATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTAtcttc > 2:1324554/1‑93 (MQ=255)
tataTTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTAtcttct < 1:4951533/93‑1 (MQ=255)
tataTTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTAtcttct < 2:3311747/93‑1 (MQ=255)
atTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCta > 2:5264048/1‑93 (MQ=255)
atTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCta > 1:6931017/1‑93 (MQ=255)
tttAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCtaa > 1:6505088/1‑93 (MQ=255)
tAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCtaata < 2:6600377/93‑1 (MQ=255)
tAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCtaata < 1:6476464/93‑1 (MQ=255)
tAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACT‑GGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCtaataa > 2:6860935/1‑93 (MQ=255)
aaTTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAAc < 2:6395644/93‑1 (MQ=255)
aTTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTCAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACt > 1:1327524/1‑93 (MQ=255)
aTTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACt < 2:1628559/93‑1 (MQ=255)
aTTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACt > 2:6402440/1‑93 (MQ=255)
aTTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACt > 1:790179/1‑93 (MQ=255)
aTTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACt < 2:6918681/93‑1 (MQ=255)
aTTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACt > 2:2793080/1‑93 (MQ=255)
tttCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTGACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACtt > 1:7144269/1‑93 (MQ=255)
tttCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACtt < 2:20626/93‑1 (MQ=255)
tttCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACtt > 1:4552958/1‑93 (MQ=255)
tCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTtcc > 2:2669640/1‑93 (MQ=255)
tCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTtcc > 1:4852764/1‑93 (MQ=255)
cTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTtcct < 2:4069199/93‑1 (MQ=255)
cTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTtcct < 2:2949075/93‑1 (MQ=255)
ttATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTtcctc > 2:1783836/1‑93 (MQ=255)
ttATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTtcctc > 2:427433/1‑93 (MQ=255)
tATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTtcctcc > 2:2978139/1‑93 (MQ=255)
aTTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCa > 1:3498744/1‑93 (MQ=255)
ttCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCAt > 1:700113/1‑93 (MQ=255)
tCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCAtt > 2:6054434/1‑93 (MQ=255)
tCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCAtt > 1:781451/1‑93 (MQ=255)
tCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCAtt > 1:107355/1‑93 (MQ=255)
cATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTc > 2:561419/1‑93 (MQ=255)
cATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTc > 2:7696926/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCt > 2:6129679/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCt > 1:5780/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCt > 2:7080951/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACATCCTCCATACt > 2:7006733/1‑93 (MQ=255)
ttAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCtt > 1:1518795/1‑93 (MQ=255)
taatgaCGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCTTa > 2:2410498/1‑93 (MQ=255)
aatgaCGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCTTaa < 1:1714334/93‑1 (MQ=255)
|
GAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATAACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCTTAA > NC_000913/3117043‑3117222
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCGGAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATAACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCTTAAGAAA > NC_000913/3117040‑3117226
|
CCGGAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATG < SRR4302543.1423602/94‑1 (MQ=60)
CGGAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGA < SRR4302543.6762618/94‑1 (MQ=60)
CGGAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGA > SRR4302543.5524945/1‑94 (MQ=60)
GGAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGAC < SRR4302543.1279599/94‑1 (MQ=60)
GAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACG < SRR4302543.3076643/94‑1 (MQ=60)
GAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTATTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACG > SRR4302543.7383515/1‑94 (MQ=60)
ACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCA > SRR4302543.3856950/1‑94 (MQ=60)
ACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCA > SRR4302543.5800281/1‑94 (MQ=60)
CCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTG < SRR4302543.7359113/94‑1 (MQ=60)
CGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGA > SRR4302543.3184138/1‑94 (MQ=60)
GCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGAC < SRR4302543.1475630/94‑1 (MQ=60)
CCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACA < SRR4302543.4264695/94‑1 (MQ=60)
CACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAAC > SRR4302543.4110281/1‑94 (MQ=60)
ACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACA < SRR4302543.4847879/94‑1 (MQ=60)
AACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAAT > SRR4302543.5128464/1‑94 (MQ=60)
CGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTT > SRR4302543.7332548/1‑94 (MQ=60)
CGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTT < SRR4302543.7379211/94‑1 (MQ=60)
GGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTA < SRR4302543.6501245/94‑1 (MQ=60)
GGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTA < SRR4302543.3535005/94‑1 (MQ=60)
CTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAA < SRR4302543.1721238/94‑1 (MQ=60)
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ACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAA < SRR4302543.1501439/94‑1 (MQ=60)
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GTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTA < SRR4302543.4114488/94‑1 (MQ=60)
GCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAAC < SRR4302543.409770/94‑1 (MQ=60)
GCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAAC > SRR4302543.2446410/1‑94 (MQ=60)
GCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAAC < SRR4302543.2883212/94‑1 (MQ=60)
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AAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAG < SRR4302543.3841069/94‑1 (MQ=60)
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CGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATGACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTT < SRR4302543.4779813/94‑1 (MQ=60)
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|
CCGGAACCACCGCCATCACAACCGGCTAACAGGGTTGCGCTCAAAATAGCCGCTAAAAGCGATTTCTTATATTTAAATTTCTTATTCATTAATAACGCAAGTGACAAAACAATGTTAAAAAATTCGTAACTGGGAGAAATAGTTTTATGCTTTATCTTCTCTAATAACTTCCTCCATTCTTAAGAAA > NC_000913/3117040‑3117226
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
